Discussion :

[iguanic]

Bonjour,

L’objectif de ma requête est de prendre les clefs d’un dico pour associé des valeurs d’un autre dico

Le format du dico1 est sous la forme
Dico1[seq] :{ Projet1 , Projet2 }
Soit par exemple :’ATG’ :{ ”ID1”: [1], “ID2”: [A]}
’ATT’ :{ ”ID1”: [2], “ID2”: []}
’ACG’ :{ ”ID1”: [], “ID2”: [B]}
’CCG’ :{ ”ID1”: [3], “ID2”: [X]}

J’ai un fichier issu d’un blast entre ses 2 projets et je souhaite obtenir un dictionnaire avec comme clef la séquence et comme valeur l’identifiant1, identifiant2 et le pourcentage d'homologie


Mon code se déroule

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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13
 
For seq in dico1.keys():
 
      For blast in Sortie_blast .readlines():
		Liste1=[blast.strip().split(“\t”)
		Projet2= Liste1[0]
		Projet1= Liste1[1]
		Pourcentage= Liste1[2]
 
	        If  Pourcentage==”100” :
		         Dicoblast[seq]={“ID1”: [Projet1], “ID2”: [Projet2],”Pourcentage” :[ Pourcentage]}
 
Print Dicoblast

Je n’obtiens que la dernière valeur
Soit ’CCG’ :{ ”ID1”: [3], “ID2”: [X], ],”Pourcentage” :[ 100.00]}
Alors que je devrais également avoir ’ATG’ :{ ”ID1”: [1], “ID2”: [A], ],”Pourcentage” :[ 100.00]}

Je pense que le problème vient du placement de la boucle for seq mais ou que je la mette, je n’obtiens pas le bon résultat.
Si quelqu’un à une piste
D’avance merci

[temabul]

Bonjour,
Il semble y avoir un problème d'indentation. Le deuxième for doit-être décalé.
Mais il me semble que ce n'est pas le seul problème: lg_blast = "95" : ?

[iguanic]

Exact, désolé, ça embrouille un peu plus
Le code indiqué est un copier coller d'une partie d'un script, j'ai voulu l'épurer et du coup, j'ai oublié d'enlever des choses (le lg_blast) et j'ai également oublié une indentation (sinon ça m'aurait mis un code erreur) et je n'ai pas remis l'initialisation du dico.
J'ai modifié le post.
Une piste du coup ?

[VinsS]

Salut,

J'ai du mal à croire que tu obtiens malgré tout un résultat avec ce code.

Il y a toujours des erreurs de syntaxe et de code.

Et en plus Python ne te retournera jamais quelque chose comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
”Pourcentage” :[ 100.00]}

Mais bon, si je pige quelque chose à ce que tu veux faire alors essaye comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# for avec minuscule !
for seq in dico1.keys():
    # for avec minuscule, pas d'espace entre blast et .readlines !
    for blast in Sortie_blast.readlines():
        # Un crochet inutile !
        items = blast.strip().split("\t")
        items[2] = float(items[2])
        # if avec minuscule !
        if items[2] == 100.0:
            Dicoblast[seq] = {"ID1": [items[0]], 
                              "ID2": [items[1]],
                              "Pourcentage": [items[2]]}
 
# print avec minuscule !
print Dicoblast

[iguanic]

J'ai fait un passage sous word entre mon script (qui est sous VM ) et le forum, d'où les transformations (majuscules à chaque début de ligne, guillemets...). A ça, on ajoute une mauvaise relecture de ma part pour un [.
Mon vrai script me donne un résultat mais pas celui attendu...
Après lecture et parsage du fichier blast, le 100.00 est considéré comme un str c'est pourquoi je l'ai laissé dans son format original avec les ""

Après test, ton script ne fonctionne pas. Cela me donne le même résultat que le mien à savoir un dictionnaire avec un élément unique (le dernier) alors que je devrais en avoir plusieurs