quand perl s'arrete de manière inexpliquée

**stoyak** · 08/06/2006, 19h33

voilà, j'ai un problème qui commence à me

...
j'upload de très gros fichiers que je parse ensuite pour n'en récupérer que les informations nécessaires ... toutes ces informations sont stockées dans un hash avant d'être écrites dans des fichiers .txt.
tout cela se fait en cgi ...
mais voilà, perl s'arrete tout seul systematiquement vers le 13eme fichier? si je fais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ps -aux | grep perl

au 12eme, j'obtiens

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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bob    2111  98.1  3.5    74904  54604  ??  R     7:12PM   8:10.57 /usr/bin/perl -w^M /Applications/MAMP/cgi-bin/analysis.pl
bob    2695   0.0  0.0    27804      4  p1  R+    7:21PM   0:00.00 grep perl

pour le 13eme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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bob    3075   0.0  0.0    27804    124  p1  R+    7:27PM   0:00.00 grep perl

je suis là dessus depuis le début d'apres midi :tester les fichiers=>ok, le script fonctionne sans souci sur mon petit portable de maison avec 1Go de RAM??
Quelqu'un aurai-il une idée???? ça me dépasse

**Mr6** · 09/06/2006, 08h00

cgi ? serveur web ? message d'erreur dans l'error_log ?
à la rigueur temps écoulé lorsque tu arrives au 13ème fichier ? (time out ?)
Et à tout hasard ton script ressemble à quoi ?

@+
Mr6

**stoyak** · 09/06/2006, 10h10

Envoyé par Mr6

cgi ? serveur web ? message d'erreur dans l'error_log ?
à la rigueur temps écoulé lorsque tu arrives au 13ème fichier ? (time out ?)
Et à tout hasard ton script ressemble à quoi ?

@+
Mr6

J'ai pas de messages d'erreurs dans mes fichiers log. Je me demandais si c'etait pas un probleme de timeout, mais comment savoir? ou configurer cela? Et si c'est ça, pourquoi ça ne le fait pas sur mon portable (sous XP, easyphp) qui est moins puissant et contient moins de memoire RAM que mon PC de boulot (Je suis sous MAC et utilise MAMP qui equivaut à easyphp avec 2Go de RAM)??

Mon script est long et y a pas de message d'erreur. Il traite les fichiers qu'il a uploadé et en recrée d'autres. ces fichiers font en moyenne 30Mo.
Car c'est bien quelqu'un qui stoppe mon script, et comme c'est pas moi, ça ne peut etre que apache, non??

Merci

**Mr6** · 09/06/2006, 10h43

honnêtement j'ai du mal à croire que tu n'aies rien dans ton error_log... ca va compliquer la tâche si tu n'as pas de log, pas de message d'erreur, et juste un symptome... Je te conseillerais de mettre qq procédures de test dans ton script, à l'ouverture/fermeture du fichier ou d'autres endroits stratégiques de ta boucle...

**stoyak** · 09/06/2006, 10h51

c'est déjà fait. J'ai des die pour l'ouverture de mes fichiers. Si c'etait ce genre de probleme, j'aurais du les avoir dans mes log.
Merci de te pencher sur mon probleme

**Mr6** · 09/06/2006, 10h58

est-ce que tu pourrais nous montrer ne serait-ce que les 5 dernières lignes de ton log ainsi que le code de ta boucle stp ?

**stoyak** · 09/06/2006, 11h20

alors, voilà, ça devient encore plus métaphysique ...
je fais tourner le script ... il fait 2 étapes différentes:
- l'upload des fichiers
- le traitement des fichiers uploadés

voilà ce que je récupère du log

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 [Fri Jun 09 11:00:45 2006] [notice] Apache/2.0.54 (Unix) PHP/5.0.4 DAV/2 configured -- resuming normal operations
 
[Fri Jun 09 11:09:00 2006] [error] [client ::1] Premature end of script headers: analysis.pl, referer: http://localhost:8888/cgi-bin/target.pl

le script ce serait arrêté à 11:09

seulement voilà, le script tournait encore à 11:13 et le fichier qui a été créé à ce moment là est correct

petite remarque, les fenêtres web sont des popups et le script traitement.php se rafraichit toutes les 5 sec, il m'est donc impossible d'avoir un timeout .. enfin, je le crois ...

**Mr6** · 09/06/2006, 11h24

Quel est le nom du fichier de log d'où tu sors cette ligne ? est-ce que tu travailles avec des virtualhosts ?

**stoyak** · 09/06/2006, 11h35

nom de mon fichier_log:apache_error_log

les virtual hosts?? euhhhhh, à vrai dire, je ne sais meme pas ce que c'est ..

