Comment optimiser son script perl

**FryHandiz** · 11/12/2017, 10h14

Bonjour,

Je suis une débutante en Perl, je me débrouille un peu concernant l'écriture de script, cependant bien souvent j'ai un problème de "temps".
En effet, je cherche à parser/gérer beaucoup de données et par exemple, je peux voir que mon dernier script est vraiiiiment très très très TRES lent

Du coup, je souhaitais savoir si vous auriez des conseils à donner ou des choses à éviter lorsque l'on écrit des scripts pour qu'ils soient "optimisés".
Par exemple, est-ce que passer par des tableaux ralentis ? Si oui, quelle alternative peut-on utiliser ? J'ai pu entendre parler de variable temporaire mais j'ai vraiment du mal avec ça :/ (concernant la compréhension toussa toussa)

Merci d'avance pour vos conseils !

EDIT : Je viens de m'intéresser à NYTProf qui n'est pas mal du tout !

**Lolo78** · 11/12/2017, 18h58

Bonjour,

impossible de répondre en général. Montre nous un de tes scripts trop lents, en précisant les volumes en entrée et en sortie, et en fournissant si possible des données en entrée, et on pourra peut-être t'aider.

Envoyé par FryHandiz

Par exemple, est-ce que passer par des tableaux ralentis ?

Dans certains cas oui, dans d'autres non. Impossible de donner une réponse générale à ce genre de question. Parfois il faut utiliser un hachage au lieu d'un tableau, parfois non.

Envoyé par FryHandiz

J'ai pu entendre parler de variable temporaire mais j'ai vraiment du mal avec ça :/ (concernant la compréhension toussa toussa)

Aucune idée de ce dont tu veux parler. Tu ne dois pas employer le bon terme.

Envoyé par FryHandiz

EDIT : Je viens de m'intéresser à NYTProf qui n'est pas mal du tout !

Excellente idée. Il ne sert à rien de chercher à optimiser les performances d'un programme tant que l'on n'a pas établi où il passe beaucoup de temps. Et NYTProf est le meilleur outil pour ce faire.

**FryHandiz** · 12/12/2017, 08h55

Envoyé par Lolo78

Aucune idée de ce dont tu veux parler. Tu ne dois pas employer le bon terme.

Oui, je voulais parler de "fichier temporaire". Enfin, je sais pas trop comment appeler ça autrement ah ah. J'avais vu quelque chose à ce sujet ici : https://docstore.mik.ua/orelly/perl4/cook/ch07_12.htm
Mais finalement j'ai eu quelques soucis pour l'utiliser.

Envoyé par Lolo78

Montre nous un de tes scripts trop lents, en précisant les volumes en entrée et en sortie, et en fournissant si possible des données en entrée, et on pourra peut-être t'aider.

Donc voici un de mes scripts par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings 'all';
use Data::Dumper;
use Bio::SeqIO;
use Bio::DB::Fasta;
use Devel::NYTProf;
 
my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => "testTESTUSE.fasta", 
                                -format => 'fasta');
 
while ( my $seq_obj = $seqio_obj->next_seq ) {
  my $id = $seq_obj-> display_id;
 
  my $length = $seq_obj->length; 
  my $half_length;
  my $modulo = $length % 2; 
 
  if ($modulo == 1){ 
    $half_length = ($length-1)/2; 
  }
  elsif($modulo==0){ 
    $half_length = $length/2; 
  }
 
  my $TIR_de_debut = $seq_obj->subseq(1,$half_length);
  my $TIR_de_fin = $seq_obj->subseq($length+1-$half_length,$length);
  my $rev = $seq_obj->revcom;
  my $TIR_de_fin_rev = $rev->subseq(1,$half_length);
 
  my $script = `perl scripts/perl/sw_algo.pl $TIR_de_debut $TIR_de_fin_rev`;
  print $id,"\n";
  print $script;
}

Dans ce script j'appelle un autre script. Je ne sais pas si c'est très pertinent de vous le montrer.
Mon jeu de données initial fait 3,6G.

