Extraire des valeurs d'un fichier texte pour les mettre dans une matrice

**nekcorp** · 21/04/2016, 15h15

Bonjour à tous,

Alors voilà j'ai un petit soucis à résoudre.

Je dois récupérer des valeurs d'un fichier texte afin de les stocker dans une matrice.

J'utilise le loadtxt de la bibliothèque numpy, sauf que lorsque je tombe sur un caractère qui ne peut pas être converti en nombre j'ai un message d'erreur. Normal j'ai envie de dire.

J'ai cru comprendre qu'en mettant un # devant une ligne, cette ligne n'est pas prise en compte, ce qui me permet de ne pas gérer ma première ligne qui est composée uniquement de chaines de caractères. Donc cool pour moi

Cependant comme vous pouvez le constater avec mon fichier j'ai des chaines de caractères en début de ligne, et là pas moyen de les commenter sinon il ne me prend pas la ligne

Du coup je viens solliciter votre aide afin de m'aiguiller.

voici mon fichier texte :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  FILED                    FIELD1                        FIELD2                        FIELD3                           FIELD4                                FIELD4
  100130	POS1  	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
        	Value1	 26.1115495754	 22.3154416642	 22.2451541563	 22.2364685059	 22.1934436285	 2.46427067414	 2.63334198217	 15.8885217131	 13.5854695509	 22.4277910430	 16.0631337508	 15.7050931704	 15.5117932411	 16.4061034055	 16.3905707104	 2.31247626576	 1.91851022473	 31.4315877975	 20.2454057234
        	Value2	 3.29978589294	 3.58379620697	 3.59578798807	 3.59732155800	 3.61547508603	 .661029614057	 .492785797312	 .767442423059	 .573046140826	 3.72672183920	 4.68458029184	 4.72751972559	 4.75007094425	.0230746461949	.0635322751380	 4.37732304302	 4.35680124530	 2.45340861672	 .126264045896
        	Value3	-.005668394101	-.142976434154	-.145082754050	-.145587068429	-.148420995451	-.091623326832	-.055819930523	 .209888775213	 .191384419461	-.186619823501	-.448684484551	-.465617593785	-.473707152081	 .334114599094	 .326855301895	-.650205218898	-.650732216607	 .206308205056	 .395734157575
	POS2   	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
        	Value1	 26.0742145183	 22.1612398539	 22.0876764655	 22.0785778378	 22.0306764851	 2.48483457948	 2.66546107745	 16.1059737408	 13.7884088249	 22.2653657287	 15.5887766709	 15.2126682690	 15.0096683740	 16.7506504640	 16.7329391615	 1.61197374416	 1.20710200748	 31.3431781284	 20.6417396447
        	Value2	 1.42735904432	 1.50983656311	 1.51374906306	 1.51420263305	 1.51844131852	 .406699272145	 .317851112128	 .483400265012	 .395153006782	 1.57016836703	 1.83798209532	 1.84477058144	 1.84811518197	 .211728842527	 .233137257222	 1.61768652844	 1.59907739678	 .690482283475	 .269376597741
        	Value3	 .112696471888	-.019432237496	-.021260811112	-.021724299463	-.024099724362	-.066212905213	-.035616341635	 .250460547157	 .223225151874	-.056313671466	-.306985847342	-.323603917394	-.331378692292	 .355245927279	 .349444965538	-.533562150713	-.535667967525	 .289804694742	 .424642744141
  100230	POS1 	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
        	Value1	 25.4321500006	 21.5730914765	 21.5004975203	 21.4931512826	 21.4452139722	 2.32015866326	 2.52604404658	 15.7297995188	 13.4634981810	 21.6766868112	 15.1023872322	 14.7397345583	 14.5460762078	 16.4025053026	 16.3796832563	 1.34732397880	 .960922423050	 31.2314347504	 20.2245651373
        	Value2	 3.10108340358	 3.48286154936	 3.49717265332	 3.49875464508	 3.51980596911	 .652131971848	 .472161227762	 .517808368002	 .356572592318	 3.62702603364	 4.81200857698	 4.86748513779	 4.89654502331	-.295654767931	-.253297448358	 4.74277917061	 4.73102372582	 2.17244298476	-.259778637519
        	Value3	-2.59240955381	-2.98257618562	-2.99512523170	-2.99692960579	-3.01337469207	-.764394246541	-.562444326464	-.397754067117	-.267284130002	-3.17036546844	-4.20102357761	-4.24988638089	-4.27456810150	 .344069465064	 .296607798694	-4.17010819978	-4.14460555392	-1.23527450799	 .348425686738
	POS2   	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
        	Value1	 25.4651904420	 21.4879003986	 21.4121278138	 21.4044964085	 21.3516991656	 2.35810848138	 2.57151947016	 15.9791254981	 13.6913028979	 21.5894096005	 14.6989150951	 14.3177857872	 14.1143196123	 16.7688398262	 16.7450214106	 .692537926367	 .293565405805	 31.1870772309	 20.6493695819
        	Value2	 1.24687501634	 1.41821727907	 1.42430452393	 1.42496254350	 1.43189413144	 .389305004866	 .291132295190	 .252956332426	 .192706910449	 1.48164104342	 1.95569839974	 1.97429127732	 1.98391790223	-.083961923937	-.060967490371	 1.95219872124	 1.94221143584	 .471063726414	-.085390962050
        	Value3	-2.37594758099	-2.75927186960	-2.77138631550	-2.77314125658	-2.78863386513	-.734356273796	-.538123729264	-.328258543971	-.213397838301	-2.93908298752	-3.94239399620	-3.99002361538	-4.01392069641	 .379677594225	 .333792746463	-3.95387030168	-3.92992011623	-1.03106321079	 .399615853905

