setwd : permet de définir comme répertoire courant le répertoire en argument. Donc, doit être au plus utilisé une seule fois au début du script ou de la session.
source : permet de charger dans l'espace de travail un script R. A moins que ce script change à chaque itération, il est inutile de le charger à chaque itération. Donc à n'appeler qu'en début de la sessions.
read.table : son premier argument est le chemin d'accès (relatif ou absolu) au fichier. Je suppose que c'est un fichier différent par itération et que les noms sont stocké dans un vecteur de chaînes de caractères. Donc, se positionner sur le répertoire où se trouve le fichier par un setwd ne sert à rien sauf à entraîner la confusion et des erreurs.
La fonction retourne un résultat mais pour être utilisé dans le script, il faut que le résultat soit stocké dans l'espace de travail ce qui n'est pas fait. Il faut donc une commande du type :
resultat <- Fonction_QM(SOL_Val,SAT_Val)
comme l'a souligné DeepLearning. De même, cf. la réponse de DeepLearning, l'objet qui contient les différents résultats (ici, resultat_tot) doit être initialisé sinon quand on veut y ajouter quelque chose, R ne le connait pas. Ces règles sont des règles classiques de programmation et non spécifiques de R.
Maintenant est-ce que l'ajout se fait grâce à un cbind ? Cela dépend du type de résultat de la fonction. Pour que cela fonctionne, il faut que la fonction renvoie un vecteur toujours de la même longueur et du même type.
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