Discussion :

[Patricia OBEID]

Bonjour,
je souhaiterais faire apparaître les étoiles de significativité sur un barplot.
Voici ce que j'ai pu faire :
mon fichier de données (data1) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dput(data1)
data1 <-structure(list(Samples = c("NT-1", "NT-2", "NT-3", "TA-1", "TA-2", 
"TA-3", "TB-1", "TB-2", "TB-3", "TC-1", "TC-2", "TC-3"), Name = c("NT", 
"NT", "NT", "TA", "TA", "TA", "TB", "TB", "TB", "TC", "TC", "TC"
), QR = c(0.887816443, 0.951538103, 1.183724489, 0.180282758, 
0.215137859, 0.194566243, 0.479078287, 0.437796806, 0.398688344, 
0.49769484, 0.897095409, 1.242575344)), .Names = c("Samples", 
"Name", "QR"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -12L))

Mon fichier avec les moyennes, écart-type, ... (Stat)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dput(Stat)
Stat <-structure(list(Name = c("NT", "TA", "TB", "TC"), QR_Moy = c(1.00769, 
0.196662, 0.438521, 0.879122), Ecartype = c(0.155742, 0.0175218, 
0.0401999, 0.372765), ErreurType = c(0.089917686, 0.010116216, 
0.023209423, 0.215215973)), .Names = c("Name", "QR_Moy", "Ecartype", 
"ErreurType"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))

J'obtiens une liste de pvalues (List of 4) avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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test <- pairwise.t.test(data1$QR,data1$Name) 
test$p.value

# NT TA TB
# TA 0.007265354 NA NA
# TB 0.035774070 0.36596602 NA
# TC 0.460629603 0.01686606 0.08697365

Je ne sais pas comment extraire les pvalues des comparaisons des échantillons traités (ici n = 3 mais je peux en avoir bcp plus : TA, TB, TC) avec l'échantillon non traité (NT) : la première colonne en fait !

Voici le tracé du Barplot avec les écart-type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x11()
op <- par (las=2, cex=0.7, oma=c(1,0,0,0))
bp=barplot(Stat$QR_Moy,names.arg=Stat$Name,ylim=c(0,1.5),main="Test")
box() 
arrows(bp,Stat$QR_Moy-Stat$Ecartype,bp, Stat$QR_Moy+Stat$Ecartype, lwd=1.5, angle=90,length=0.1,code=3)

Je voudrais pouvoir mettre au dessus de chaque échantillon traité les étoiles de significativité liées au pvalues issues du t-test mais je ne sais pas comment écrire cela.
Peut-être ne faut-il pas partir de la liste "test" ?...
Du coup, je ne sais pas comment écrire la commande pour faire un t test sur n échantillons contre l'échantillon non traité. Il faudrait faire apparaître une colonne pvalue dans Stat qui correspondrait à une boucle où on fait un t test de NT contre l'échantillon A, B, C, ...n

Ensuite, comment utiliser cette valeur pour placer les étoiles sur le graphique ?

J'espère que tout ce que je viens de vous raconter est compréhensible ...
Toute aide sera la bienvenue.
Patricia

[cdv04]

Allez peut être faire un tour du côté des packages ggpubr et ggsignif.