Discussion :

[Corentina]

Bonjour,
Je souhaite comparer 2 moyennes pour les paramètres descriptifs de 2 populations
j'arrive bien à le faire avec un test de student pour des paramètres continus comme l'age ou le poids
mais le problème vient quand je souhaite comparer les genre,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
 t.test(dataRB_Cock30$Gender,dataRB_CKDEPI30$Gender)
Error in if (stderr < 10 * .Machine$double.eps * max(abs(mx), abs(my))) stop("data are essentially constant") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
2: In var(x) :
  Calling var(x) on a factor x is deprecated and will become an error.
  Use something like 'all(duplicated(x)[-1L])' to test for a constant vector.
3: In mean.default(y) : argument is not numeric or logical: returning NA
4: In var(y) :
  Calling var(x) on a factor x is deprecated and will become an error.
  Use something like 'all(duplicated(x)[-1L])' to test for a constant vector.

je crois que le problème vient du fait que les genres MALE/FEMALE sont en fait rentrés dans mon tableau comme des données numériques

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
mode(dataRB_Cock30$Gender)
[1] "numeric"

mais je n'arrive pas à les remplacer en mode logique ... si je fait ca,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

> as.logical(dataRB_Cock30$Gender)

ça me met des NA partout

help !
merci
Corentina

[tototode]

Bonjour,

il y a deux problèmes, le premier est théorique, ça n'a pas de sens de comparer par un test t des variables qualitatives. Le deuxième c'est que tes genres sont probablement des facteurs et comme la fonction, le test, t est fait pour comparer les moyennes d'une variable numérique en fonction de 2 groupes, tu obtiens ton message d'erreur.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
fac <-gl(2, 10, labels = c("MALE", "FEMALE"))
f2 <- sample(c("MALE", "FEMALE"), 20, rep = T)
f2 <- factor(f2)
t.test(fac, f2)
Error in if (stderr < 10 * .Machine$double.eps * max(abs(mx), abs(my))) stop("data are essentially constant") : 
  valeur manquante là où TRUE / FALSE est requis
De plus : Warning messages:
1: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
2: In var(x) :
  Calling var(x) on a factor x is deprecated and will become an error.
  Use something like 'all(duplicated(x)[-1L])' to test for a constant vector.
3: In mean.default(y) : argument is not numeric or logical: returning NA
4: In var(y) :
  Calling var(x) on a factor x is deprecated and will become an error.
  Use something like 'all(duplicated(x)[-1L])' to test for a constant vector.
 
is.numeric(fac)
[1] FALSE

cdlt

[Corentina]

Merci, je suis une très novice,
un test chi 2 c mieux sur le plan théorique ? parceque en pratique ça donne le meme message d'erreur
sinon c'est quoi le test à utiliser ?

[faubry]

Si tu cherches à vérifier que la proportion MALE/FEMALE est la même dans les deux tableaux, tu peux utiliser un test de proportions (voir prop.test)

[Corentina]

Merci pour ton aide précieuse,
mais mes 2 séries ne sont pas appariées

[faubry]

prop.test ne nécessite pas des échantillons appariées contrairement au test de McNemar. Une autre possibilité est d'utiliser la test du chi2 sur le tableau de contingence.

[Corentina]

r veut pas faire de prop.test car il n'y a pas le même nombre de valeurs dans chaque vecteur

[faubry]

L'aide en ligne de prop.test dit :

Usage

prop.test(x, n, p = NULL,
alternative = c("two.sided", "less", "greater"),
conf.level = 0.95, correct = TRUE)
Arguments

x	a vector of counts of successes, a two-dimensional table (or matrix) with 2 columns, giving the counts of successes and failures, respectively.
n	a vector of counts of trials; ignored if x is a matrix or a table.

et donne comme exemple :

## Data from Fleiss (1981), p. 139.
## H0: The null hypothesis is that the four populations from which
## the patients were drawn have the same true proportion of smokers.
## A: The alternative is that this proportion is different in at
## least one of the populations.

smokers <- c( 83, 90, 129, 70 )
patients <- c( 86, 93, 136, 82 )
prop.test(smokers, patients)

---

Tu dois donc calculer les valeurs à partir de tes données. Par exemple, x sera le tableau de contingence ayant comme colonnes les niveaux du facteur MALE/FEMALE et comme lignes les identifications des deux échantillons dataRB_Cock30 et dataRB_CKDEPI30. Voici un exemple de code pour comment faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
 
# Solution x = tableau de contingence, n ignoré
z1 <- sample( c( "a", "b"), size=130, rep=TRUE)
z2 <- sample( c( "a", "b"), size=80, rep=TRUE)
t1 <- table( z1)
t2 <- table( z2)
m <- matrix( c( t1, t2), ncol=2, byrow=TRUE, dimnames=list( c( "z1", "z2"), c( "a", "b")))
prop.test( m)
 
# solution alternative : x = nombre de succès, n=nombre d'essais
prop.test( m[,1], rowSums( m))
 
# Utilisation du chi2
chisq.test( m)

[Corentina]

Merci beaucoup +++
ça fonctionne !!
mais pas pour tout ...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
> HTA_Cock30<-dataRB_Cock30$Arterial.hypertension[dataRB_Cock30$Arterial.hypertension!="NOT SPECIFIED"]
> HTA_CKDEPI30<-dataRB_CKDEPI30$Arterial.hypertension[dataRB_CKDEPI30$Arterial.hypertension!="NOT SPECIFIED"]
> THTA_Cock30<-table(HTA_Cock30)
> THTA_CKDEPI30<-table(HTA_CKDEPI30)
> MHTA<-matrix(c(THTA_Cock30,THTA_CKDEPI30),ncol=2,byrow=T,dimnames=list(c("HTA_Cock30","HTA_CKDEPI30"),c("Yes","No")))
Error in matrix(c(THTA_Cock30, THTA_CKDEPI30), ncol = 2, byrow = T, dimnames = list(c("HTA_Cock30",  : 
  length of 'dimnames' [1] not equal to array extent
> prop.test(MHTA)
Error in is.table(x) : object 'MHTA' not found

J'ai cru que le problème c’était les 3 occurences Yes/No/NOT SPECIFIED, mais ça change rien en les enlevant

[faubry]

Que donnent THTA_Cock30 et THTA_CKDEPI30 ? Au moins l'un des deux ne doit pas être de longueur 2 ("Yes", "No"). Il y a peut-être un problème de codage comme des oublis de majuscules en début de mot.

N.B. : "NOT SPECIFIED" peut aussi être codé par la valeur spéciale NA.