J'ai essayé de faire un petit bout de code sans utiliser le loadtxt mais en créant une matrice de zéros avec les bonnes dimension et ensuite je remplis cette matrice caractères par caractères.
Le soucis c'est qu'un float retourne Flase et non True avec isdigit(). Du coup je bloque

Voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import numpy
from scipy import *
 
FILE = open('to_be_matrix.txt', 'r')
first_line = 0
i = 0
 
init_array = zeros((16,19))
 
for lines in FILE:
 
    if first_line == 0 :
 
        LC_LIST = lines.split()
 
        LC_LIST.remove(LC_LIST[0])
 
        first_line+=1
 
    else :
 
        lines = lines.split()
 
        j = 0
 
        for e in lines :
 
            if e.isdigit()== True :
 
                init_array[i,j]=lines[j]
 
                print lines[j]
 
                j+=1
 
            else :
                next
 
        i+=1
 
FILE.close()

Je souhaite récupérer uniquement les nombres décimaux dans la matrice, les entiers en début de ligne ne sont pas traités dans la matrice.

Merci d'avance pour votre aide.

**bistouille** · 21/04/2016, 16h13

Salut,

Il suffit de faire un simple test avec une expression régulière pour tester tes nombres.

Du genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from re import match
 
def isFloat(chaine) :
    return bool(match('^-?\d+\.\d+$', str(chaine)))

Je suis sûr qu'il doit y avoir une méthode d'un module pour tester ce genre de valeur, mais je connais pas, ne m'étant encore jamais servir de nombres à virgules dans mes applis.

A la limite j'aurais utiliser une regex pour récupérer toutes les valeurs de ton fichier que tu désires.

**wiztricks** · 21/04/2016, 16h38

Salut,

Envoyé par nekcorp

Du coup je viens solliciter votre aide afin de m'aiguiller.

Avant de penser à coder comment contourner les problèmes, il faut lire la documentation de la fonction loadtxt de numpy:

skiprows: pour sauter les entêtes,
usecols: préciser quelles colonnes on veut,
dtype: lorsque le type n'est pas float,

modulo que je ne me sois pas trompé en comptant les colonnes:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

>>> ar = np.loadtxt( 'to_be_matrix.txt' , skiprows=2, usecols=tuple(range(2,19)))

devrait le faire.

- W

**nekcorp** · 21/04/2016, 17h21

Envoyé par bistouille

Salut,

Il suffit de faire un simple test avec une expression régulière pour tester tes nombres.

Du genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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4
from re import match
 
def isFloat(chaine) :
    return bool(match('^-?\d+\.\d+$', str(chaine)))

Je suis sûr qu'il doit y avoir une méthode d'un module pour tester ce genre de valeur, mais je connais pas, ne m'étant encore jamais servir de nombres à virgules dans mes applis.

A la limite j'aurais utiliser une regex pour récupérer toutes les valeurs de ton fichier que tu désires.

Merci pour ton aide, mais je ne compte pas m'y prendre de la sorte. J'avais testé le bout de code plus haut afin de faire des tests.

**nekcorp** · 21/04/2016, 17h42

Envoyé par wiztricks

Salut,

Avant de penser à coder comment contourner les problèmes, il faut lire la documentation de la fonction loadtxt de numpy:

skiprows: pour sauter les entêtes,
usecols: préciser quelles colonnes on veut,
dtype: lorsque le type n'est pas float,

modulo que je ne me sois pas trompé en comptant les colonnes:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

>>> ar = np.loadtxt( 'to_be_matrix.txt' , skiprows=1, usecols=tuple(range(2,19)))

devrait le faire.