Autrement voici un jeu de données test :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>chr1.27840.30250
TTAACTCTTATTATCAGTGAATTTATCATCATCCCCTATTTTACATAAGGAAATGGGGTTAGAAAgaccaaataacattttttcaacATCAAAACACTAGCTTGAGATCAAGCCCAGACTTGGATCTGTCGTCTGAATTCCaagctttttgttatttattgatatgttttgttgttttcatgcaATAATGC
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TTCTCCCACACCCCGCTCCAGGGTCTCTCCCGGAGTTACAAGCCTCGCTGTAGGCCCCGGGAACCCAACGCGGTGTCAGAGAAGTGGGGTCCCCTACGAGGGACCAGGAGCTCCGGGCGGGCAGCAGCTGCGGAAGAGCCGCGCGAGGCTTCCCAGAACCCGGCAGGGGCGGGAAGACGCAGGAGTGGGGA
GGCGGAACCGGGACCCCGCAGAGCCCGGGTCCCTGCGCCCCACAAGCCTTGGCTTCCCTGCTAGGGCCGGGCAAGGCCGGGTGCAGGGCGCGGCTCCAGGGAGGAAGCTCCGGGGCGAGCCCAAGACGCCTCCCGGGCGGTCGGGGCCCAGCGGCGGCGTTCGCAGTGGAGCCGGGCACCGGGCAGCGGCC
GCGGAACACCAGCTTGGCGCAGGCTTCTCGGTCAGGAACGGTCCCGGGCCTCCCGCccgcctccctccagcccctccgGGTCCCCTACTTCGCCCCGCCAGGCCCCCACGACCCTACTTCCCGCGGCCCCGGACGCCTCCTCACCTGCGAGCCGCCCTCCCGGAAGCTCCCGCCGCCGCTTCCGCTCTGCC
GGAGCCGCTGGGTCCTAGCCCCGCCGCCCCCAGTCCGCCCGCGCCTCCGGGTCCTAACGCCGCCGCTCGCCCTCCACTGCGCCCTCCCCGAGCGCGGCTCCAGGACCCCGTCGACCCGGAGCGCTGTCCTGTCGGGCCGAGTCGCGGGCCTGGGCACGGAACTCACGCTCACTCCGAGCTCCCGACGTGCA
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CAGCTGCGGAAGAGCCGCGCGAGGCTTCCCAGAACCCGGCAGGGGCGGGAAGACGCAGGAGTGGGGAGGCGGAACCGGGACCCCGCAGAGCCCGGGTCCCTGCGCCCCACAAGCCTTGGCTTCCCTGCTAGGGCCGGGCAAGGCCGGGTGCAGGGCGCGGCTCCAGGGAGGAAGCTCCGGGGCGAGCCCAA
GACGCCTCCCGGGCGGTCGGGGCCCAGCGGCGGCGTTCGCAGTGGAGCCGGGCACCGGGCAGCGGCCGCGGAACACCAGCTTGGCGCAGGCTTCTCGGTCAGGAACGGTCCCGGGCCTCCCGCccgcctccctccagcccctccgGGTCCCCTACTTCGCCCCGCCAGGCCCCCACGACCCTACTTCCCGC
GGCCCCGGACGCCTCCTCACCTGCGAGCCGCCCTCCCGGAAGCTCCCGCCGCCGCTTCCGCTCTGCCGGAGCCGCTGGGTCCTAGCCCCGCCGCCCCCAGTCCGCCCGCGCCTCCGGGTCCTAACGCCGCCGCTCGCCCTCCACTGCGCCCTCCCCGAGCGCGGCTCCAGGACCCCGTCGACCCGGAGCGC
TGTCCTGTCGGGCCGAGTCGCGGGCCTGGGCACGGAACTCACGCTCACTCCGAGCTCCCGACGTGCACACGGCTCCCATGCGTTGTCTTCCGAGCGTCAGGCCGCCCCTACCCGTGCTTTCTGCTCTGCAGACCCTCTTCCTAGACCTCCGTCCTTTGTCCCATCGCTGCCTTCCCCTCAAGCTCAGGGCC