**Mr6** · 09/06/2006, 11h39

hé bien c'est pour héberger plusieurs sites web sur un seul serveur, et tu leur donnes des noms différents, des hôtes virtuels quoi ! pour vérifier ca, tu regardes dans ton httpd.conf, tout à la fin. De manière plus générale, cherches-y tout ce qui pourrait s'appeler à error_log car je ne suis pas sûr que tu pioches dans le bon fichier de log....

**stoyak** · 09/06/2006, 11h45

voilà ce que je récupère dans mon fichier httpd.conf à propos des erreurs log ... j'ai bien peur de piocher dans le bon fichier:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ErrorLog /Applications/MAMP/logs/apache_error_log

**Mr6** · 09/06/2006, 12h03

arf ! en effet... là comme ca je sèche un peu... tu veux vraiment pas me montrer un bout de code des fois que ca me donnerait de l'inspiration ? en y réfléchissant je me demande si ca ne serait pas en rapport avec ton upload... dis m'en plus

**stoyak** · 09/06/2006, 14h58

j'ai tournée ça dans ts les sens, rien à faire ...

Voilà le code de mon script target.pl

Code :

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#!/usr/bin/perl -w
 
# utilisation du module CGI pour recuperer les informations entrees par l'utilisateur
use CGI;
use strict;
use Carp;
# utilisation du module module.pm pour transformer les fichiers pour l'analyse en R
use lib '.';
use module;
 
#

**stoyak** · 09/06/2006, 15h12

quoi que je fasse, ça bloque toujours au 13ème fichier .. aurais-je dépasser la mémoire de perl?? c'est systématique à la position d'un fichier et non à un fichier particulier ... chaque fichier traité fait environ 25Mo, 45000 lignes et 80 colonnes ..

**Mr6** · 09/06/2006, 15h14

Bon, là comme ca je vois que tes open ne sont pas testés (pas bieeeeenn

) et pour la regex qui te permet de récupérer le nom du fichier, tu sembles sûr du fait qu'il n'y a qu'un seul niveau d'arborescence... (un petit $ après tes parenthèses t'assurerait que tu récupères bien la fin donc le fichier

).
pour le reste faut que je regarde de plus près.
tu pourrais donner la liste des fichiers stp ? (path+nom)

**stoyak** · 09/06/2006, 15h21

exemple de fichiers à tester:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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/Users/bob/Documents/PRE-PROCESSING/data/I5329.txt
/Users/bob/Documents/PRE-PROCESSING/data/T4832.txt
/Users/bob/Documents/PRE-PROCESSING/data/T4820.txt
/Users/bob/Documents/PRE-PROCESSING/data/C4823.txt
/Users/bob/Documents/PRE-PROCESSING/data/B4925.txt
/Users/bob/Documents/PRE-PROCESSING/data/C4922.txt
.../...

j'en teste une vingtaine à chaque fois ... et arrêt au 13/14
ce sont des fichiers txt tabulés

Merci pour ton aide mr6!!

**Mr6** · 09/06/2006, 15h38

J'ai du mal à comprendre ce que tu fais exactement en fait...
lorsqu'on appelle ton script, on lui file un fichier en paramètre, il l'uploade, et après il crée un fichier analyse_... qui contient uniquement un ID ? c ca ?
en fait en relisant, je vois que ton script envoie les fichiers à uploader vers analysis.pl, et c'est lui qui fait l'upload de ta 20aine de fichiers, non ? donc c'est peut-être plutôt lui qu'il faut regarder

**stoyak** · 09/06/2006, 15h54

je vais essayer de résumer simplement

:

target.pl
il me récupère des paramètres que l'utilisateur m'a fourni précédemment
il crée les répertoies temporaires
il uploade un fichier de référence (gal). si celui-ci est correct, il print un formulaire dans lequel on ecrit remplit d'autres champs et upload les fichiers txt qui à priori posent problème.
le tout est envoyé à analysis.pl

analysis.pl
il me récupère les informations fournies pour chacun des champs, fait différents tests pour savoir si tout s'et bien passé...
le but principal est de construire un fichier hybride entre le gal et un txt (ex:1 gal, 20 txt => 20 txt hybrides ..)

en voici le code

Code :

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#!/usr/bin/perl -w
#====================================================
#&change_popup($message) permet de modifier le fichier traitement.php (deuxieme popup ouvert)
#$message => texte qui sera rajoute à la fin de traitement.php (ce dernier ce rafraichit toutes les 15 sec, donc notre texte sera affiché)
#&initialise() => permet de rendre traitement.php vierge, en faite il le recrée de novo (voir le code dans module.pm)
#
#
# utilisation du module CGI pour recuperer les informations entrees par l'utilisateur
use CGI;
use strict;
use Carp;
 
