Discussion :

[StatWom]

Bonjour à tous,

Je souhaiterais faire une analyse basée sur la méthode "Self-Controlled Case Series". J'ai trouvé un site qui explique cette méthode cependant je ne parviens pas à télécharger le package nécessaire : SCCS. J'ai essayé avec différentes versions de R et Rstudio mais rien à faire, ça ne marche pas...
Quelqu'un a-t-il déjà eu l'opportunité d'utiliser ce package ?

Merci

[A. D.]

Bonjour,

Je ne trouve aucun package nommé "SCCS" dans la liste des packages R sur le CRAN. Où avez-vous vu mention de ce package ?

Sinon sur github je suis tombée sur ce package "SelfControlledCaseSeries", peut-être que ça peut vous intéresser ?
Pour installer un package R depuis github, il faut avoir recours au package "devtools" (c'est détaillé sur la page github du package).

HTH !


Cordialement,


A.D.

[StatWom]

Bonjour,

Merci de votre réponse. En effet il s'agit bien de "SelfControlledCaseSeries". J'avais trouvé ce package sur ce site : http://statistics.open.ac.uk/sccs/r.htm

Je n'arrive cependant pas à installer ce package, que ce soit de GitHub ou des fichiers fournis par le site... Il y a un problème avec la ligne
" install_github("ohdsi/SqlRender") " de GitHub

Cordialement,

Chloé

[A. D.]

Bonjour,

Avez-vous bien suivi les étapes présentées sur la page Github du package et rappelées ci-dessous :

System Requirements
Requires R (version 3.2.2 or higher). Installation on Windows requires RTools. Libraries used in SelfControlledCaseSeries require Java.

1/ On Windows, make sure RTools is installed.
2/ The DatabaseConnector and SqlRender packages require Java. Java can be downloaded from http://www.java.com.
3/ In R, use the following commands to download and install SelfControlledCaseSeries:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("ohdsi/OhdsiRTools") 
install_github("ohdsi/SqlRender")
install_github("ohdsi/DatabaseConnector")
install_github("ohdsi/Cyclops")
install_github("ohdsi/SelfControlledCaseSeries")

Si oui, à quel niveau cela bloque-t-il et quel est l'erreur rencontrée ?


Cordialement,


A.D.

[StatWom]

Bonjour,

J'ai suivi toutes les instructions. Cependant je suis sur mac OS, pas Window. Il me semble que le problème vient de Java. Il est installé mais la connexion ne doit pas être faite. C'est à la ligne "install_github("ohdsi/SqlRender")" qu'il y a un problème. Voilà ce que Rstudio renvoie :

Downloading GitHub repo ohdsi/SqlRender@master
from URL https://api.github.com/repos/ohdsi/S...zipball/master
Installing SqlRender
'/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD INSTALL \
'/private/var/folders/9r/hlxqpmrn7tzdgqjl4vvrwlvm0000gp/T/Rtmp618ajQ/devtools5d9b4d048eba/OHDSI-SqlRender-ac9d419' \
--library='/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library' --install-tests

* installing *source* package ‘SqlRender’ ...
** R
** inst
** tests
** preparing package for lazy loading
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: impossible de charger l'objet partagé '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
Reason: image not found
ERROR: lazy loading failed for package ‘SqlRender’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/SqlRender’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/SqlRender’
Installation failed: Command failed (1)

Cordialement,