Discussion :

[Lili_U1108]

Bonjour,

J'ai réalisé un qqplot de p-valeurs obtenues lors d'un test d'association. J'ai utilisé le package 'qqman' sous R.
J'aimerais calculer et représenter les intervalles de confiance sur le qqplot.
Est-ce que qqun pourrait me guider car j'avoue je me casse la tête avec les réponses que j'ai pu trouver sur internet qui étaient plus ou moins claires...

Merci !

[faubry]

Un qqplot est un graphique qui représente la distribution empirique d'une variable dans l'échantillon considéré en fonction de la distribution théorique supposée de cette variable. Une p-value est la probabilité d'extraire de la population un échantillon dont la statistique de test (c'est-à-dire celle sur laquelle est construite l'inférence, par exemple un t ou un F) est supérieure à la statistique de test calculée à partir de l'échantillon considéré, et cela sous l'hypothèse nulle. Généralement, on considère que si cette p-value est inférieure à 0,05, alors on considère que la population testée ne vérifie pas l'hypothèse nulle, en d'autres mots, on rejette cette hypothèse (en fait, il est abusif de dire que l'hypothèse nulle n'est pas vérifiée, mais c'est un autre débat). On peut utiliser un autre seuil.

Un intervalle de confiance est dans l'interprétation classique un encadrement de l'estimation d'un paramètre tel que la valeur estimée a n% de chance (souvent 95%) de s'y trouver réellement. Là aussi, formellement, cette interprétation est inexacte mais opérationnelle, mais c'est aussi un autre débat.

Donc, je ne comprends pas ce que signifie construire un qqplot des p-values et y ajouter des IC.