installation SLEPc et slepc4py

**indie** · 13/01/2018, 09h20

Bonjour,

j'ai besoin d'installer slepc4py, (je dois installer aussi SLEPc) pour faire simple j'ai utilisé la commande "pip installe slepc slepc4py" sans succès:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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root@user-UX331UN:/home/user/slepc-3.8.2# pip install slepc slepc4py
Requirement already satisfied: slepc in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/slepc-3.8.0-py2.7.egg
Collecting slepc4py
  Using cached slepc4py-3.8.0.tar.gz
Requirement already satisfied: petsc<3.9,>=3.8 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages (from slepc)
Requirement already satisfied: petsc4py<3.9,>=3.8 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages (from slepc4py)
Requirement already satisfied: numpy in /usr/lib/python2.7/dist-packages (from petsc4py<3.9,>=3.8->slepc4py)
Building wheels for collected packages: slepc4py
  Running setup.py bdist_wheel for slepc4py ... error
  Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-dLsWId/slepc4py/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" bdist_wheel -d /tmp/tmpNqtBxppip-wheel- --python-tag cp27:
  running bdist_wheel
  running build
  running build_src
  running build_py
  creating build
  creating build/lib.linux-x86_64-2.7
  creating build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
  copying src/__main__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
  copying src/SLEPc.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
  copying src/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
  creating build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/lib
  copying src/lib/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/lib
  creating build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include
  creating build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
  copying src/include/slepc4py/slepc4py.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
  copying src/include/slepc4py/slepc4py.SLEPc.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
  copying src/include/slepc4py/slepc4py.SLEPc_api.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
  copying src/include/slepc4py/slepc4py.i -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
  copying src/include/slepc4py/__init__.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
  copying src/include/slepc4py/SLEPc.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
  copying src/include/slepc4py/__init__.pyx -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
  copying src/SLEPc.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
  copying src/lib/slepc.cfg -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/lib
  running build_ext
  SLEPC_DIR:   /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/slepc-3.8.0-py2.7.egg/slepc
  PETSC_DIR:    /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc
  PETSC_ARCH:
  version:      3.8.1 release
  integer-size: 32-bit
  scalar-type:  real
  precision:    double
  language:     CONLY
  compiler:     /usr/bin/mpicc
  linker:       /usr/bin/mpicc
  building 'SLEPc' extension
  creating build/temp.linux-x86_64-2.7
  creating build/temp.linux-x86_64-2.7/src
  /usr/bin/mpicc -pthread -fPIC -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -fstack-protector -g -O -fPIC -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -DPETSC_DIR=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc -DSLEPC_DIR=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/slepc-3.8.0-py2.7.egg/slepc -I/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/slepc-3.8.0-py2.7.egg/slepc/include -I/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc/include -Isrc/include -I/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc4py/include -I/usr/include/python2.7 -c src/SLEPc.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/SLEPc.o
  In file included from src/SLEPc.c:3:0:
  src/slepc4py.SLEPc.c:515:19: fatal error: slepc.h: Aucun fichier ou dossier de ce type
  compilation terminated.
  error: command '/usr/bin/mpicc' failed with exit status 1
 
  ----------------------------------------
  Failed building wheel for slepc4py
  Running setup.py clean for slepc4py
Failed to build slepc4py
Installing collected packages: slepc4py
  Running setup.py install for slepc4py ... error
    Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-dLsWId/slepc4py/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-YaVIIJ-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
    running install
    running build
    running build_src
    running build_py
    creating build
    creating build/lib.linux-x86_64-2.7
    creating build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
    copying src/__main__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
    copying src/SLEPc.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
    copying src/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
    creating build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/lib
    copying src/lib/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/lib
    creating build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include
    creating build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
    copying src/include/slepc4py/slepc4py.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
    copying src/include/slepc4py/slepc4py.SLEPc.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
    copying src/include/slepc4py/slepc4py.SLEPc_api.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
    copying src/include/slepc4py/slepc4py.i -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
    copying src/include/slepc4py/__init__.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
    copying src/include/slepc4py/SLEPc.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
    copying src/include/slepc4py/__init__.pyx -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/include/slepc4py
    copying src/SLEPc.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py
    copying src/lib/slepc.cfg -> build/lib.linux-x86_64-2.7/slepc4py/lib
    running build_ext
    SLEPC_DIR:   /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/slepc-3.8.0-py2.7.egg/slepc
    PETSC_DIR:    /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc
    PETSC_ARCH:
    version:      3.8.1 release
    integer-size: 32-bit
    scalar-type:  real
    precision:    double
    language:     CONLY
    compiler:     /usr/bin/mpicc
    linker:       /usr/bin/mpicc
    building 'SLEPc' extension
    creating build/temp.linux-x86_64-2.7
    creating build/temp.linux-x86_64-2.7/src
    /usr/bin/mpicc -pthread -fPIC -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -fstack-protector -g -O -fPIC -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -DPETSC_DIR=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc -DSLEPC_DIR=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/slepc-3.8.0-py2.7.egg/slepc -I/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/slepc-3.8.0-py2.7.egg/slepc/include -I/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc/include -Isrc/include -I/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc4py/include -I/usr/include/python2.7 -c src/SLEPc.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/SLEPc.o
    In file included from src/SLEPc.c:3:0:
    src/slepc4py.SLEPc.c:515:19: fatal error: slepc.h: Aucun fichier ou dossier de ce type
    compilation terminated.
    error: command '/usr/bin/mpicc' failed with exit status 1
 