# utilisation du module module.pm pour transformer les fichiers pour l'analyse en R
use lib '.';
use module;
 
$| =1;
#Quand cette variable est fixée sur une valeur différente de 0, 
#Les sorties avec print ne sont pas mises en mémoire tampon, 
#mais ont lieu à l'instant où l'instruction print est interprétée. 
#Normalement, les sorties en Perl 
#transitent en mémoire tampon pour être ensuite sorties sous forme de blocs.
 
my ($ID,$rep,$fic,$rep_temp,$mon_dir,$dir_upload,
$dir,$dir_R,$dir_rep,$nb_lame,$fichier_gal,$message_popup,$unedate)=();
 
my @tab_fic=();
 
	#chemin css, refresh, images, javascript, index
	my $chemin_css = "http://localhost:8888/PF_Transcriptome/text/style.css";
	my $chemin_javascript = "http://localhost:8888/PF_Transcriptome/text/script.js";
	my $chemin_refresh = "http://localhost:8888/PF_Transcriptome/preprocess_fr.php";
	my $chemin_image = "http://localhost:8888/PF_Transcriptome/images";
	my $chemin_index = "http://localhost:8888/PF_Transcriptome/index.php";
 
	# creation du fichier target.txt
	my $target = "target.txt";
 
############################################################################################
# le but de  ce script est de créer un fichier targets.txt pour la suite des analyses en R #
############################################################################################
 
# creation de l'objet CGI
my $query = new CGI;
 
# On teste la requete envoyé à analysis.pl. On verifie avec quelle methode les infos ont été envoyées à analysis.pl
my $methode = $query ->request_method();
#==========================================================
# Cas où les infos ont été envoyées avec la methode POST, c'est à dire données en provenance de target.pl 
#==========================================================
if ( $methode =~ /post/i){
	# Recuperation des informations cachées passées dans target.pl 
	 $ID = $query->param("id");			# numero ID de l'analyse
#On recupere la date actuelle (date, heure, min, etc). On pourra ainsi connaitre le debut de l'execution du script
$unedate = &ladate();
$message_popup= "Debut du traitement $unedate<br><br>\n";
&change_popup($message_popup,$ID); #=>on affiche $message_popup à la suite dans popup n°2 (traitement.php)
 
	 $nb_lame = $query->param("nombre");		# nb de lames (=nb de lignes du tableau)
	 $fichier_gal = $query->param("fichier_gal");
	$fichier_gal =~ s/.*[\/\\](.*)/$1/;			# expression reguliere pour recuperer uniquememnt le nom du fichier
 
	# recuperation du contenu du tableau
	my $i=1;		# variable d'incrementation (au moins 1 experience)
 
	my %donnees = ();					# declaration du hash qui contient les données entrees par l'utilisateur
	my ($exp, $cy3, $cy5, $date, $manip, $file) = ();	# declaration des variables paramétrées
	my @tab_donnees=();					# tableau qui contient la valeur de chaque clé du hash %donnees
 
	 @tab_fic=();	# tableau qui récupère les noms des fichiers upoladés
 
	# incrementation -> recuperation des données entrees en argument
	for ($i = 1; $i<$nb_lame+1; $i++) {
 
		$exp = $query->param("exp_$i");			# exp
		$cy5 = $query->param("Cy5_$i");			# cy5
		$cy3 = $query->param("Cy3_$i");			# cy3
		$date = $query->param("date_$i");		# date
		$manip = $query->param("manip_$i");		# manipulateur
		$file = $query->param("upload_$i");		# nom des fichiers a uploader
		$file =~ s/.*[\/\\](.*)/$1/;			# recuperation du nom simple, sans le chemin absolu
 
		# [$exp,$cy5,$cy3,$date,$manip,$file] est la reference anonyme au tableau ($exp,$cy5,$cy3,$date,$manip,$file)
		# donc chaque cle $i du hash %données à pour valeur une reference de tableau qui contient nos données
		$donnees{$i} = [$exp,$cy5,$cy3,$date,$manip,$file];	
 
	# fin de la boucle for pour recuperer les données
	}
 
	# repetoires d'analyse
	 $rep = "temp_".$ID;					# rep temp_ID_xxxx
	 $fic = "analyse_".$ID.".txt";			# fichier recapitulatif des analyses dans $rep
	 $rep_temp = "../htdocs/PF_Transcriptome/temp";		# chemin de /temp/
	 $mon_dir = "$rep_temp/$rep";				# chemin de /temp/temp_ID_xxxxx
	 $dir_upload = "$mon_dir/fic";			# chemin de fic (upload + fichiers analyses)
	 $dir ="/Applications/MAMP/htdocs/PF_Transcriptome/temp/$rep";
	 $dir_R = "$dir/fic";
	 $dir_rep = "$dir/rep";
 
 
	open (FIC,">$mon_dir/rep/$target");					# fichier target.txt
	print FIC "noms\tCy5\tCy3\tDate\tManipulateur\tFileName\n";
 
	my @cle = sort keys (%donnees);      		# @cle est un tableau qui contient les cles ($i) du hash %données
 
