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ImageJ Java Discussion :

Masque sur ImageJ


Sujet :

ImageJ Java

  1. #1
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    Par défaut Masque sur ImageJ
    Bonjour,

    Je suis débutant sur ce nouveau logiciel que j'ai découvert, il y a quelques jours. (Je suis très mauvais en informatique aussi)
    Je m'excuse, dans le cas, où le sujet a été déjà expliqué.
    Je voudrais la densité fluorescences, selon le récepteur que j'ai préalablement marqués, sur les cellules que j'ai photographier avec un microscope confocal.
    Je pensais à créer un masque que je pourrai sauvegarder pour le passer sur mon image (après un split pour avoir les données des récepteurs vert, puis rouge). Mais je arrive actuellement à choisir un ROI par segmentation manuelle mais je n'arrive pas à le transférer pour avoir exactement le même masque sur la seconde image.
    Je ne sais pas si les données sont possible d'être avec l'image original avec les deux couleurs de marqueurs? (J'entends par là, d'avoir l'IntDen selon la couleur de marqueur dans le ROI)
    Nom : MDA468-NRT1-2.lif - Series018 Revu.tif (RGB cytoplasme 1) jpeg.jpg
Affichages : 512
Taille : 114,8 Ko

    En vous remerciant de votre réponse,

    Tysabri

    P.S. : Sur le forum, vous utilisez souvent des termes techniques, et je ne sais pas par exemple si ma demande peut rentrer dans une macro, en sachant que je ne saurais pas la coder.

  2. #2
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    Bonjour,

    Lorsque tu as créé une région, tu peux la stocker dans le ROI manager. Pour cela, tu traces ta région, puis tu va dans "edit", "selection", puis "add to manager". Ta région va être ajoutée dans le ROI manager. Ensuite, si tu sélectionnes une autre image (en cliquant sur sa fenêtre), puis que tu cliques sur le nom de ta région dans le ROI manager (c'est une série de chiffre), ta région va être placée sur l'image. Avec split channel et le ROI manager, tu vas pouvoir quantifier chaque couleur individuellement.

  3. #3
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    Bonjour,

    Je vous remercie de votre réponse rapide.
    J'étudie la différence d'activité entre la membrane plasmique et le cytoplasme. J'ai donc réalisé un ROI du cytoplasme (visuellement) et un ROI de la cellule, j'observe par conséquent les données de la membrane plasmique par la soustraction des deux.
    Le problème est que mes valeurs de "mean" se trouve négative, car je pense que je prends trop de pixel ayant une valeur de 0 pour le ROI de la cellule (Diminuant ainsi ma moyenne). Avez-vous une astuce pour pallier à ça? Je pensais en zoomant faire un ROI au pixel prêt pour essayer d'améliorer mes valeurs.
    Si vous avez une idées, je suis preneur.

    Bonne journée,

    Tysabri

  4. #4
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    Bonjour,

    Après avoir créé ta région, tu pourrais aussi faire un threshold (Image-->Adjust-->Threshold). Cette fonction te permet définir un seuil de sélection des pixels, ainsi, tu pourras exclure les pixels très proches de 0. Attention, pour limiter la mesure au threshold, il faut cocher dans Analyse-->SetMeasurment-->LimitToThreshold. De cette façon, lorsque tu feras une mesure, seuls les pixels compris dans ta région et ayant une valeur supérieure au seuil seront mesurées.

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