- W

J'avais lu la doc mais sur mes essais ça ne fonctionnait pas.

Je ne sais pas pourquoi mais lorsque je fais le test en lui demandant de commencer à partir de la 3ème colonne il me prend la 4ème.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import numpy
from scipy import *
 
ar = numpy.loadtxt('to_be_matrix.txt', skiprows=1, usecols=tuple(range(2,19)))
 
print ar

j'obtiens ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[[ -8.99999976e-01  -8.99999976e-01  -8.99999976e-01  -8.99999976e-01
   -8.99999976e-01  -8.99999976e-01  -8.99999976e-01  -8.99999976e-01
   -8.99999976e-01  -8.99999976e-01  -8.99999976e-01  -8.99999976e-01
   -8.99999976e-01  -8.99999976e-01  -8.99999976e-01  -8.99999976e-01
   -8.99999976e-01]
 [  2.23154417e+01   2.22451542e+01   2.22364685e+01   2.21934436e+01
    2.46427067e+00   2.63334198e+00   1.58885217e+01   1.35854696e+01
    2.24277910e+01   1.60631338e+01   1.57050932e+01   1.55117932e+01
    1.64061034e+01   1.63905707e+01   2.31247627e+00   1.91851022e+00
    3.14315878e+01]
 [  3.58379621e+00   3.59578799e+00   3.59732156e+00   3.61547509e+00
    6.61029614e-01   4.92785797e-01   7.67442423e-01   5.73046141e-01
    3.72672184e+00   4.68458029e+00   4.72751973e+00   4.75007094e+00
    2.30746462e-02   6.35322751e-02   4.37732304e+00   4.35680125e+00
    2.45340862e+00]
 [ -1.42976434e-01  -1.45082754e-01  -1.45587068e-01  -1.48420995e-01
   -9.16233268e-02  -5.58199305e-02   2.09888775e-01   1.91384419e-01
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Le premier terme de la deuxième ligne est 2.23154417e+01 or je pensais avoir 26.1115495754 comme dans mon fichier initial.

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	POS2	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
        	Value1	 25.4651904420	 21.4879003986	 21.4121278138	 21.4044964085	 21.3516991656	 2.35810848138	 2.57151947016	 15.9791254981	 13.6913028979	 21.5894096005	 14.6989150951	 14.3177857872	 14.1143196123	 16.7688398262	 16.7450214106	 .692537926367	 .293565405805	 31.1870772309	 20.6493695819
        	Value2	 1.24687501634	 1.41821727907	 1.42430452393	 1.42496254350	 1.43189413144	 .389305004866	 .291132295190	 .252956332426	 .192706910449	 1.48164104342	 1.95569839974	 1.97429127732	 1.98391790223	-.083961923937	-.060967490371	 1.95219872124	 1.94221143584	 .471063726414	-.085390962050
        	Value3	-2.37594758099	-2.75927186960	-2.77138631550	-2.77314125658	-2.78863386513	-.734356273796	-.538123729264	-.328258543971	-.213397838301	-2.93908298752	-3.94239399620	-3.99002361538	-4.01392069641	 .379677594225	 .333792746463	-3.95387030168	-3.92992011623	-1.03106321079	 .399615853905

Lorsque je lui demande de commencer une colonne avant donc range(1,19) j'ai un message d'erreur qui me dit que qu'il ne peut pas convertir POS1 en float, or j'aurai dû me trouver une colonne en arrière, mais là j'ai l'impression d'avoir sauter deux colonnes.

Code :

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import numpy
from scipy import *
 
ar = numpy.loadtxt('to_be_matrix.txt', skiprows=1, usecols=tuple(range(1,19)))
 
print ar

Message d'erreur :

Code :

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Traceback (most recent call last):
  File "C:/Users/st36325/Desktop/enveloppe/20042016/numpy_loadtxt.py", line 4, in <module>
    ar = numpy.loadtxt('to_be_matrix.txt', skiprows=1, usecols=tuple(range(1,19)))
  File "C:\Program Files (x86)\python27\lib\site-packages\numpy\lib\npyio.py", line 805, in loadtxt
    items = [conv(val) for (conv, val) in zip(converters, vals)]
ValueError: could not convert string to float: POS1

J'ai également fait le test avec 0 et même message d'erreur.

Est ce que le problème n'interviendrait pas à cause des espaces et ou des tabulations dans le fichier ? Ce format de fichier est issue d'un logiciel donc pas trop le choix, ou alors le "nettoyer" ?