	###############################################################################################
	#### pour chaque numero de lames = pour chaque experience = ou pour chaque ligne du tableau ###
	###############################################################################################
  #On recupere la date pour connaitre l'heure du debut de l'upload des fichiers
	$unedate = &ladate();
	$message_popup= "<b>upload des fichiers en cours</b> ...$unedate<br><br>\n";
	&change_popup($message_popup,$ID); #=>on affiche $message_popup à la suite dans popup n°2 (traitement.php)
	foreach my $la_cle (@cle) {
		$| =1;
 
		my $reference_tab = $donnees{$la_cle};	#on recupere la valeur de la cle qui est la reference a notre tableau de données 
		my @contenu_tab = @{$reference_tab};	#on recupere le tableau de données pour cette cle (et donc pour ce numero de lame)
		#pour une lame de numero $la_cle
 
		# exemple d'utilisation de la boucle foreach
		# print $contenu_tab[0];					# print la premiere case du tableau -> contenu de $exp pour chaque numero de lames
		# print "&nbsp;";	
 
		my $exp_tab = $contenu_tab[0];
		my $cy5_tab  = $contenu_tab[1]; 		
		my $cy3_tab  = $contenu_tab[2];			
		my $date_tab  = $contenu_tab[3];		
		my $manip_tab  = $contenu_tab[4];		
		my $file_tab  = $contenu_tab[5];
 
	########################################################################################################################		
 
		##################################
		## les entrees sont non valides ##
		##################################
 
		unless (($exp_tab =~ /.+/gi) && ($cy5_tab =~ /.+/gi) && ($cy3_tab =~ /.+/gi) && ($date_tab =~ /.+/gi) && ($manip_tab =~ /.+/gi) && ($file_tab =~ /.+/gi)) {
        $message_popup = "<div align='center'><img src='../../images/logo.jpg' alt='logo' border='0'>
			<br><br><img src=\"./../../images/sigle.jpg\" alt='logo' border='0'>\n
			<br><br><br>Les informations fournies sont incompl&egrave;tes, remplissez tous les champs ...<br><br><br> 
			Vous allez &ecirc;tre redirig&eacute; vers la page d'accueil du pre-processing ...
	</div>";
	       &redirection_popup_erreur($ID,$message_popup); #=>on affiche $message_popup dans popup n°2 et on le redirige vers preproc
 
=header
			# creation de n'en tete http et redirection
			print $query->header(-Refresh=>"4; URL=$chemin_refresh");
			# creation de l'en tete du document html
			print $query->start_html(-title=>'Plate-forme Transcriptome de Rennes - OUEST-genopole®',
								   -meta=>{'http_equiv' => 'Content-Type',
	                                   'content' => 'text/html'
	                                   },
	                      	     -style=>{"src"=>"$chemin_css"}
	                      	     );	
			# div container et div total pour designer la page
			print "<div align='center'>\n<a href=\"$chemin_index\">\n
				   <img src=\"$chemin_image/logo.jpg\" alt='logo' border='0'>\n	
				   </a></div>
			  ";
	#print "#../htdocs/PF_Transcriptome/temp/temp_ID_305_2218_2006/fic/B4824.txt";
			print "<br><center>\n";
			print "<div class='container'>";
			print "<div class='total'>";	  
 
			# texte de la page
			print "<center>
			<br><br><img src=\"$chemin_image/sigle.jpg\" alt='logo' border='0'>\n
			<br><br><br>Les informations fournies sont incompl&egrave;tes ou erron&eacute;es ..<br><br><br> 
			Vous allez &ecirc;tre redirig&eacute; vers la page d'accueil du pre-processing ...</center>
		 	";	
 
			# fin de la page html
			print "</div>";		# fin du div total
			print "<div class='spacer'>&nbsp;</div>";
			print "</div>\n";	# fin du div container	
			print "</center>\n";	
			print $query->end_html; 	
=cut		
			# fermeture du fichier target.txt si les entrees sont non valides
			close (FIC);
 
			# suppression des repertoires d'analyse et des fichiers crees
			unlink ("$dir_upload/$fichier_gal");
			unlink ("$dir_upload/$target");
			unlink("$mon_dir/$fic");
			foreach my $case(&lister_fichiers_a_supprimer($rep_temp)) {
				unlink ($case);	
			}
			rmdir ("$mon_dir/fic");	
			rmdir ("$mon_dir/rep");	
			rmdir ("$mon_dir");	
			foreach my $case(&lister_fichiers_a_supprimer($rep_temp)) {
				unlink ($case);
			}
 
