Discussion :

[redha9399]

Bonjour à tous , j'ai un petit soucis , je voudrais représenter des barplot pour représenter l’abondance de bacteries dans chaque
échantillon, je vous montre un appercu du tableau de données que j'ai, j'ai 9 échantillons et 300 bactéries avec la proportion de chaque
bactérie dans l’échantillon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Taxons	trimmed-A1D1_S395_R1_001	trimmed-A2D1_S312_R1_001	trimmed-A3D1_S324_R1_001	trimmed-A4D1_S336_R1_001	trimmed-A5D1_S348_R1_001	trimmed-A6D1_S360_R1_001	trimmed-A7D1_S372_R1_001	trimmed-A8D1_S384_R1_001	trimmed-A9D1_S396_R1_001
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Actinomyces;s__Actinomyces_graevenitzii	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Actinomyces;s__Actinomyces_naeslundii	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Actinomyces;s__Actinomyces_odontolyticus	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Actinomyces;s__Actinomyces_oris	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Actinomyces;s__Actinomyces_sp._oral_taxon_448	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Actinomyces;s__Actinomyces_sp._oral_taxon_849	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Actinomyces;s__Actinomyces_viscosus	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Mobiluncus;s__Mobiluncus_curtisii	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Bifidobacteriales;f__Bifidobacteriaceae;g__Bifidobacterium;s__Bifidobacterium_adolescentis	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Bifidobacteriales;f__Bifidobacteriaceae;g__Bifidobacterium;s__Bifidobacterium_animalis	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Bifidobacteriales;f__Bifidobacteriaceae;g__Bifidobacterium;s__Bifidobacterium_bifidum	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Bifidobacteriales;f__Bifidobacteriaceae;g__Bifidobacterium;s__Bifidobacterium_longum	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Bifidobacteriales;f__Bifidobacteriaceae;g__Bifidobacterium;s__Bifidobacterium_pseudocatenulatum	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium;s__Corynebacterium_accolens	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium;s__Corynebacterium_glutamicum	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium;s__Corynebacterium_matruchotii	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium;s__Corynebacterium_pseudogenitalium	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium;s__Corynebacterium_tuberculostearicum	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Dietziaceae;g__Dietzia;s__Dietzia_cinnamea	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Mycobacteriaceae;g__Mycobacterium;s__Mycobacterium_kansasii	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Mycobacteriaceae;g__Mycobacterium;s__Mycobacterium_parascrofulaceum	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Mycobacteriaceae;g__Mycobacterium;s__Mycobacterium_smegmatis	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Mycobacteriaceae;g__Mycobacterium;s__Mycobacterium_sp._360MFTsu5.1	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Mycobacteriaceae;g__Mycobacterium;s__Mycobacterium_tuberculosis	0	0	0	0	0	0	0	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Nocardiaceae;g__Rhodococcus;s__Rhodococcus_equi	5.72878304280219e-05	0	0	9.66108899795185e-06	0	0	1.67215691520492e-05	0	0
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Corynebacteriales;f__Nocardiaceae;g__Rhodococcus;s__Rhodococcus_erythropolis	0	0	0	0	0	0	0	0	0

j'ai trouvé un tutoriel, il fallait importer tout le texte dans le read.table, tab<-read.table(head=T, sep="\t",quote=",text=" je copie tout le tableau ")

j'ai une erreur : unexepecter numeric constant.

Je vous remercie d'avance

[mgdondon]

Bonjour,

Je ne comprends pas très bien la structure de vos données :

• Sur la première ligne, les noms des variables sont séparées par des espaces.
• Sur les lignes suivantes, les valeurs sont séparées par des points-virgules et il y a davantage de valeurs que de variables.

Je vous conseille d'enregistrer vos données au format csv pour les importer dans R (fichier ci-joint) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> df <- read.csv("D:/temp/test.txt")
> str(df)
'data.frame':   26 obs. of  16 variables:
 $ Taxon1                  : Factor w/ 1 level "k__Bacteria": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Taxon2                  : Factor w/ 1 level "p__Actinobacteria": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Taxon3                  : Factor w/ 1 level "c__Actinobacteria": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Taxon4                  : Factor w/ 3 levels "o__Actinomycetales",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 ...
 $ Taxon5                  : Factor w/ 6 levels "f__Actinomycetaceae",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 ...
 $ Taxon6                  : Factor w/ 7 levels "g__Actinomyces",..: 1 1 1 1 1 1 1 5 2 2 ...
 $ Taxon7                  : Factor w/ 26 levels "s__Actinomyces_graevenitzii",..: 1 2 3 4 5 6 7 19 8 9 ...
 $ trimmed.A1D1_S395_R1_001: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A2D1_S312_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A3D1_S324_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A4D1_S336_R1_001: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A5D1_S348_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A6D1_S360_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A7D1_S372_R1_001: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A8D1_S384_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A9D1_S396_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

Cordialement,

[redha9399]

Bonjour,

Je ne comprends pas très bien la structure de vos données :

• Sur la première ligne, les noms des variables sont séparées par des espaces.
• Sur les lignes suivantes, les valeurs sont séparées par des points-virgules et il y a davantage de valeurs que de variables.

Je vous conseille d'enregistrer vos données au format csv pour les importer dans R (fichier ci-joint) :

Code :

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> df <- read.csv("D:/temp/test.txt")
> str(df)
'data.frame':   26 obs. of  16 variables:
 $ Taxon1                  : Factor w/ 1 level "k__Bacteria": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Taxon2                  : Factor w/ 1 level "p__Actinobacteria": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Taxon3                  : Factor w/ 1 level "c__Actinobacteria": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Taxon4                  : Factor w/ 3 levels "o__Actinomycetales",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 ...
 $ Taxon5                  : Factor w/ 6 levels "f__Actinomycetaceae",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 ...
 $ Taxon6                  : Factor w/ 7 levels "g__Actinomyces",..: 1 1 1 1 1 1 1 5 2 2 ...
 $ Taxon7                  : Factor w/ 26 levels "s__Actinomyces_graevenitzii",..: 1 2 3 4 5 6 7 19 8 9 ...
 $ trimmed.A1D1_S395_R1_001: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A2D1_S312_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A3D1_S324_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A4D1_S336_R1_001: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A5D1_S348_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A6D1_S360_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A7D1_S372_R1_001: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A8D1_S384_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ trimmed.A9D1_S396_R1_001: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

Cordialement,

voila comment se compose mon fichier j'ai mes echantillons en ligne et mes variables en colonne
et je veux faire un barplot de la distribution de chaque bacterie(variable) dans chaque echantillon, donc chaque echantillon aura une barre avec
à l'interieur le pourcentage de chaque espéce

[mgdondon]

Bonjour,

Enregistrez votre fichier au format csv et vous pourrez l'importer correctement à l'aide de la fonction read.csv() ou read.csv2() en fonction de la configuration de votre ordinateur.

Vérifiez que l'import s'est bien passé à l'aide de la commande str().

Cordialement,

[redha9399]

j'ai bien importé avec le read.csv , mais le soucis aprés pour faire les plot j'ai vu qu'il fallait
mettre tout le texte dans " text=" et non pas importer le csv

[mgdondon]

Les fonctions read.table() et read.csv() permettent de charger des données dans un dataframe.

Je ne suis pas sure de comprendre ce que vous voulez faire, mais s'il s'agit de faire un barplot par ligne de votre fichier Excel, vous pouvez regarder ici.

Cordialement,