    ----------------------------------------
Command "/usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-dLsWId/slepc4py/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-YaVIIJ-record/install-record.txt --single-ver

J'ai testé "easy_install slepc4py" mais ca ne fonctionne pas non plus:

Code :

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root@user-UX331UN:/home/user/slepc-3.8.2# easy_install slepc4py
Searching for slepc4py
Reading https://pypi.python.org/simple/slepc4py/
Best match: slepc4py 3.8.0
Downloading https://pypi.python.org/packages/9c/59/4c2d2626af94489c92efcc5404c2a902f817c7ef0ec5bd5f6cd5c24d91dd/slepc4py-3.8.0.tar.gz#md5=c0657f2197237890c62ba8c30829c63a
Processing slepc4py-3.8.0.tar.gz
Writing /tmp/easy_install-sym1PW/slepc4py-3.8.0/setup.cfg
Running slepc4py-3.8.0/setup.py -q bdist_egg --dist-dir /tmp/easy_install-sym1PW/slepc4py-3.8.0/egg-dist-tmp-G7hz0H
In file included from src/SLEPc.c:3:0:
src/slepc4py.SLEPc.c:515:19: fatal error: slepc.h: Aucun fichier ou dossier de ce type
compilation terminated.
error: Setup script exited with error: command '/usr/bin/mpicc' failed with exit status 1

Je crois qu'il y a des problèmes de dépendance avec PETSc.
Avez vous une idée pour m'aider à avancer svp?

Merci

**wiztricks** · 13/01/2018, 11h01

Salut,

A mon sens, splepc étant une bibliothèque externe et connaissant les habitudes des distros linux, une erreur comme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

src/slepc4py.SLEPc.c:515:19: fatal error: slepc.h, Aucun fichier ou dossier de ce type

laisse penser qu'il faut installer un slepc de développement (et regarder ce qui ressemble à un **splepc-dev dans les packages de votre distro Linux).

- W

**VinsS** · 13/01/2018, 11h43

Je confirme, pour Debian/Ubuntu en tous cas.

Code :

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sudo apt-get install slepc-dev

**indie** · 13/01/2018, 11h54

Mais j'ai déjà installé slepc-dev...

**wiztricks** · 13/01/2018, 12h21

Envoyé par indie

Mais j'ai déjà installé slepc-dev...

Si c'est installé, slepc.h est à un endroit que la compilation qui est juste en cours (/usr/bin/mpicc....) ne trouve pas. Il faut peut être le dire à /usr/bin/mpicc via une variable d'environnement ou à une option à passer côté langage de commande tel que mentionné dans les instructions d'installation.

- W

**indie** · 13/01/2018, 12h32

Il faut peut être le dire à /usr/bin/mpicc via une variable d'environnement ou à une option à passer côté langage de commande tel que mentionné dans les instructions d'installation.

j'utilise bien cette page web pour m'inspirer mais là je suis à la limite de mes compétences/connaissances en installation/compilation, je ne sais pas comment faire pour avancer désolée.

**wiztricks** · 13/01/2018, 13h12

Envoyé par indie

j'utilise bien cette page web pour m'inspirer mais là je suis à la limite de mes compétences/connaissances en installation/compilation, je ne sais pas comment faire pour avancer désolée.

Si les instructions données dans le mode d'emploi ne fonctionnent pas, il faut aller chercher de l'aide dans un forum d'utilisateurs de ces bibliothèques (qui ont à priori su faire avec).

- W

**indie** · 13/01/2018, 18h27

C'est bien ce que je fais en venant sur ce forum, mais pour l'instant je n'avance pas.
J'ai essayé de changer le variable SLEPC_DIR sans succès non plus.

installation SLEPc et slepc4py

Déploiement/Installation Python

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