**wiztricks** · 21/04/2016, 17h51

Salut,

Envoyé par nekcorp

Ce format de fichier est issue d'un logiciel donc pas trop le choix, ou alors le "nettoyer" ?

oui, on dirait un fichier tabulaire qu'on sortait sur les imprimantes avant l'invention du laser.
Ca serait mieux que ca ressemble à un CSV.

- W

**nekcorp** · 22/04/2016, 12h20

Envoyé par wiztricks

Salut,

oui, on dirait un fichier tabulaire qu'on sortait sur les imprimantes avant l'invention du laser.
Ca serait mieux que ca ressemble à un CSV.

- W

J'ai "reformaté" mon fichier en retirant dans un premier temps les espaces en début de ligne :

Code :

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100130	POS1  	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
Value1	 26.1115495754	 22.3154416642	 22.2451541563	 22.2364685059	 22.1934436285	 2.46427067414	 2.63334198217	 15.8885217131	 13.5854695509	 22.4277910430	 16.0631337508	 15.7050931704	 15.5117932411	 16.4061034055	 16.3905707104	 2.31247626576	 1.91851022473	 31.4315877975	 20.2454057234
Value2	 3.29978589294	 3.58379620697	 3.59578798807	 3.59732155800	 3.61547508603	 .661029614057	 .492785797312	 .767442423059	 .573046140826	 3.72672183920	 4.68458029184	 4.72751972559	 4.75007094425	.0230746461949	.0635322751380	 4.37732304302	 4.35680124530	 2.45340861672	 .126264045896
Value3	-.005668394101	-.142976434154	-.145082754050	-.145587068429	-.148420995451	-.091623326832	-.055819930523	 .209888775213	 .191384419461	-.186619823501	-.448684484551	-.465617593785	-.473707152081	 .334114599094	 .326855301895	-.650205218898	-.650732216607	 .206308205056	 .395734157575
POS2   	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
Value1	 26.0742145183	 22.1612398539	 22.0876764655	 22.0785778378	 22.0306764851	 2.48483457948	 2.66546107745	 16.1059737408	 13.7884088249	 22.2653657287	 15.5887766709	 15.2126682690	 15.0096683740	 16.7506504640	 16.7329391615	 1.61197374416	 1.20710200748	 31.3431781284	 20.6417396447
Value2	 1.42735904432	 1.50983656311	 1.51374906306	 1.51420263305	 1.51844131852	 .406699272145	 .317851112128	 .483400265012	 .395153006782	 1.57016836703	 1.83798209532	 1.84477058144	 1.84811518197	 .211728842527	 .233137257222	 1.61768652844	 1.59907739678	 .690482283475	 .269376597741
Value3	 .112696471888	-.019432237496	-.021260811112	-.021724299463	-.024099724362	-.066212905213	-.035616341635	 .250460547157	 .223225151874	-.056313671466	-.306985847342	-.323603917394	-.331378692292	 .355245927279	 .349444965538	-.533562150713	-.535667967525	 .289804694742	 .424642744141
100230	POS1 	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
Value1	 25.4321500006	 21.5730914765	 21.5004975203	 21.4931512826	 21.4452139722	 2.32015866326	 2.52604404658	 15.7297995188	 13.4634981810	 21.6766868112	 15.1023872322	 14.7397345583	 14.5460762078	 16.4025053026	 16.3796832563	 1.34732397880	 .960922423050	 31.2314347504	 20.2245651373
Value2	 3.10108340358	 3.48286154936	 3.49717265332	 3.49875464508	 3.51980596911	 .652131971848	 .472161227762	 .517808368002	 .356572592318	 3.62702603364	 4.81200857698	 4.86748513779	 4.89654502331	-.295654767931	-.253297448358	 4.74277917061	 4.73102372582	 2.17244298476	-.259778637519
Value3	-2.59240955381	-2.98257618562	-2.99512523170	-2.99692960579	-3.01337469207	-.764394246541	-.562444326464	-.397754067117	-.267284130002	-3.17036546844	-4.20102357761	-4.24988638089	-4.27456810150	 .344069465064	 .296607798694	-4.17010819978	-4.14460555392	-1.23527450799	 .348425686738
POS2	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
Value1	 25.4651904420	 21.4879003986	 21.4121278138	 21.4044964085	 21.3516991656	 2.35810848138	 2.57151947016	 15.9791254981	 13.6913028979	 21.5894096005	 14.6989150951	 14.3177857872	 14.1143196123	 16.7688398262	 16.7450214106	 .692537926367	 .293565405805	 31.1870772309	 20.6493695819
Value2	 1.24687501634	 1.41821727907	 1.42430452393	 1.42496254350	 1.43189413144	 .389305004866	 .291132295190	 .252956332426	 .192706910449	 1.48164104342	 1.95569839974	 1.97429127732	 1.98391790223	-.083961923937	-.060967490371	 1.95219872124	 1.94221143584	 .471063726414	-.085390962050
Value3	-2.37594758099	-2.75927186960	-2.77138631550	-2.77314125658	-2.78863386513	-.734356273796	-.538123729264	-.328258543971	-.213397838301	-2.93908298752	-3.94239399620	-3.99002361538	-4.01392069641	 .379677594225	 .333792746463	-3.95387030168	-3.92992011623	-1.03106321079	 .399615853905

Mais le soucis ce sont les lignes 3 et 11.