			# sortie du programme perl
			exit; 
 
			# fin de la boucle unless sur l'existence des variables entrees par l'utilisateur
			}
 
	########################################################################################################################	
 
		####################################################
		# les variables entrees par l'utilisateur existent #
		####################################################
 
		# upload des fichiers d'analyse
		my $upload_filehandle = $query->upload("upload_$la_cle");
 
		open (UPLOAD, ">$dir_upload/$file_tab");
		binmode UPLOAD;
		while (my $ligne=<$upload_filehandle>) {
			chomp($ligne);
			print UPLOAD "$ligne\n";
		}
		close UPLOAD;
		my $taille_gal = (stat("$dir_upload/$file_tab"))[7];
 
 
 
	########################################################################################################################	
 
		###########################################
		## verification de l'upload des fichiers ##
		###########################################
 
		unless (-e "$dir_upload/$file_tab"){
 
	       $message_popup = "<font color=red>Erreur de t&eacute;l&eacute;chargement du fichier $file_tab.<br>
         Le script ne sera pas arrété, vérifie que le fichier a une taille non nulle une fois la page de resultat affichée<br>\n</font>";
	       &change_popup($message_popup,$ID); #=>on affiche $message_popup à la suite dans popup n°2 (traitement.php)
=header	
			# creation de l'en tete http et redirection
			print $query->header(-Refresh=>"4; URL=$chemin_refresh");
			# creation de l'en tete du document html
			print $query->start_html(-title=>'Plate-forme Transcriptome de Rennes - OUEST-genopole®',
						 -meta=>{'http_equiv' => 'Content-Type', 'content' => 'text/html'
	                                	  },
	            	             		 -style=>{"src"=>"$chemin_css"}
	          	                 );
 
			# div container et div total pour designer la page
			print "<div align='center'>\n<a href=\"$chemin_index\">\n
				   <img src=\"$chemin_image/logo.jpg\" alt='logo' border='0'>\n	
				   </a></div>
				  ";
			print "<br><center>\n";
			print "<div class='container'>";
			print "<div class='total'>";	  
 
			# texte de la page
			print "<center>
			<br><br><img src=\"$chemin_image/sigle.jpg\" alt='logo' border='0'>\n
			<br><br><br>Erreur de t&eacute;l&eacute;chargement de vos fichiers exp&eacute;rimentaux<br><br>
			 ";
			print "Vous allez &ecirc;tre redirig&eacute; vers la page d'accueil du pre-processing ...<br>\n";
			print "</center>";
 
			# fin de la page html
			print "</div>";		# fin du div total
			print "<div class='spacer'>&nbsp;</div>";
			print "</div>\n";	# fin du div container	
			print "</center>\n";	
			print $query->end_html; 	
 
			# fermeture du fichier target.txt si les entrees sont non valides
			close (FIC);
 
			# suppression des repertoires d'analyse
			unlink ("$dir_upload/$fichier_gal");
			unlink ("$dir_upload/$file_tab"); 
			unlink ("$dir_upload/$target");
			unlink("$mon_dir/$fic");
			foreach my $case(&lister_fichiers_a_supprimer($rep_temp)) {
				unlink ($case);	
			}
			rmdir ("$mon_dir/fic");	
			rmdir ("$mon_dir/rep");	
			rmdir ("$mon_dir");	
			foreach my $case(&lister_fichiers_a_supprimer($rep_temp)) {
				unlink ($case);
			}
 
			# sortie du programme perl
			exit; 
=cut		
		# fin de la boucle pour verifier le bon upload des fichiers
		}
 
	########################################################################################################################
 
		# toutes les informations sont correctes
		# chemin absolu du repertoire fic qui contient les fichiers d'analyse pour l'application R
		# ATTENTION: OBLIGATION DU / POUR LE DEBUT DU CHEMIN ABSOLU #
		#my $rep_R = "http://localhost:8888/PF_Transcriptome/temp/$rep/rep";
		my $file_R = "$dir_R/$file_tab";
 
		# creation du fichier .txt 
		print FIC "$exp_tab\t$cy5_tab\t$cy3_tab\t$date_tab\t$manip_tab\t$file_R\n";
 
	########################################################################################################################	
  #On recupere la date pour connaitre l'heure à laquelle le fichier $file_tab a été uploadé
	$unedate = &ladate();
	$message_popup = "$file_tab uploadé ...$unedate<br>\n";
	&change_popup($message_popup,$ID); #=>on affiche $message_popup à la suite dans popup n°2 (traitement.php)
 
	push (@tab_fic,$exp_tab);	
	# fin de la boucle foreach
	}
 
	########################################################################################################################
 
