Discussion :

[bananabrain]

Bonjour,

Je possède le fichier suivant sur excel :


Sous R, je voudrais effectuer un tri de ces chevaux. Tout d'abord, sélectionner les chevaux qui n'ont ni le père et/ou ni la mère en commun (ni frère et soeur ou ni demi-frère et demi-soeur). Ensuite parmi ces chevaux sélectionnés, je souhaiterai les trier par sexe puis par âge.

Cela est-il possible sous R ? Si oui, comment faire ?

Merci d'avance

[tototode]

Bonjour,

sélectionner les chevaux qui n'ont ni le père et/ou ni la mère en commun

Il peut y avoir une ambiguité ici. Par exemple si tu as trois cheveaux dont deux proviennent du même père mais pas le troisième, est-ce que c'est un choix strict et tu ne gardes quel e troisième ou est-ce que tu conserves le 3ème + l'un des deux autres ? Si tu pars sur la deuxième options :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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tab <- structure(list(Ind = c("Ind_1", "Ind_2", "Ind_3", "Ind_4", "Ind_5", 
"Ind_6", "Ind_7"), x = structure(c(3L, 1L, 2L, 1L, 3L, 4L, 2L
), .Label = c("b", "c", "d", "e"), class = "factor"), y = c("b", 
"d", "f", "b", "c", "d", "a")), .Names = c("Ind", "x", "y"), row.names = c(NA, 
-7L), class = "data.frame")
 
tab[rowSums(sapply(tab[2:3], duplicated)) < 0.5,]

dans le lapply tu cherches si la valeur est dupliquée et avec le rowSums tu regardes s'il n'y a aucun doublon sur aucune des colonnes (autrement dit pere ou mere différente). Si la condition ne s'établit que sur deux colonnes, le pere et la mere on peut faire comme ça aussi : tab[!do.call("|", lapply(tab[2:3], duplicated)),]. L'avantage est que si on ne veut virer que les individus dont la mère et le près sont différents et non pas la mère ou le père alors on remplace le "|" par "&". Par contre ce code ne fonctionne qu'avec deux colonnes. Sinon il faut le programmer en récursif ou avec une boucle.
En récursif :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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f <- function(x) {
  if (!inherits(x, "list"))
    stop("x must be a list")
  x[[1]] <- do.call("|", x[1:2])
  x <- x[-2]
  if (length(x) > 1) {
    f(x)
  }
  else {
    return(x[[1]])
  }
}
 
f(lapply(tab, duplicated))

Pour ce qui ets du tri sur plusieurs colonnes c'est possible il suffit de faire tab[do.call(order, tab[cols]),] et tu remplaces cols par un vecteur correspondant au numéro des colonnes que tu veux trier et dans l'ordre. Par exemple tab[do.call(order, tab[2:3]),] trie le tableau tab en commençant par les valeurs de la deuxième colonne puis celle de la troisième.

cdlt