AAGCTGTCCGCCAACCTCGGCTCCTCCGGGCAGCCCTCGCCCGGGGTGCGCCCCGGGGCAGGACCCCCAGCCCACGCCCAGGGCccgcccctgccctccagccctaCGCCTTGACCCGCTTTCCTGCGTCTCTCAGCCTACCTGACCTTGTCTTTACCTCTGTGGGCAGCTCCCTTGTGATCTGCTTAGTT
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>chr1.33014.36740
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GGAGACCTTACAGCTCTCCTGTCACCCCCAATTCCTGCCCCCTCTGCAGCCTTGGAGGAGAATGGAGCTGAAGGGCCTGCCCTCTGTAGGGTGAGAAAGGGAGGCTAAAGCCTGGTGCCCACTGCCCTGGCTGCTCCGCATTGCAGGAGCTGCGCCCTTCCTTTCCTGGCACAGGGTCCACAGCCCCGAAA
CCCCGTTGTGTGGGAGCTGGGCACAGGGCAGCAGGACTAATCCTTGGAACAGCTCAGGGAGGATTATCCCAGCCACTGTCAGCAGCGGTGCAGCTGGCTCATTCCCATATAGGGGGAGGCCAGAGCCAGGGGCCTGCCACAAGTTggaaggctggggaaggggaggccAGCAGAGGTGTCCTGGCTGTGGG
TGGCTCTGAGGGGGCTCTCAGGGGTGGGGCTAAATCTCAGGGGCAGGATTATGTAAATCAAACCAATTCTAGCCACAGAtttaaagtttggaaaaaaaaaaaaacccagcctggcggaaagaatttaaattataaaaacttagAAGTATGGAATGTGAAATCATCCTGTAGGTGCTTATTTAACAACGAAA
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ATATGAAGAATATTATAAATCATATCAATAACCACAACATTCAAGCTGTCAGTTTGAATAGACAATGTAAATGACAAAACTACATACTCAACAAGATAACAGCAAACCAGCTTCGACAGCACGTTAAAGGGGTCATACAACATAATCGAGTAGAATTTATCTCtgagatgcaagaatggttcaaaatatgg
aaaccaataaatgtgatatgccacactaacagaataaaaaataaaaatcatattatcatctcaatagatgcagaaaaagcattaacAAAAGTAAACATTCTTTCATAATAAGacatcagataaaacaaattaggaatagaaggaatgtaccgcaacacaataaaggccatatataacaagcccacagctaa
catcataatagTAAAATCATCACACtggtaaaaaaaatgaaagcttttcctctaaggtcAGAAATAATATAAAGGTTCCCACTCTTGCTATTTCTATTCCATATCGTACTAAAAGTCCTAGCCAGGAcaattagacaaaataaaaataaaaacacccaaATTGGAAAGATAGAAGCAAACTTTTCTGTTTA
CAGAtaacataatcttatatgtagaaaccCCTTAAaacttcagcaaaaaaaaaaaaaaaactacagagctagtaaattcagtgaagttgcagaatacaaaatcaacatacaaaaatcagtagtgtctCTATACACTAATAAGGACTTAACAGAGaaagaagttaagaaaacaaTACCACTAACAATagaat
ccaaaaaataaaatacttaggaataaattttaccaaacatctgtacactaaaaactataaaacattgaaaaaagaagTTGAATAAGACACATATAAATAGAAAGCTATCTCATGTTAA