	# fermeture du fichier target.txt
	close (FIC);
 
 
	# appel du module module.pm
	my $repertoire_fic = "$dir/fic";
	my $fic_gal = "$dir_rep/$fichier_gal";
	&traite_fichier($fic_gal);
 
 
	#traitement des fichiers du repertoire fic
	my @fichiers = &lister_fichiers($repertoire_fic);	
    #On recupere la date pour connaitre l'heure à laquelle le traitement des fichiers commence
		$unedate = &ladate();
		$message_popup = "<br><b>traitement des fichiers :$unedate</b><br><br>\n";
		&change_popup($message_popup,$ID); #=>on affiche $message_popup à la suite dans popup n°2 (traitement.php)
 
		sleep(3); #on laisse le temps à perl de charger les fichier uploader, sinon dans certains cas, il pense que le fichier est vide.	
	foreach my $file (@fichiers) {						# !!! Attention, le traitement des fichiers est diésé !!! ##
		$file =~ /.*[\/\\](.*)/;
    #On recupere la date pour connaitre l'heure à laquelle le fichier $1 va etre traité
		$unedate = &ladate();
		$message_popup = "$1 en cours de traitement ........$unedate<br>\n";
		&change_popup($message_popup,$ID); #=>on affiche $message_popup à la suite dans popup n°2 (traitement.php)
 
    #on teste si le fichier gal est de taille nulle
    if ( (stat("$file"))[7] == 0){
      $file =~ s/.*[\/\\](.*)/$1/;			# expression reguliere pour recuperer uniquememnt le nom du fichier
      $message_popup = "<div align='center'><img src='../../images/logo.jpg' alt='logo' border='0'>
			<br><br><img src=\"./../../images/sigle.jpg\" alt='logo' border='0'>\n
			<br><br><br>Votre fichier $file est vide, veuillez soumettre un fichier valide ...<br><br><br> 
			Vous allez &ecirc;tre redirig&eacute; vers la page d'accueil du pre-processing ...
	    </div>";
	    &redirection_popup_erreur($ID,$message_popup); #=>on affiche $message_popup dans popup n°2 et on le redirige vers preproc
      exit;
    }
 
		&traite_fichier($file);
		my $BG = &bgmoy($file);
		&featgal($fic_gal,$file,$BG);
 
	}
 
#Fin du if avec methode post 
} elsif($methode =~ /get/i){
    #==========================================================
    # Cas où les infos ont été envoyées avec la methode GET, c'est à dire 
    # l'utilisateur clique ou tape sur l'url (http://localhost:8888/cgi-bin/analysis.pl?ID=********) 
    #==========================================================
    $ID = $query->param("id");			# numero ID de l'analyse	
 
   	#S'il n'y a pas d'ID dans l'url (c'est à dire qu'on tape http://localhost:8888/cgi-bin/analysis.pl), 
   	#=> message forbidden
   	unless ($ID =~ /.+/){
			print $query->header();
			# creation de l'en tete du document html
			print $query->start_html(-title=>'Plate-forme Transcriptome de Rennes - OUEST-genopole®',
								   -meta=>{'http_equiv' => 'Content-Type',
	                                   'content' => 'text/html'
	                                   },
	                      	     -style=>{"src"=>"$chemin_css"}
	                      	     );	
			# div container et div total pour designer la page
			print "<div align='center'>\n<a href=\"$chemin_index\">\n
				   <img src=\"$chemin_image/logo.jpg\" alt='logo' border='0'>\n	
				   </a></div>
			  ";
	#print "#../htdocs/PF_Transcriptome/temp/temp_ID_305_2218_2006/fic/B4824.txt";
			print "<br><center>\n";
			print "<div class='container'>";
			print "<div class='total'>";	  
 
			# texte de la page
			print "<center>
			<br><br><img src=\"$chemin_image/sigle.jpg\" alt='logo' border='0'>\n
			<br><br><br>pas le droit! vorbotten!!!";	
 
			# fin de la page html
			print "</div>";		# fin du div total
			print "<div class='spacer'>&nbsp;</div>";
			print "</div>\n";	# fin du div container	
			print "</center>\n";	
			print $query->end_html; 			
	exit;
}
 
   	#il y a un d'ID dans l'url, alors on va recuperer grace à lui le nombre de lames (pour $nb_lame),
   	#le nom du fichier gal (pour $fichier_gal) et les noms d'experiences (pour @tab_fic)
 
