Discussion :

[fanfanus]

Bonjour à tous,

Je dispose d'un jeu de fichiers csv (colonnes séparés par des virgules) tous contenu dans un même répertoire. Je souhaiterais dans chacun de ces fichiers, soustraire la case D4 avec D3. (=D4-D3). En clair, il s'agit de la 4eme et 3eme ligne de la 4eme colonne.
Puis, je souhaiterais compiler tous ces résultats sous la forme :
|nom du fichier 1|valeur obtenue|
|nom du fichier 2|valeur obtenue|...

Pour cela je pense que le début du code dans R doit être ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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setwd("C:REPERTOIRE")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()

Pour la suite, je ne sais pas trop...

Pourriez-vous m'aider ?

Merci par avance

[mgdondon]

Bonjour fanfanus,

Pour la suite, je ne sais pas trop...

Il faut procéder pas à pas. Commencez par calculer D4-D3 sur un fichier. Vous pourrez ensuite boucler sur les fichiers.

Cordialement,

[fanfanus]

Un truc comme ça...?
(je ne sais pas trop, je débute.. )

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dim(test)
test[4,4]-test[3,4]

[mgdondon]

Bonjour,

Oui, c'est très bien :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> df <- data.frame(V1 = c(1,4,6,3), V2 = c(4,-1,3,2), V3 = c(4,-4,-2,1), V4 = c(3,9,8,10))
> df
  V1 V2 V3 V4
1  1  4  4  3
2  4 -1 -4  9
3  6  3 -2  8
4  3  2  1 10
> df[4,4]-df[3,4]
[1] 2

Maintenant vous pouvez essayer de boucler sur les fichiers sur le modèle de votre précédent message.

Cordialement,

[fanfanus]

J'ai essayé ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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setwd("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/temps")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
  {
  df <- read.csv(liste_fichiers[i])
  df[4,4]-df[3,4]
  }
dftot
write.table(dftot,file="myval.txt")

Mais j'obtiens ce message d'erreur :

Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : plus de colonnes que de noms de colonnes

Voici un de mes fichiers :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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EVENTS
Subject,Context,Name,Time (s),Description
AA01,General,Foot Strike,1.400000,The instant the heel strikes the ground
AA01,General,Foot Off,4.470000,The instant the toe leaves the ground
AA01,General,Event,5.170000,A general (unspecified) event
AA01,General,Event,5.410000,A general (unspecified) event

C'est peut-être la ligne 1 qui bloque ?

[mgdondon]

Bonjour,

Oui, c'est la ligne 1 qui bloque. Les noms de variables sont en ligne 2. Vous pouvez utiliser l'option skip=1 pour ignorer la première ligne.

Une étape intermédiaire avant de faire la boucle est de tester votre programme sur deux fichiers.

Cordialement,

[fanfanus]

J'ai essayé ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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setwd("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/test")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
   {
   df <- read.csv(liste_fichiers[i], skip=1)
   df[4,4]-df[3,4]
   }
dftot

J'obtiens ça :

data frame with 0 columns and 0 rows

(idem avec skip=2)
Ce qui est assez déconcertant !

[mgdondon]

C'est normal, regardez bien votre précédent message.

Un indice :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> dftot=data.frame()
> dftot
data frame with 0 columns and 0 rows

Si vous ne voyez pas, passez par une étape intermédiaire sur deux fichiers sans faire de boucle.

Cordialement,

[fanfanus]

Alors, suivant tes conseils, j'ai commencé par ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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df <- read.csv("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/test/AA01_M1.csv", skip=1)
   df[4,4]-df[3,4]

Et là ça fonctionne, mais je me rends compte que le résultat n'est pas le bon. En effet, à priori il supprimer la ligne ignorée et la ligne d'entête.
Donc je fais ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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df <- read.csv("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/test/AA01_M1.csv", skip=1)
   df[2,4]-df[1,4]

Et là ça marche.

Reste donc a réintégrer ça dans la boucle.
Je suppose qu'il faut rajouter le skip dans cette ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dftot=data.frame()

, mais malgré plusieurs essais je ne ne parviens pas à quelque chose qui fonctionne. J'ai tenté également avec un truc de ce genre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

df[-1,]

; sans succès.

