Discussion :

[Jocelyn_]

Bonjour !
J'essaye en ce moment de connecter une base de données à R puis d'en extraire une table en data.frame afin de lui appliquer des traitements statistiques.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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base_test_R<-odb.open(odbFile = "base_R_test_question.odb")
odb.tables(base_test_R)
$Analyse_de_Vegetaux
            field.name field.type data.type comment
1                   ID    INTEGER   numeric      NA
2          Code_unique    VARCHAR character      NA
3        Annee_recolte    VARCHAR character      NA
4         date_recolte    VARCHAR character      NA
5  date_echantillonage    VARCHAR character      NA
6               Espece    VARCHAR character      NA
7     Variete_Cultivar    VARCHAR character      NA
8       Stade_maturite    VARCHAR character      NA
9  Organe_echantillone    VARCHAR character      NA
10         Exportation    VARCHAR character      NA
11     Lim_sup_racines    VARCHAR character      NA
12     Lim_inf_racines    VARCHAR character      NA
13            Variable    VARCHAR character      NA
14              Valeur    VARCHAR character      NA
15               Unite    VARCHAR character      NA
16     Methode_analyse    VARCHAR character      NA
17  Methode_extraction    VARCHAR character      NA
18      Methode_dosage    VARCHAR character      NA
19 Laboratoire_analyse    VARCHAR character      NA
20   Nombre_repetition    VARCHAR character      NA
21                 std    VARCHAR character      NA
22        Commentaires    VARCHAR character      NA
 
$Analyses_de_Sol
                          field.name field.type data.type comment
1                                 ID    INTEGER   numeric      NA
2                        Code_unique    VARCHAR character      NA
3                    Annee_evenement    VARCHAR character      NA
4                   Date_prelevement    VARCHAR character      NA
5  Limite_sup_profondeur_prelevement    VARCHAR character      NA
6  Limite_inf_profondeur_prelevement    VARCHAR character      NA
7                              Outil    VARCHAR character      NA
8      mode_constitution_echantillon    VARCHAR character      NA
9       mode_preparation_echantillon    VARCHAR character      NA
10                      Date_analyse    VARCHAR character      NA
11                          Variable    VARCHAR character      NA
12                            Valeur    VARCHAR character      NA
13                             Unite    VARCHAR character      NA
14                   Methode_analyse    VARCHAR character      NA
15                Methode_extraction    VARCHAR character      NA
16                    Methode_dosage    VARCHAR character      NA
17                      Labo_analyse    VARCHAR character      NA
18                 Nombre_repetition    VARCHAR character      NA
19                               std    VARCHAR character      NA
20                      Commentaires    VARCHAR character      NA
etc...

Donc si je comprends bien jusque là, j'ai pu établir la connexion avec la base de données et R reconnait plusieurs tables dont celles dont je vous ai affiché les résultats de odb.tables().
Cependant lorsque j'essaye d'ouvrir une de ces tables en data.frame dans R, voici le message d'erreur affiché :

Code :

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soil_analysis<-odb.read(base_test_R, "SELECT * FROM Analyses_de_Sol")
Error: Error while executing SQL query  : "Unable to retrieve JDBC result set for SELECT * FROM Analyses_de_Sol (Table not found in statement [SELECT * FROM Analyses_de_Sol])"

De ce que j'en comprends, la fonction ne reconnait pas de table existante nommée Analyses_de_Sol. Or il l'a reconnu plus haut !
Quelqu'un pourrait -il m'aider ? Je ne maîtrise pas très bien le SQL, mais avant de me lancer dans quelque chose de trop grand j'ai tenté de reproduire l'exemple donné par ?odb.read avec un fichier contenant très peu de données. Donc normalement le SQL est correct, mais il se peut que je me trompe.
Merci d'avance

[Jocelyn_]

Re bonjour, j'ai fini par trouver l'erreur dans le code, il manquait les \ et les " dans le code SQL :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

soil_analysis<-odb.read(base_test_R, "SELECT * FROM \"Analyses_de_Sol\"")