Discussion :

[Lili_U1108]

Bonjour,

J'ai mergé deux tableaux sous R. Soit A le tableau avec 4506 lignes (=nombre individus) et le tableau B avec 4745 lignes (=inds). J'ai donc mergé les deux tableaux by IID (colonne commune).
Je n'ai eu aucun message d'erreur lors de la merge des tableaux mais cependant ma data finale contient 4538 lignes... Auriez-vous une idée de l'erreur?

Merci de votre aide

[mgdondon]

Bonjour,

Par défaut, la fonction merge() conserve seulement les individus communs :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> df1 <- data.frame(idd=c(1,1,2,3,4,5),V1=c(1,1,1,1,1,1))
> df2 <- data.frame(idd=c(1,3,4,5,6),V2=c(1,1,1,1,1))
> dftot<-merge(df1,df2,by="idd")
> dftot
  idd V1 V2
1   1  1  1
2   1  1  1
3   3  1  1
4   4  1  1
5   5  1  1

Il faut utiliser l'option all=TRUE pour garder l'ensemble des individus des deux bases :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> dftot<-merge(df1,df2,by="idd",all=TRUE)
> dftot
  idd V1 V2
1   1  1  1
2   1  1  1
3   2  1 NA
4   3  1  1
5   4  1  1
6   5  1  1
7   6 NA  1

Pour plus d'options sur la fonction merge(), regardez l'aide :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

help(merge)

Vous voyez aussi dans l'exemple qu'on a deux lignes pour l'individu1 dans df1, une seule dans df2 et qu'on obtient deux lignes dans dftot, ce qui explique que vous ayez davantage de lignes dans le tableau total que dans le plus petit tableau.

Cordialement,

[Lili_U1108]

Bonjour,

Tout d'abord merci de votre réponse.
Mais "all=TRUE" me fait garder les 4745 individus dans ma table mergée.

Justement je savais que l'option "merge" par défaut ne garde que les individus en communs entre mes deux tables. C'est bien ce que je veux, ne garder que les 4506 individus communs aux deux tables.
Et pourtant j'obtiens des individus en plus... Mes 4506 individus sont obtenus après QC et c'est uniquement leurs informations qui m'intéressent.

Une autre idée de mon souci?

[mgdondon]

Bonjour,

Avez-vous vérifié que vos tableaux ne comportaient pas des doublons ? Dans mon premier exemple, je n'utilise pas l'option all=TRUE. Il y a 4 individus communs mais on obtient 5 observations parce que l'individu 1 a deux observations.

Cordialement,

[Lili_U1108]

Bonjour mgdondon,

Après avoir regardé plus en détails mon fichier initial, mes lignes en plus correspondaient bien à des doublons !

Merci