POS1 va causer problème, du coup est il possible de lui dire que s'il tombe sur POS1 qu'il ne s'en préoccupe pas ? C'est l'option converters qu'il faut utiliser dans loadtxt?

Encore merci pour votre aide.

**wiztricks** · 22/04/2016, 12h38

Envoyé par nekcorp

J'ai "reformaté" mon fichier en retirant dans un premier temps les espaces en début de ligne"

Les lignes 3 et 11 commencent par 2 colonnes qu'il faut sauter.
Les autres lignes commencent par une colonne à sauter (plusieurs "blancs" comptent pour du beurre).
Je suis perplexe sur le début des lignes qui contiennent POS2: "POS2" devrait être aligné sur "POS1".

Vous avez 2 possibilités:

virer la première colonne des lignes 3, 11
virer les n caractères du début de chaque ligne (si l'alignement de "POS2" correspond à celui de "POS1"

Le tout pour construire un fichier qui ressemble à du CSV que pourra manger loadtxt.

- W

**nekcorp** · 22/04/2016, 13h42

Envoyé par wiztricks

Les lignes 3 et 11 commencent par 2 colonnes qu'il faut sauter.
Les autres lignes commencent par une colonne à sauter (plusieurs "blancs" comptent pour du beurre).
Je suis perplexe sur le début des lignes qui contiennent POS2: "POS2" devrait être aligné sur "POS1".

Vous avez 2 possibilités:

virer la première colonne des lignes 3, 11
virer les n caractères du début de chaque ligne (si l'alignement de "POS2" correspond à celui de "POS1"

Le tout pour construire un fichier qui ressemble à du CSV que pourra manger loadtxt.

- W

Justement à la base POS2 et POS1 sont alignés enfin ils devraient l'être en toute logique.

Je pourrais m'en sortir si le fichier est réécrit de la sorte ?

Code :