Comment procéder ?

Merci pour votre aide.

[mgdondon]

Bonjour,

1) En effet, le nom des variables constituent la structure du dataframe et les données son contenu. Il est donc normal que le numéro d'observation du dataframe ne corresponde pas au numéro de ligne dans le fichier Excel.

Lorsque vous importez un fichier, vous pouvez vérifier que l'import s'est bien passé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> str(df)
'data.frame':   4 obs. of  5 variables:
 $ Subject    : Factor w/ 1 level "AA01": 1 1 1 1
 $ Context    : Factor w/ 1 level "General": 1 1 1 1
 $ Name       : Factor w/ 3 levels "Event","Foot Off",..: 3 2 1 1
 $ Time..s.   : num  1.4 4.47 5.17 5.41
 $ Description: Factor w/ 3 levels "A general (unspecified) event",..: 2 3 1 1
> head(df)
  Subject Context        Name Time..s.                             Description
1    AA01 General Foot Strike     1.40 The instant the heel strikes the ground
2    AA01 General    Foot Off     4.47   The instant the toe leaves the ground
3    AA01 General       Event     5.17           A general (unspecified) event
4    AA01 General       Event     5.41           A general (unspecified) event

2) Je reprends votre code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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setwd("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/test")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
   {
   df <- read.csv(liste_fichiers[i], skip=1)
   df[2,4]-df[1,4]
   }
dftot

Vous avez initialisé votre dataframe dftot=data.frame() et l'avez affiché dftot mais ne l'avez pas modifié entre temps.

Comparez avec le code de votre autre message :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(plyr)
setwd("D:/data")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
  {
  df <- read.csv(liste_fichiers[i])
  mean_fichier <- data.frame(lapply(df,mean))
  dftot <- rbind.fill(dftot, mean_fichier)
  }
dftot

Cordialement,

[fanfanus]

Désolé si je suis un peu neuneu...:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Setwd("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/test")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
dftot=data.frame()
for (i in 1:n) 
   {
   df <- read.csv(liste_fichiers)
   soustraction <- data.frame(lapply(df[-1,],df[2,4]-df[1,4])
   dftot <- rbind.fill(df, soustraction)
   }
dftot

Je pense que la syntaxe de lapply ne va pas.

[mgdondon]

C'est en forgeant qu'on devient forgeron...

lapply() servait à appliquer la même opération sur toutes les colonnes de votre fichier.

Ici, c'est plus simple puisque vous n'avez qu'une opération à faire.

Avec deux dataframes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> df1 <- data.frame(V1 = c(1,4,6,3), V2 = c(4,-1,3,2), V3 = c(4,-4,-2,1), V4 = c(3,9,8,10))
> df2 <- data.frame(V1 = c(4,-1,3,2), V2= c(4,-4,-2,1), V3 = c(3,9,8,10), V4 = c(1,4,6,3))
> df1
  V1 V2 V3 V4
1  1  4  4  3
2  4 -1 -4  9
3  6  3 -2  8
4  3  2  1 10
> df2
  V1 V2 V3 V4
1  4  4  3  1
2 -1 -4  9  4
3  3 -2  8  6
4  2  1 10  3
> 
> diff1 = data.frame(diff=df1[4,4]-df1[3,4])
> diff2 = data.frame(diff=df2[4,4]-df2[3,4])
> 
> library(plyr)
> rbind.fill(diff1, diff2)
  diff
1    2
2   -3

Cordialement,

[fanfanus]

Merci de votre patience,

Je ne comprend pas pourquoi cette expression n'est pas bonne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

read.csv(liste_fichiers[i], skip=1)

[mgdondon]

Pourquoi dites-vous que l'instruction n'est pas bonne ?

J'ai donné un exemple sur deux dataframes mais ça revient au même : la fonction read.csv() permet d'importer le contenu de votre fichier dans un dataframe.

