Discussion :

[vinserm]

Bonjour à tous

Je souhaiterais selectionner une région spécifique à partir d'un fichier fastq. L'idée est d'aligner mon fichier contre une référence et de sélectionner tout les reads matchant cette région mais rogner les extrémités ne matchant pas. C'est ce dernier point qui me pose problème ; comment enlever les régions ne matchant sans retirer la partie du read qui s'aligne??

Merci beaucoup pour votre aide!

[Lolo78]

Bonjour,

je vois que tu n'as eu aucune réponse.

Il y a des bioinformaticiens sur ce forum, mais ils n'ont pas dû passer par ici, je suppose.

Personnellement, je n'ai pas fait de biologie depuis le lycée (vers 1974-75), et je ne comprends rien à ta question. Si tu pouvais l'expliquer en termes informatiques et non génétiques, avec des exemples de ce que tu as en entrée et désires en sortie, tu aurais peut-être plus de chances d'obtenir de l'aide.

[Gardyen]

Bonjour,
Quel aligneur veux-tu utiliser ?
normalement dans les résultats, tu as seulement la partie effectivement 'matchante', mais ça dépend de ton aligneur...

[vinserm]

Merci pour vos réponses.

J'utilise comme aligneur bwa qui va selectionner toutes les séquences "matchantes" (et pas seulement les régions de l'alignement) selon le seed déterminé. Connais tu Gardyen d'autres outils d'alignement utilisables en local?

L'idée était de pouvoir à partir d'un fichier de ce type (+annotations) :

AAATCC
CCCGGAAATCCCATGA
CTAGTTTTATCCGTAG
ATATCC

d'obtenir :

AAATCC
AAATCC
TTATCC
ATATCC

[vinserm]

J'ai fini par trouver la solution : avec l'outil samtools je peux selectionner des parties de mon fichier bam généré par l'alignement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

samtools view fichier.bam "region:position:position > output.bam"