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  100130	POS1  	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
        	Value1	 26.1115495754	 22.3154416642	 22.2451541563	 22.2364685059	 22.1934436285	 2.46427067414	 2.63334198217	 15.8885217131	 13.5854695509	 22.4277910430	 16.0631337508	 15.7050931704	 15.5117932411	 16.4061034055	 16.3905707104	 2.31247626576	 1.91851022473	 31.4315877975	 20.2454057234
        	Value2	 3.29978589294	 3.58379620697	 3.59578798807	 3.59732155800	 3.61547508603	 .661029614057	 .492785797312	 .767442423059	 .573046140826	 3.72672183920	 4.68458029184	 4.72751972559	 4.75007094425	.0230746461949	.0635322751380	 4.37732304302	 4.35680124530	 2.45340861672	 .126264045896
        	Value3	-.005668394101	-.142976434154	-.145082754050	-.145587068429	-.148420995451	-.091623326832	-.055819930523	 .209888775213	 .191384419461	-.186619823501	-.448684484551	-.465617593785	-.473707152081	 .334114599094	 .326855301895	-.650205218898	-.650732216607	 .206308205056	 .395734157575
        	POS2   	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
        	Value1	 26.0742145183	 22.1612398539	 22.0876764655	 22.0785778378	 22.0306764851	 2.48483457948	 2.66546107745	 16.1059737408	 13.7884088249	 22.2653657287	 15.5887766709	 15.2126682690	 15.0096683740	 16.7506504640	 16.7329391615	 1.61197374416	 1.20710200748	 31.3431781284	 20.6417396447
        	Value2	 1.42735904432	 1.50983656311	 1.51374906306	 1.51420263305	 1.51844131852	 .406699272145	 .317851112128	 .483400265012	 .395153006782	 1.57016836703	 1.83798209532	 1.84477058144	 1.84811518197	 .211728842527	 .233137257222	 1.61768652844	 1.59907739678	 .690482283475	 .269376597741
        	Value3	 .112696471888	-.019432237496	-.021260811112	-.021724299463	-.024099724362	-.066212905213	-.035616341635	 .250460547157	 .223225151874	-.056313671466	-.306985847342	-.323603917394	-.331378692292	 .355245927279	 .349444965538	-.533562150713	-.535667967525	 .289804694742	 .424642744141
  100230	POS1 	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
        	Value1	 25.4321500006	 21.5730914765	 21.5004975203	 21.4931512826	 21.4452139722	 2.32015866326	 2.52604404658	 15.7297995188	 13.4634981810	 21.6766868112	 15.1023872322	 14.7397345583	 14.5460762078	 16.4025053026	 16.3796832563	 1.34732397880	 .960922423050	 31.2314347504	 20.2245651373
        	Value2	 3.10108340358	 3.48286154936	 3.49717265332	 3.49875464508	 3.51980596911	 .652131971848	 .472161227762	 .517808368002	 .356572592318	 3.62702603364	 4.81200857698	 4.86748513779	 4.89654502331	-.295654767931	-.253297448358	 4.74277917061	 4.73102372582	 2.17244298476	-.259778637519
        	Value3	-2.59240955381	-2.98257618562	-2.99512523170	-2.99692960579	-3.01337469207	-.764394246541	-.562444326464	-.397754067117	-.267284130002	-3.17036546844	-4.20102357761	-4.24988638089	-4.27456810150	 .344069465064	 .296607798694	-4.17010819978	-4.14460555392	-1.23527450799	 .348425686738
        	POS2	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
        	Value1	 25.4651904420	 21.4879003986	 21.4121278138	 21.4044964085	 21.3516991656	 2.35810848138	 2.57151947016	 15.9791254981	 13.6913028979	 21.5894096005	 14.6989150951	 14.3177857872	 14.1143196123	 16.7688398262	 16.7450214106	 .692537926367	 .293565405805	 31.1870772309	 20.6493695819
        	Value2	 1.24687501634	 1.41821727907	 1.42430452393	 1.42496254350	 1.43189413144	 .389305004866	 .291132295190	 .252956332426	 .192706910449	 1.48164104342	 1.95569839974	 1.97429127732	 1.98391790223	-.083961923937	-.060967490371	 1.95219872124	 1.94221143584	 .471063726414	-.085390962050
        	Value3	-2.37594758099	-2.75927186960	-2.77138631550	-2.77314125658	-2.78863386513	-.734356273796	-.538123729264	-.328258543971	-.213397838301	-2.93908298752	-3.94239399620	-3.99002361538	-4.01392069641	 .379677594225	 .333792746463	-3.95387030168	-3.92992011623	-1.03106321079	 .399615853905

ou alors lorsque je vais tomber sur les lignes qui ne commencent pas par un nombre (lignes 4,5,6,7,8,9,10, 12 etc ....) je vais avoir le même problème que précédement.

En fait je ne peut pas supprimer de colonnes car la suite de mon code doit exploiter ces colonnes.

Pas évident à gérer ce genre de fichier

**nekcorp** · 22/04/2016, 13h57

J'ai testé et non le format précédent ne permet pas d'appliquer loadtxt, les espaces en début de lignes ne sont pas prit en compte comme étant une colonne du coup même soucis qu'au départ.

Par contre je peux éventuellement réécrire en début de ligne les ID en gros je pourrais passer de ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
 