	 $rep = "temp_".$ID;					# rep temp_ID_xxxx
	 $fic = "analyse_".$ID.".txt";			# fichier recapitulatif des analyses dans $rep
	 $rep_temp = "../htdocs/PF_Transcriptome/temp";		# chemin de /temp/
	 $mon_dir = "$rep_temp/$rep";				# chemin de /temp/temp_ID_xxxxx
	 $dir_upload = "$mon_dir/fic";			# chemin de fic (upload + fichiers analyses)
	 $dir ="/Applications/MAMP/htdocs/PF_Transcriptome/temp/$rep";
	 $dir_R = "$dir/fic";
	 $dir_rep = "$dir/rep";
 
	 #On liste le repertoire fic. Le nombre de fichiers txt correspond au nombre de lames 
   my @fichiers_fic = &lister_fichiers($dir_R);
	 #nbr de fichiers = nombre de lames
	 $nb_lame = @fichiers_fic; 
 
	 #Pour recuperer le nom du fichier gal, on liste le repertoire rep et si un nom de fichier se termine par .gal, c'est le bon.
	 my @fichiers_gal = &lister_fichiers($dir_rep);
	 foreach my $case (@fichiers_gal) {
	 	if ($case =~ /(.+\.gal)$/i) 	{
       $fichier_gal = $1;
	 		 $fichier_gal =~ s/.*[\/\\](.*)/$1/;			# expression reguliere pour recuperer uniquement le nom du fichier
	 		last;
	 	}
	 }
 
	 #Pour recuperer le nom des experiences, on va dans target.txt
	 open (LEC, "$dir_rep/target.txt");
   #La premiere ligne contient juste des titres, donc je la met dans $header_target
	 my $header_target = <LEC>;
   #Les autres lignes sont mises dans @noms
	 my @noms = <LEC>;
	 close (LEC);
	 #Pour chaque ligne, on recupere la premiere colonne qui correspond au nom de l'experience
	 foreach my $case (@noms) {
	 	$case =~ /^(\w+)\t/;
	 	push (@tab_fic, $1);
	 }
 
	 #Voilà, on a toutes les infos pour le afficher analysis.pl à partir d'un ID
}
	###########################################################################
	## tout est ok . le fichier target.txt est crée, début des analyses en R ##
	###########################################################################
 
  #tous les traitements sont terminés, on va appeler le le sous programme redirection_popup
  #qui recrée traitement.php (avec une redirection à l'interieur vers analysys.pl)
 
        #redirection vers analysis.pl?id=$ID dans 5 secondes
        redirection_popup($ID);
 
 	# design de la page html en dehors du foreach 
	# creation de l'en tete http 
	print $query->header;
	# creation de l'en tete du document html
 
	print $query->start_html(-title=>'Plate-forme Transcriptome de Rennes - OUEST-genopole®',               
				#-head=>Link[({-rel=>'icon',  -href=>'./favicon.ico'})],
                        	 -meta=>{'http_equiv' =>'Content-Type', 'content' =>'text/html'},                      
				 -style=>{"src"=>"$chemin_css"},
			   -script=>{-language => "JAVASCRIPT",-src=>"$chemin_javascript"},
                       );
	# div container et div total pour designer la page
	print "<div align='center'>\n<a href=\"$chemin_index\">\n
		   <img src=\"$chemin_image/logo.jpg\" alt='logo' border='0'>\n	
		   </a></div>
		  ";
	print "<br><center>\n";
	print "<div class='container'>";
	print "<div class='total'>";	 
 
	### debut du contenu de la page #######
	#################### les analyses à effectuer####################################
 
	print "Nous allons donc proc&eacute;der &agrave; l'analyse de vos <i>$nb_lame exp&eacute;riences</i>.<br><br>";
 
	print "Deux choix vous sont offerts:<br><br>
	<div style ='margin-left:10px;'>	
		- utiliser les donn&eacute;es process&eacute;es par Feature Extraction<sup>®</sup>,<br>
		- utiliser les intensit&eacute;s brutes et choisir vos param&egrave;tres de pre-processing avec <b><font color='#006699'>notre outil</font></b>.<br>
	</div>
	<br>
 
	Vous pouvez &eacute;galement choisir la stringence du contr&ocirc;le qualit&eacute; de vos lames sur les crit&egrave;res suivants:<br>
	<div style = margin-left:10px;>	
	<ul>
		<li> l'<u>uniformit&eacute</u> des spots, du bruit de fond et des populations des spots r&eacute;pliqu&eacute;s,
		</li>
 
		<li> la <u>saturation</u> des spots sur les canaux, <b><font color='#FF0000'>rouge</font></b> ou <b><font color='green'>vert</font></b>,
		</li>
 
