Discussion :

[Kobe70]

Bonjour à tous,

Je viens de me lancer pour la première fois dans la folle aventure de création de package sous R.
Je viens de finaliser la partie implémentation et j'ai également finalisé la documentation en utilisant Roxygen2.
Mon but final est de soumettre ce package au CRAN. Pour cela je check sa validité et là... c'est le drame.
Après avoir checké de nombreuses fois mon package et corrigé des Notes et Warning, je me retrouve avec
une bonne grosse erreur dans la vérification.
Le message renvoyé est le suivant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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5
6
7
8
* checking examples ... ERROR
Running examples in 'packageName-Ex.R' failed
Warning in file(con, "r") :
  impossible d'ouvrir le fichier 'packageName-Ex.Rout' : Permission denied
Error in file(con, "r") : impossible d'ouvrir la connexion
Ex�cution arr�t�e
 
Exited with status 1.

Est ce que quelqu'un aurait déjà rencontré cette erreur ou pourrait me donner des pistes pour la résoudre?
Je me doute que ça à quelque chose à voir avec des exemples mais je ne comprend pas du tout ce qui se passe.
Merci d'avance pour vos réponses

[dev_ggy]

Bonjour Kobe,

C’est très courageux de ta part de créer un package R.

Pour ton erreur, il me semble que tu peux avoir deux types de problèmes avec soit un problème de droit, soit un problème lié à la mauvaise position de ton fichier ou de l’appel dans ton arborescence.

Au plaisir de te lire.

[Kobe70]

Merci pour cette réponse rapide.
Malheureusement je n'ai aucune information sur les fichiers packageName-Ex.R et packageName-Ex.Rout.
Ce ne sont pas des fichiers que j'ai créé moi même. Je suppose qu'ils sont créés automatiquement lors de la vérification du package.
Ou du moins, ils sont sensé être créés automatiquement, car l'erreur semble indiquer que les fichiers ne peuvent pas être ouvert.
Est ce que vous savez à quoi correspondent ces fichiers?
Je n'ai fais aucun fichier de test dans le répertoire "tests" de mon arborescence. Est ce que l'absence de tests pourrait expliquer ce message?

[dev_ggy]

Je suis assez limité concernant la création de packages pour R.

Je ne peux que te renvoyer avec ce lien construire-package

Dans l’espoir que vous y trouverez une solution.

[A. D.]

Bonjour,

En complément, cette documentation peut s'avérer aussi utile : "Writing R Extensions".

Peut-être que si vous n'avez pas de tests / exemples, supprimer le dossier "tests" dans l'arborescence supprime l'erreur ?


Bonne continuation et bon courage pour la suite !
N'hésitez pas à revenir nous parler de votre package une fois qu'il sera publié


Cordialement,


A.D.

[lilly74]

Bonjour,

selon le message d'erreur initial, l'erreur se produit au moment de la vérification de vos exemples.

Une piste de réflexion : est-ce que le temps d'exécution des exemples n'est pas trop long ?
Pour le vérifier, vous pourriez momentanément réduire vos exemples et voir si le problème est résolu.

Par curiosité (je n'ai aucune idée de l'impact possible de cela) :
- avez-vous parallélisé votre code ? (peut-être un problème de compatibilité...)
- avez-vous testé le package sur Windows ou Ubuntu ? (voir si l'erreur se produit dans les 2 cas)

Bon courage
Lilly.

[Kobe70]

Bonjour Lilly,

Merci pour vos pistes très très intéressantes.
Je vais vérifier le temps de lancement de mes exemples (ceux de la documentation créée avec Roxygen2). Je vais également tenter de les supprimer pour être sûr que le problème vient d'eux.
Votre question sur la parallélisation m'a fait très peur. Oui j'ai parallélisé mon code en utilisant le package doParallel. Je suppose qu'il ne s'agissait pas de divination et que vous avez donc posé cette question avec une idée derrière la tête. Pourriez vous m'indiquer laquelle?
J'ai testé l'étape de vérification du package exclusivement sur Windows pour le moment. Par contre j'ai bien testé son bon fonctionnement sous Linux.

Julien

[Kobe70]

Après 2 jours passés (partiellement) à trouver d'où provenait cette erreur j'ai enfin pu trouver l'erreur.... et elle est toute bête (comme souvent^^)
RStudio avait désactivé l'utilisation de Roxygen2 pour créer automatiquement la doc.
J'ai donc pu résoudre mon problème en allant dans le menu Build/Configure Build Tools...
Puis en cochant la case "Generate documentation with roxygen" de l'onglet "Build Tools"
Par contre ne me demandez pas pourquoi cette case a été décochée.... mystère
Merci à tous pour votre aide et à très bientôt sur ce forum.

[lilly74]

Bonjour Lilly,


Votre question sur la parallélisation m'a fait très peur. Oui j'ai parallélisé mon code en utilisant le package doParallel. Je suppose qu'il ne s'agissait pas de divination et que vous avez donc posé cette question avec une idée derrière la tête. Pourriez vous m'indiquer laquelle?


Julien

Bonjour,

félicitations pour avoir résolu votre problème

Je suis désolée de vous avoir alerté inutilement. Il me semblait avoir lu sur un forum (où? bonne question ) que certains packages liés à la parallélisation pouvaient poser problème. N'ayant jamais été confrontée à la création de package avec parallélisation, je n'avais pas creusé la question.

Bonne continuation !