Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour à tous,

Mon dictionnaire a comme valeurs des listes, associées à ses clés.
J'aimerais afficher le tout sur une ligne (pour construire un tableau par itération).

J'ai trouvé cette solution par des recherches sur internet :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print ("\t".join(table_data_s[source_name]))

Mais, j'obtiens l'erreur :

TypeError: sequence item 0: expected str instance, list found

Ai-je commis une erreur, y a-t'il eu des changements sous python 3 (que j'utilise) ?

D'avance merci,

[wiztricks]

Salut,

Mais, j'obtiens l'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

TypeError: sequence item 0: expected str instance, list found

Ai-je commis une erreur, y a-t'il eu des changement sous python 3 (que j'utilise) ?

Relisez le message d'erreur, il dit que le premier élément de la séquence récupérée dans "table_data_s[source_name]" est une liste et non une chaîne de caractères.
Exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> L = [ [1, 2, 3] for _ in range(3) ]
>>> L
[[1, 2, 3], [1, 2, 3], [1, 2, 3]]
>>> ' '.join(L)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
TypeError: sequence item 0: expected str instance, list found

Une solution pourrait être:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> 'X'.join(str(e) for e in L)
'[1, 2, 3]X[1, 2, 3]X[1, 2, 3]'
>>>

Mais ca dépend de vos données et du rendu que vous voulez avoir côté chaine de caractères.

- W

[Jasmine80]

Bonjour Wiztricks,

Merci pour votre réponse.

pprint, sur mon dictionnaire 'table_data_s' me donne ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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{'IMU10-1-24-R-1-1': [['IMU10-1-24-R-1-1',
                       'RPTEC/TERT1',
                       'Homo sapiens',
                       'Male',
                       '1',
                       '1',
                       'dimethyl sulfoxide',
                       'IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N',
                       'CHEMBL504',
                       '',
                       'DMSO',
                       'TRUE',
                       '',
                       '0.1',
                       'percent',
                       '24',
                       'DMSO']],
 'IMU10-1-24-R-2-1': [['IMU10-1-24-R-2-1',
                       'RPTEC/TERT1',
                       'Homo sapiens',
                       'Male',
                       '2',
                       '1',
                       'dimethyl sulfoxide',
                       'IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N',
                       'CHEMBL504',
                       '',
                       'DMSO',
                       'TRUE',
                       '',
                       '0.1',
                       'percent',
                       '24',
                       'DMSO']],
 'IMU10-1-24-R-3-1': [['IMU10-1-24-R-3-1',
                       'RPTEC/TERT1',
                       'Homo sapiens',
                       'Male',
                       '3',
                       '1',
                       'dimethyl sulfoxide',
                       'IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N',
                       'CHEMBL504',
                       '',
                       'DMSO',
                       'TRUE',
                       '',
                       '0.1',
                       'percent',
                       '24',
                       'DMSO']], ...

Je n'avais pas fait attention à ces doubles crochets.

Voici comment je le génère :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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f = open('s_DIXA003.txt','r')
lines_s  = f.readlines()
f.close()
 
table_data_s = {}
 
for e in lines_s:
	source_name = re.search('^([^\t]*)\t', e).group(1)
	table_data_s[source_name]= [ e.rstrip('\n').split('\t')]

Je sais que Join() attend un string mais j'aimerais l'utiliser sur cette liste.

Merci.

[Jasmine80]

En fin de compte, j'ai modifié mon dictionnaire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for e in lines_s:
	source_name = re.search('^([^\t]*)\t', e).group(1)
	table_data_s[source_name]= e

...mais j'aimerais quand même comprendre d'où me venait ces doubles crochets et comment faire un join sur une liste.

Merci

[wiztricks]

Salut,

La liste de liste vient de cette ligne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

	table_data_s[source_name]= [ e.rstrip('\n').split('\t')]

.split retourne déjà une liste de "str".

- W

[CosmoKnacki]

Quelques remarques à propos de tes codes:

Pour le premier code:
Puisque tu te débarrasses de \n avec rstrip, tu peux le faire directement à la génération de la liste de lignes:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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f = open('s_DIXA003.txt','r')
lines_s  = f.read().splitlines
f.close()

Comme ça, pas besoin d'utiliser rstrip par la suite pour éliminer le LF.
Ensuite pourquoi utiliser re.search(r'^([^\t]*)\t', e) autant splitter directement chaque ligne aux tabulations:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for e in lines_s:
    parts = e.split('\t')
    table_data_s[parts[0]] = parts

Comme l'a signalé wiztricks, e.split('\t') renvoie déjà une liste, donc si tu places des crochets autour tu obtiendras une liste dont le premier et unique élément est une autre liste.

Même chose pour le deuxième code, sauf qu'il faut limiter le split:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for e in lines_s:
    table_data_s[e.split('\t', 1)[0]] = e

Enfin, si je devais faire la même chose, je lirais plutôt le fichier ligne par ligne en peuplant au fur et à mesure mon dictionnaire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('s_DIXA003.txt') as f:
    for line in f:
        parts = line.rstrip('\n').split('\t')
        table_data_s[parts[0]] = parts

[Jasmine80]

Bonjour wiztricks et CosmoKnacki,

Merci pour vos réponses.

Puisque tu te débarrasses de \n avec rstrip, tu peux le faire directement à la génération de la liste de lignes:[code]f = open('s_DIXA003.txt','r')
lines_s = f.read().splitlines

C'est plus intelligent, en effet !

Ensuite pourquoi utiliser re.search(r'^([^\t]*)\t', e) autant splitter directement chaque ligne aux tabulations:
Enfin, si je devais faire la même chose, je lirais plutôt le fichier ligne par ligne en peuplant au fur et à mesure mon dictionnaire:

Est-ce tu ferais ainsi, par ce que c'est mieux niveau performance ?

[CosmoKnacki]

En ce qui concerne le fait de te passer du re.search et de tout splitter au simple caractère TAB, le gain en vitesse est garanti.

Au sujet de la lecture ligne par ligne: du point de vue vitesse, je ne pense pas que ça risque de gréver les performances (cela dit je n'ai pas pu tester sur ce fameux fichier uniquement accessible aux élus), par contre du point de vue mémoire, tu évites la présence simultanée du contenu du fichier et du dictionnaire, donc tu y gagnes. Maintenant je procéderais de cette manière un peu par réflexe, parce que les itérateurs sont au cœur du langage (l'idée principale étant de stocker le moins possible et de faire le maximum de chose au fur et à mesure. Ça n'est pas forcément en adéquation avec ce que l'on souhaite faire, mais tout est là pour pouvoir le faire.).

Du point de vue vitesse sur un gros fichier la lecture ligne par ligne donne de bien meilleurs résultats, sur des petits fichiers, la lecture en un bloc sera meilleure mais la différence avec une lecture ligne par ligne dans ce cas est faible (et se réduit à mesure que la taille du fichier grandit). Maintenant la question se pose si on doit traiter une multitude de petits fichiers. Donc pour avoir la meilleur des solutions tu dois tester toi même en fonction de tes fichiers à traiter.

[Jasmine80]

Merci beaucoup, je peux cliquer sur le bouton 'résolu'.