		<li> le <u>crit&egrave;re &quot;<i>WellAbove</i>&quot;</u> d'Agilent<sup>®</sup>: les spots valident les caract&eacute;ristiques suivantes:<br>
		 <div style = margin-left:20px;>
		 	- la moyenne du signal est significativement diff&eacute;rente du bruit de fond,<br>
		 	- le signal auquel on a soustrait le bruit de fond par la m&eacute;thode FE est 2,6 fois sup&eacute;rieure &agrave; l'&eacute;cart type du bruit de fond.
		 </div>
		</li>
	</ul>
	</div>	<br>
	<hr><br>";
 
	#formulaire
	print "<center><b><font color='#006699'>Veuillez remplir le formulaire suivant!</font></b></center><br><br>";
	print "<div class='container'>";
	print "<div class='formgch'>";
	print $query->start_multipart_form( -method=>'POST',
				 - name=>'formulaire',		
				  - action=>'/cgi-bin/datasget.pl',
				  -enctype=>'multipart/form-data',
				  -onsubmit =>"popup()"
				 );
 
	print " <div style ='margin-left:10px;'>Choix de la <font color='#006699'>m&eacute;thode</font></div><br><div style ='margin-left:25px;'>
	";
	print "
	<input type='radio' name='methode' value='Agilent'>Agilent<br>
	<input type='radio' name='methode' value='pPR' checked>pPR
	";	   
	print "</div><br>";
		print "<br><br>";
	print "<div style ='margin-left:10px;'>Stringence sur <font color='#006699'>l'uniformit&eacute;</font></div><br>
	<div style ='margin-left:25px;'>
	";	
	print "
	<input type='radio' name='flags' value='faible'>faible<br>
	<input type='radio' name='flags' value='moyenne'>moyenne<br>
	<input type='radio' name='flags' value='forte' checked>forte
	";	   
	print "</div>";
 
	print "</div>";		# fin du div formgch
 
 
	print "<div class='formtdrt'>";
	print "<div style ='margin-left:10px;'>Nombre de <font color='#006699'>canaux satur&eacute;s</font></div><br>
	<div style ='margin-left:25px;'>\n
	";		
	print "
	<input type='radio' name='saturate' value='aucun'>aucun<br>
	<input type='radio' name='saturate' value='un' checked>un<br>
	<input type='radio' name='saturate' value='deux'>deux
	";	   
	print "</div><br>\n";
	print "<br>";
	print "<div style ='margin-left:10px;'>Spots toujours <font color='#006699'>au dessus du bruit de fond</font></div><br>
	<div style ='margin-left:25px;'>
	";		
	print "
	<input type='radio' name='wellabove' value='oui' checked>oui<br>
	<input type='radio' name='wellabove' value='non'>non
	";	   
	print "</div><br>";
	print "</div><br>";		# fin du div formtdrt
 
	# fin du div container
	print "</div>";
	print "<br>\n";
 
	# envoi d'un champ caché: envoi du nombre d'exp, donc du nombre de variables à traiter
	print $query->hidden(-name=>"nombre", -value=>"$nb_lame");
	print "\n";
	print $query->hidden(-name=>"id", -value=>"$ID");
	print "\n";
	print $query->hidden(-name=>"gal", -value=>"$fichier_gal");
	print $query->hidden(-name=>"fichiers", -value=>"@tab_fic");
 
	print "&nbsp;<center><br>\n";
	print $query->submit(-name=>"envoi", -value=>"Envoyer");
	print "&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;";
	print $query->reset;
	print "</center>\n";
 
	# fin de mon formulaire
	print $query->endform;
 
 
	#### fin du contenu de la page ######
 
	# fin de la page html
	print "</div>";		# fin du div total
	print "<div class='spacer'>&nbsp;</div>";
	print "</div>\n";	# fin du div container	
	print "</center>\n";	
	print $query->end_html;

**Mr6** · 09/06/2006, 16h55

Bon, pour sûr, c'est bien le fichier analysis.pl qui récupère tes fichiers si je suppose bien en disant qu'une lame = un fichier. L'erreur à mon avis est de vouloir tout récupérer et de créer un fichier à la fin avec toutes les données d'un coup. si tu faisais ta boucle autrement tu aurais peut-être moins de soucis, genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
for .... {
.....
my $file = $cgi->param('file_upload...');
....
contrôle de la validité des données
ajout dans le fichier avec ">>" pour rajouter à la suite ;) 
 
}

**stoyak** · 09/06/2006, 17h00

sauf que je n'ajoute pas des infos dans le fichier en cours d'etre uploader .. mais je veux en créer avec des infos sélectives de chacun des deux ..
e tout est dans un foreach. c'est à dire pour chaque fichier uploader, il fait les verif.
Une fois fini le tout
Il reprend chaque fichier, fais les traiement et le recree.

Donc il fait pas le tout en même temp

.

Je sais, c pas facile à suivre car le script est long et il y a un .pm associé

quand perl s'arrete de manière inexpliquée

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