Discussion :

[Oroshi]

Bonjour,

Je suis étudiante en biologie et j'essaie de faire une Bg PCA à partir d'un tableau excel de plusieurs caractères pour différentes espèces (0: absence du caractère, 1: présence du caractère).
Le script sous R est celui-ci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(ade4)
library(shapes)
# Description du fichier d'entrée :
data <- as.matrix(read.table(
  "/Users/...txt",
  header = FALSE,sep='\t', dec='.'))
nbclasse = max(data[,2])
label = as.factor(data[,2])
data = data[,-1]
data = data[-1,]
#data = scale(data,center = TRUE, scale = TRUE)
# Between-group PCA
gp = dudi.pca(data,scale = FALSE,scannf=F,nf=max(nbclasse))
betweenPCA=bca(gp,label,scannf=FALSE,nf=max(nbclasse))
couleur = rainbow(nbclasse)
s.class(betweenPCA$ls, label, axesell = FALSE, col = couleur,clabel=FALSE)

R affiche plusieurs messages d'erreur à partir de la ligne codant pour la PCA à commencer par celui-ci: Error in v * row.w : non-numeric argument to binary operator
Quelqu'un saurait m'aider à identifier les problèmes liés au script?

En vous remerciant d'avance pour votre aide!

[tototode]

Bonjour,

Vu le message d'erreur il se peut qu'une ou plusieurs des colonnes de ton objet data ne soit pas numérique(s). Fait sapply(data) ou str(data) ou summary(data) pour t'en rendre compte.

cdlt