FILED                    FIELD1                        FIELD2                        FIELD3                           FIELD4                                FIELD4
  100130	POS1  	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
        	Value1	 26.1115495754	 22.3154416642	 22.2451541563	 22.2364685059	 22.1934436285	 2.46427067414	 2.63334198217	 15.8885217131	 13.5854695509	 22.4277910430	 16.0631337508	 15.7050931704	 15.5117932411	 16.4061034055	 16.3905707104	 2.31247626576	 1.91851022473	 31.4315877975	 20.2454057234
        	Value2	 3.29978589294	 3.58379620697	 3.59578798807	 3.59732155800	 3.61547508603	 .661029614057	 .492785797312	 .767442423059	 .573046140826	 3.72672183920	 4.68458029184	 4.72751972559	 4.75007094425	.0230746461949	.0635322751380	 4.37732304302	 4.35680124530	 2.45340861672	 .126264045896
        	Value3	-.005668394101	-.142976434154	-.145082754050	-.145587068429	-.148420995451	-.091623326832	-.055819930523	 .209888775213	 .191384419461	-.186619823501	-.448684484551	-.465617593785	-.473707152081	 .334114599094	 .326855301895	-.650205218898	-.650732216607	 .206308205056	 .395734157575
        	POS2   	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
        	Value1	 26.0742145183	 22.1612398539	 22.0876764655	 22.0785778378	 22.0306764851	 2.48483457948	 2.66546107745	 16.1059737408	 13.7884088249	 22.2653657287	 15.5887766709	 15.2126682690	 15.0096683740	 16.7506504640	 16.7329391615	 1.61197374416	 1.20710200748	 31.3431781284	 20.6417396447
        	Value2	 1.42735904432	 1.50983656311	 1.51374906306	 1.51420263305	 1.51844131852	 .406699272145	 .317851112128	 .483400265012	 .395153006782	 1.57016836703	 1.83798209532	 1.84477058144	 1.84811518197	 .211728842527	 .233137257222	 1.61768652844	 1.59907739678	 .690482283475	 .269376597741
        	Value3	 .112696471888	-.019432237496	-.021260811112	-.021724299463	-.024099724362	-.066212905213	-.035616341635	 .250460547157	 .223225151874	-.056313671466	-.306985847342	-.323603917394	-.331378692292	 .355245927279	 .349444965538	-.533562150713	-.535667967525	 .289804694742	 .424642744141
  100230	POS1 	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
        	Value1	 25.4321500006	 21.5730914765	 21.5004975203	 21.4931512826	 21.4452139722	 2.32015866326	 2.52604404658	 15.7297995188	 13.4634981810	 21.6766868112	 15.1023872322	 14.7397345583	 14.5460762078	 16.4025053026	 16.3796832563	 1.34732397880	 .960922423050	 31.2314347504	 20.2245651373
        	Value2	 3.10108340358	 3.48286154936	 3.49717265332	 3.49875464508	 3.51980596911	 .652131971848	 .472161227762	 .517808368002	 .356572592318	 3.62702603364	 4.81200857698	 4.86748513779	 4.89654502331	-.295654767931	-.253297448358	 4.74277917061	 4.73102372582	 2.17244298476	-.259778637519
        	Value3	-2.59240955381	-2.98257618562	-2.99512523170	-2.99692960579	-3.01337469207	-.764394246541	-.562444326464	-.397754067117	-.267284130002	-3.17036546844	-4.20102357761	-4.24988638089	-4.27456810150	 .344069465064	 .296607798694	-4.17010819978	-4.14460555392	-1.23527450799	 .348425686738
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        	Value3	-2.37594758099	-2.75927186960	-2.77138631550	-2.77314125658	-2.78863386513	-.734356273796	-.538123729264	-.328258543971	-.213397838301	-2.93908298752	-3.94239399620	-3.99002361538	-4.01392069641	 .379677594225	 .333792746463	-3.95387030168	-3.92992011623	-1.03106321079	 .399615853905

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  100130	POS2   	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
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  100130	Value3	 .112696471888	-.019432237496	-.021260811112	-.021724299463	-.024099724362	-.066212905213	-.035616341635	 .250460547157	 .223225151874	-.056313671466	-.306985847342	-.323603917394	-.331378692292	 .355245927279	 .349444965538	-.533562150713	-.535667967525	 .289804694742	 .424642744141
  100230	POS1 	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158	-.899999976158
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  100230	Value2	 3.10108340358	 3.48286154936	 3.49717265332	 3.49875464508	 3.51980596911	 .652131971848	 .472161227762	 .517808368002	 .356572592318	 3.62702603364	 4.81200857698	 4.86748513779	 4.89654502331	-.295654767931	-.253297448358	 4.74277917061	 4.73102372582	 2.17244298476	-.259778637519
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  100230	POS2	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158	 .899999976158
  100230	Value1	 25.4651904420	 21.4879003986	 21.4121278138	 21.4044964085	 21.3516991656	 2.35810848138	 2.57151947016	 15.9791254981	 13.6913028979	 21.5894096005	 14.6989150951	 14.3177857872	 14.1143196123	 16.7688398262	 16.7450214106	 .692537926367	 .293565405805	 31.1870772309	 20.6493695819
  100230	Value2	 1.24687501634	 1.41821727907	 1.42430452393	 1.42496254350	 1.43189413144	 .389305004866	 .291132295190	 .252956332426	 .192706910449	 1.48164104342	 1.95569839974	 1.97429127732	 1.98391790223	-.083961923937	-.060967490371	 1.95219872124	 1.94221143584	 .471063726414	-.085390962050
  100230	Value3	-2.37594758099	-2.75927186960	-2.77138631550	-2.77314125658	-2.78863386513	-.734356273796	-.538123729264	-.328258543971	-.213397838301	-2.93908298752	-3.94239399620	-3.99002361538	-4.01392069641	 .379677594225	 .333792746463	-3.95387030168	-3.92992011623	-1.03106321079	 .399615853905

ça ne perturbera pas la suite de mon code et là je pourrai utiliser loadtxt dans la volée.