Cordialement,

[fanfanus]

J'ai trouvé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(plyr)
setwd("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/temps")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
diff=data.frame()
for (i in 1:n) 
   {
   df <- read.csv(liste_fichiers[i], skip=1)
   diff <- rbind.fill(diff, data.frame(df[2,4]-df[1,4]))
   }
diff

Pour finir, je veux rajouter le nom du fichier pour chaque ligne.
Il faut créer une autre data.frame avec dedans "liste_fichiers" ?
J'ai tenté ça, sans succès :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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df1 <-- data.frame(liste_fichiers)
   diff <- rbind.fill(diff, df1, data.frame(df[2,4]-df[1,4]))
   }

Merci déjà pour m'avoir fait avancé jusque là !

[mgdondon]

Regardez à nouveau votre autre message. Vous aviez terminé par la même question.

Cordialement,

[fanfanus]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> library(plyr)
> setwd("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/temps")
> liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
> n=length(liste_fichiers)
> diff=data.frame()
> for (i in 1:n) 
+    {
+    df <- read.csv(liste_fichiers[i], skip=1)
+    df1 <-- data.frame(df[2,4]-df[1,4])
+    df2 <-- data.frame(fichier=liste_fichiers[i], df1)
+    diff <- rbind.fill(diff, df2)
+    }
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> diff

Ne fonctionne pas non plus comme ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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   df <- read.csv(liste_fichiers[i], skip=1)
   df1 <-- data.frame(fichier=liste_fichiers[i], df[2,4]-df[1,4])
   diff <- rbind.fill(diff, df1)

Pourtant, j'ai l'impression de respecter le même principe que l'autre code ?

[mgdondon]

Oui, vous y êtes presque.

Si on reprend mon exemple sur deux fichiers,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> df1 <- data.frame(V1 = c(1,4,6,3), V2 = c(4,-1,3,2), V3 = c(4,-4,-2,1), V4 = c(3,9,8,10))
> df2 <- data.frame(V1 = c(4,-1,3,2), V2= c(4,-4,-2,1), V3 = c(3,9,8,10), V4 = c(1,4,6,3))
> df1
  V1 V2 V3 V4
1  1  4  4  3
2  4 -1 -4  9
3  6  3 -2  8
4  3  2  1 10
> df2
  V1 V2 V3 V4
1  4  4  3  1
2 -1 -4  9  4
3  3 -2  8  6
4  2  1 10  3

Voici le code que je vous ai proposé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> diff1 = data.frame(diff=df1[4,4]-df1[3,4])
> diff2 = data.frame(diff=df2[4,4]-df2[3,4])
> 
> library(plyr)
> rbind.fill(diff1, diff2)
  diff
1    2
2   -3

et celui que vous avez exécuté :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> diff1 = data.frame(df1[4,4]-df1[3,4])
> diff2 = data.frame(df2[4,4]-df2[3,4])
> 
> library(plyr)
> rbind.fill(diff1, diff2)
  df1.4..4....df1.3..4. df2.4..4....df2.3..4.
1                     2                    NA
2                    NA                    -3

Ici on est obligé d'ajouter le nom de la variable créée parce qu'on ne passe pas par une fonction.

Cordialement,

[fanfanus]

Une fois la variable nommée, j'obtiens ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(plyr)
setwd("C:/Users/fanfa/Desktop/data_csv_Rm/temps")
liste_fichiers <- list.files(pattern="csv")
n=length(liste_fichiers)
diff=data.frame()
for (i in 1:n) 
   {
    df <- read.csv(liste_fichiers[i], skip=1)
    df1 <-- data.frame(durée=df[2,4]-df[1,4])
    df2 <-- data.frame(fichier=liste_fichiers[i], df1)
    diff <- rbind.fill(diff, df2)
   }
diff

et le résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> diff
    fichier    durée
1        NA 3.070000
2        NA 2.300000
3        NA 2.410000...

J'ai l'impression que c'est ça qui bug :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

fichier=liste_fichiers[i]

Pourtant..?

[mgdondon]

C'est que vous avez utilisé <-- au lieu de <-.

Par ailleurs je vous conseille de ne pas mettre d'accents dans les noms de variables.

Enfin, je pense que le programme serait plus lisible avec votre deuxième notation :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

df1 <- data.frame(fichier=liste_fichiers[i], duree=df[2,4]-df[1,4])

Cordialement,