En utilisant NYTProf j'ai justement pu voir que les choses prenant beaucoup de temps sont mon while

, ma aussi le 'revcom' (puis aussi l'appel de l'autre script).

Merci d'avance pour votre aide !

**Arioch** · 12/12/2017, 13h04

Bonjour,

à la ligne 32, tu demandes à ton script Perl d'exécuter un autre script Perl.

Peut être est-ce là où il faut commencer à chercher au sujet des lenteurs.

Ton script Perl sw_algo.pl ne peut-il pas être transformé en lib (fichier .pm) ?

**Lolo78** · 12/12/2017, 14h28

Bonjour FryHandiz,

que le while prenne du temps, on s'y attend, puisque tout est fait dans cette boucle. Une petite question, cependant: as-tu un ordre de grandeur sur le nombre d'itérations effectuées par cette boucle?

Quant à revcom, je n'ai aucune idée de ce que ça fait et n'en vois pas de trace dans les modules que tu utilises. Donc, là, je ne sais pas...

Cette ligne retient mon attention:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
my $script = `perl scripts/perl/sw_algo.pl $TIR_de_debut $TIR_de_fin_rev`;

Pour chaque itération de ta boucle while, tu lances ce script, ce qui veut dire que tu lances sans doute un shell, puis lances l'interpréteur Perl, puis compiles le script sw_algo.pl, et enfin exécutes ce script. Ça, c'est certainement très inefficace, surtout si ta boucle whilefait beaucoup d'itérations. Ne peux-tu pas mettre le contenu de ce script dans une fonction (ou une grappe de fonctions, voire un module) dans ton script principal. Je n'ai pas tous les éléments en main pour juger avec certitude, mais je pense que tu pourrais gagner vraiment beaucoup de temps en évitant cet appel externe répétitif. Peux-tu montrer le contenu de sw_algo.pl?

D'ailleurs, pourrais-tu aussi fournir les informations détaillées de profilage données par NYTProf, cela m'aiderait sans doute à t'aider.

**disedorgue** · 18/12/2017, 11h07

Bonjour,

Je suis en accord avec Lolo78 et Arioch, faut vraiment éviter ce genre d'appel, voici un exemple qui montre la perte de temps du chargement d'un contexte processus: methode-d-utilisation-d-openssl-shell-cryptage-massif-mots-passe

Sinon, pour ma part, lorsque je dois parser/traiter des données massivement, j'essaye autant que possible, de ne parcourir les données qu'un minimum de fois, quitte à les trier (dans le sens, les réorganiser) si par la suite ça peut me faire gagner un temps non négligeable.

Un autre concept qui coule de source mais bien souvent au quel on ne pense pas, c'est quand on doit passer plusieurs filtre éliminatoire sur les données, on essaye d'abord de passer ceux qui élimine la plus grande partie en premier.

On essaye aussi de réduire au minimum les entrées sorties car bien souvent, l'attente est au niveau de celles-ci et non au niveau du calcul pure.

On réduits aussi les ouvertures/fermetures de fichiers massives au minimum: ici, je ne dis pas qu'il faut garder les fichiers ouverts, ce que je veux dire, c'est que l'on ne s'amuse pas à ouvrir et fermer le même fichier n fois, il existe des fonctions qui permettent de se déplacer dans les fichiers qui sont beaucoup moins couteuse que l'ouverture et la fermeture de fichier. En fait, les ouvertures et fermetures de fichiers ont presque le même impact qu'un chargement de contexte.

**djibril** · 18/12/2017, 22h36

Bonsoir,

Cela fait quelques temps, si ce n'est quelques années que je n'ai pas utilisé ce module.
à part jeter un coup d’œil dans le deuxième script appelé, je ne vois où où l'on pourra optimiser ton programme.
Tu utilises un module qui est déjà optimisé. Tu as un gros fichier de plusieurs Go contenant beaucoup de séquences.
La fonction revcom te fournie la séquence reverse complémentaire, tu ne pourras pas faire mieux. De plus, tout est fait en mémoire, du moins, chaque séquence d'ADN (chaque itération du while) est analysée et mise en mémoire, ce qui permet aux fonctions ID, subseq... d'être rapide.

Comment optimiser son script perl

Langage Perl

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