Par contre comment réécrire le fichier en ajoutant l'ID en début de ligne ? Est ce que je dois passer par des list (je risque d'avoir des problèmes pour réécrire le fichier ensuite), où alors je peux manipuler directement les lignes en chaines de caractères ?

**wiztricks** · 22/04/2016, 16h49

Envoyé par nekcorp

Par contre comment réécrire le fichier en ajoutant l'ID en début de ligne ? Est ce que je dois passer par des list (je risque d'avoir des problèmes pour réécrire le fichier ensuite), où alors je peux manipuler directement les lignes en chaines de caractères ?

Vous allez lire des "lignes" <=> chaine de caractères se terminant par "\n".
Vous pouvez faire line.split() pour la découper suivant les "blancs", ce qui retourne une liste.
Vous supprimez le premier élément en fonction de la longueur de la liste.
Puis vous reconstruisez la ligne avec ' '.join(liste)

- W

**nekcorp** · 22/04/2016, 17h00

Je sais pas si c'est la meilleure façon de faire, mais voilà ce que j'ai fais :

Code :

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import numpy
 
FILE = open('to_be_matrix.txt', 'r')
OUTPUT_FILE = open('to_be_matrix_mod_3.txt', 'w')
 
first_line = 0
 
for lines in FILE :
 
    lines = lines.lstrip()
    lines = lines.split()
 
    if first_line == 0 :
 
        OUTPUT_FILE.write("\t".join(lines)+'\n')
 
    first_line+=1
 
    if lines[0].isdigit() == True and first_line > 0 :
 
        ID_ELEMENT = lines[0]
        OUTPUT_FILE.write("\t".join(lines)+'\n')
 
    elif lines[0].isdigit() == False and first_line > 1  :
 
        lines.insert(0, ID_ELEMENT)
        OUTPUT_FILE.write("\t".join(lines)+ '\n')
 
 
 
FILE.close()
OUTPUT_FILE.close()
 
ar = numpy.loadtxt('to_be_matrix_mod_3.txt', dtype = str, delimiter="\t" , skiprows=1, usecols=tuple(range(2,21)))
 
print ar

ce qui me permet d'avoir le fichier de sortie :

Code :

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FILED FIELD1 FIELD2 FIELD3 FIELD4 FIELD4
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   -3.17036547e+00  -4.20102358e+00  -4.24988638e+00  -4.27456810e+00
    3.44069465e-01   2.96607799e-01  -4.17010820e+00  -4.14460555e+00
   -1.23527451e+00]
 [  8.99999976e-01   8.99999976e-01   8.99999976e-01   8.99999976e-01
    8.99999976e-01   8.99999976e-01   8.99999976e-01   8.99999976e-01
    8.99999976e-01   8.99999976e-01   8.99999976e-01   8.99999976e-01
    8.99999976e-01   8.99999976e-01   8.99999976e-01   8.99999976e-01
    8.99999976e-01]
 [  2.14879004e+01   2.14121278e+01   2.14044964e+01   2.13516992e+01
    2.35810848e+00   2.57151947e+00   1.59791255e+01   1.36913029e+01
    2.15894096e+01   1.46989151e+01   1.43177858e+01   1.41143196e+01
    1.67688398e+01   1.67450214e+01   6.92537926e-01   2.93565406e-01
    3.11870772e+01]
 [  1.41821728e+00   1.42430452e+00   1.42496254e+00   1.43189413e+00
    3.89305005e-01   2.91132295e-01   2.52956332e-01   1.92706910e-01
    1.48164104e+00   1.95569840e+00   1.97429128e+00   1.98391790e+00
   -8.39619239e-02  -6.09674904e-02   1.95219872e+00   1.94221144e+00
    4.71063726e-01]
 [ -2.75927187e+00  -2.77138632e+00  -2.77314126e+00  -2.78863387e+00
   -7.34356274e-01  -5.38123729e-01  -3.28258544e-01  -2.13397838e-01
   -2.93908299e+00  -3.94239400e+00  -3.99002362e+00  -4.01392070e+00
    3.79677594e-01   3.33792746e-01  -3.95387030e+00  -3.92992012e+00
   -1.03106321e+00]]

Encore merci pour votre aide

**nekcorp** · 22/04/2016, 17h01

Envoyé par wiztricks

Vous allez lire des "lignes" <=> chaine de caractères se terminant par "\n".
Vous pouvez faire line.split() pour la découper suivant les "blancs", ce qui retourne une liste.
Vous supprimez le premier élément en fonction de la longueur de la liste.
Puis vous reconstruisez la ligne avec ' '.join(liste)

- W

C'est ce que j'ai fais

Merci pour ta confirmation wiztricks

Extraire des valeurs d'un fichier texte pour les mettre dans une matrice [Python 2.X]

Python

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