Discussion :

[louna25]

bonjour à tous
je suis une étudiante en imagerie et j'utilise récemment l'image J pour traiter des images .

je voulais sélectionner la première image dans un stack contenant 862, j'ai utilisé set slice(1) mais je n'ai pas réussi .

Pour plus expliquer j'ai une liste qui contient des n stacks d'images et je voulais sélectionner la première image du chaque stack tout le long de la liste, ma macro était

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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j = 1
m = 0
 
//Select folder containing stacks to process.
input = getDirectory("Choose substack Directory");
 
 
//Create output folder.
File.makeDirectory(input+"\Concatenate");
output = input+"\selection"
 
Dialog.create("File type");
Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
Dialog.show();
suffix = Dialog.getString();
 
 
// DETERMINE NUMBER OF .TIF FILES ("m")
list = getFileList(input);
   for (i=0; i<list.length; i++)
	if (endsWith(list[i], suffix)) 
		m = m+1;
 
setBatchMode(true);  
list = getFileList(input);
   for (i=0; i<list.length; i++)
	setSlice(1) {
		processFile(input, output, list[i]);
		j = j+1;
		showProgress(j);
 
}
 
setBatchMode(false);
 
function processFile(input, output, file) {
 
	open(list[i]);
	run("selection",+ " image1=" +list[i] );
	saveAs("tiff", input+"\\selection \\"+ list[i]);
	close();
	}
print(j+1, " substacks were concatenated 2 by 2 and are available in the folder: " + input+"\Concatenate");

Merci pour votre aide

[Kangourou]

Bonjour,

un petit détail tout d'abord : merci de préciser le message d'erreur qui apparait, cela permet de mieux comprendre ce qui peut ne pas marcher...

Dans le script que tu proposes, j'ai l'impression que la commande "setSlice" est mal placee. Je la verrais plutot *apres* l'accolade, alors que là elle est avant... Du coup la syntaxe globale est curieuse, et c'est peut etre la raison du bug ?

A++

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Oui, envoie nous ton message d'erreur, ça sera plus facile de voir où est le problème. Je pense qu'il y a plusieurs erreurs. Déjà le setSlice qui n’est pas du bon coté de l'accolade comme l'a dit Kangourou, aussi tu n'utilises pas ta variable m une fois que tu as compté le nombre de tif, je pense que tu voulais l'utiliser dans la boucle for suivante. A la fin, je pense qu'il y a un problème avec cette fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

run("selection",+ " image1=" +list[i] );

, je pense qu'il faudrait supprimer le + après la virgule. Tu as obtenu cette ligne du macro recorder? Quelle est cette fonction?

[louna25]

Merci beaucoup pour votre réponse, j'ai modifie un petit peu dans le script mais toujours j'arrive pas à extraire les premières images de chaque stack, le message d'erreur est : " this command Requires a selection ".
Mon script modifie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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m = 0
 
//Select folder containing stacks to process.
input = getDirectory("Choose substack Directory");
 
 
//Create output folder.
File.makeDirectory(input+"\Concatenate");
output = input+"\Concatenate"
 
Dialog.create("File type");
Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
Dialog.show();
suffix = Dialog.getString();
 
 
// DETERMINE NUMBER OF .TIF FILES ("m")
list = getFileList(input);
   for (i=0; i<list.length; i++)
	if (endsWith(list[i], suffix)) 
		m = m+1;
 
setBatchMode(true);  
list = getFileList(input);
   for (i=0; i<list.length; i=i + 1) {
	 setSlice(1);
                    processFile(input, output, list[i]);
}
 
setBatchMode(false);
 
function processFile(input, output, file) 
 
 
	run("Selection...", "  title=" +list[i] );
	saveAs("tiff", input+"\\Selection\\"+ list[i]);
	close();

[louna25]

concernant la commande + je l'utilise dans un autre script et ça marche sans aucune erreur mais je veux la modifier en tout cas , j'ai essayé d'écrire un autre script pour le même but mais malheureusement c par marcher, le message d'erreur était

';'expected in lin 38
<run> (''Make Substack...", "Slices="+ slices) ;'

le script est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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m = 0
 
//Select folder containing stacks to process.
input = getDirectory("Choose substack Directory");
//Create output folder.
File.makeDirectory(input+"\Concatenate");
output = input+"\Concatenate"
 
Dialog.create("File type");
Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
Dialog.show();
suffix = Dialog.getString();
 
 
// DETERMINE NUMBER OF .TIF FILES ("m")
list = getFileList(input);
   for (i=0; i<list.length; i++)
	if (endsWith(list[i], suffix)) 
		m = m+1;
title=getTitle();
selectWindow(title);
run("Make Substack...", "  slices=1");
 
title=getTitle();
s = 1;
while (s <= nSlices) {
  selectWindow(title);
  slices="+s+";
 run("Make Substack...", "  slices=" + slices);
  save(title + "-" + slices + ".tif");
  close();
  s ++;
}

[Tchoukatroc]

Bonjour,

J'ai corrigé des trucs dans ta macro, maintenant, elle sauve la première image de chaque stack dans le dossier concatenate. Peux tu essayer pour voir si ça marche et si ça fait ce que tu veux?

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m = 0
 
//Select folder containing stacks to process.
input = getDirectory("Choose substack Directory");
 
//Create output folder.
File.makeDirectory(input+ File.separator()+"Concatenate");
output = input+ File.separator()+"Concatenate";
 
Dialog.create("File type");
Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
Dialog.show();
suffix = Dialog.getString();
 
setBatchMode(true);
list = getFileList(input);
for (i=0; i<list.length; i++) 
{
	if (endsWith(list[i], suffix))
	{
		m++;
		open(input+list[i]);
		Stack.setFrame(1);
		processFile(output, list[i]);
		close();
	}
}
 
setBatchMode(false);
 
function processFile(output, file)
{
	run("Duplicate...", " ");
	saveAs("tiff", output+File.separator()+"Selection"+ list[i]);
	close(); 
}