Discussion :

[guiillaume63]

Bonjour,

Je souhaiterai pouvoir lire un fichier .gz si possible sans le dézipper mais plutôt le lire ligne par ligne.
Je travail sous Windows et les scripts perl seront sur un serveur linux.
Comment faire ??
Existe t-il une librairie ??
J'ai trouvé cela mais sous windows cela ne marche pas ... normal ..

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

open (FILE, tar -xzf >"http://www.hapmap.org/genotypes/latest_ncbi_build35/non-redundant/genotypes_chr10_CEU.b35.txt.gz");

Merci de votre aide.

[pospos]

le lire ligne par ligne sans le dezipper?
Tu veux dire le dezipper à mesure que tu le lis?

Si c'est le cas alors tu peux utiliser PerlIO::gzip ( http://search.cpan.org/~nwclark/PerlIO-gzip )

(necessite perl 5.8 minimum)

[guiillaume63]

Merci de ta réponse !!

Encore une questiion, je trouve pas de documentation sur cette librairie, pourrais tu m'expliquer comment faire pour décompresser ligne par ligne un fichier .gz distant .

Merci

[pospos]

la documentation est à un clique du lien que je t'ai passé :
http://search.cpan.org/~nwclark/PerlIO-gzip/gzip.pm

[guiillaume63]

Merci beaucoup et désolé de ne pas l'avoir vu.
J'ai encore une petite question :
C'est parfait j'arrive a lire au fur et a mesure que le fichier se dézippe mais mon problème c'est que le fichier se trouve sur un serveur distant et je n'ai pas envie de télécharger tout les fichiers que j'ai besoin. Est il possible de dézipper ce fichier même s'il est sur un serveur distant??Car pour l'instant j'y arrive pas.

Mon code est le suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use PerlIO::gzip;
  open FOO, "<:gzip", "http://www.hapmap.org/genotypes/latest_ncbi_build35/non-redundant/genotypes_chr10_CEU.b35.txt.gz" or die $!;
  print while <FOO>; 
 
  binmode FOO, ":gzip(none)" ;

Merci

[pospos]

tu y accede en HTTP ?
Si c'est le cas tu peux t'arranger pour que le serveur distant envoi ce fichier en le considerant comme gzipé au niveau du protocol (donc transparent pour toi) et en utilisant LWP tu dois pouvoir le lire dezippé

pour ce faire il faut que tu demande le fichier sans le .gzip au serveur, et si il est configuré pour supporter cela il utilisera la version gzipé si ton client lui dit qu'il saura le gerer (ce qui est normalement le cas de LWP::UserAgent si tu a Compress::Zlib installé)