Discussion :

[Andromedae]

Bonjour à toutes et à tous,

Je viens demander un peu d'aide ici car depuis 2 jours je bloque sur l'execution de mon code concernant l'omportation d'une liste de fichiers.
Lorsque je procède de manière standard, avec un seul fichier, tout fonctionne parfaitement. Néanmoins, ayant 180 fichiers de données à traiter, j'aimerais automatiser la tâche. C'est-à-dire que le script importe le premier fichier, fasse tout ce qui est demandé, en ressort un fichier de sortie, puis passe au fichier suivant et ainsi de suite ..

Je possède un répertoire "Fields" comprenant mes fichiers au format .fits

Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/python
# coding: utf-8
 
from astropy.io import fits
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import os
 
indir = '/home/valentin/Desktop/Fields'
 
for root, dirs, filenames in os.walk(indir) :
 
    for f in filenames :
 
        reading = fits.open(filenames)          # Ouverture du fichier à l'aide d'astropy
 
        tbdata = filenames[1].data               # Lecture des données fits
 
 
        #######################################################
        # Application du tri en fonction de divers paramètres #
        #######################################################
 
    mask1 = tbdata['CHI'] < 1.0                                  # Création d'un masque pour la condition CHI
    tbdata_temp1 = tbdata[mask1]
 
    mask2 = tbdata_temp1['PROB'] > 0.01                          # Création d'un second masque sur la condition PROB
    tbdata_temp2 = tbdata_temp1[mask2]
 
    mask3 = tbdata_temp2['SHARP'] > -0.4                         # Création d'un 3e masque sur la condition SHARP (1/2)
    tbdata_temp3 = tbdata_temp2[mask3]
 
    mask4 = tbdata_temp3['SHARP'] < 0.1                          # Création d'un 4e masque sur la condition SHARP (2/2)
    tbdata_final = tbdata_temp3[mask4]
 
    print tbdata_final                                       # Affichage de la table après toutes les conditions
 
 
    hdu = fits.BinTableHDU(data=tbdata_final)
    hdu.writeto('{}_{}'.format(filename, 'traité'))                      # Ecriture du résultat obtenu dans un nouveau fichier fits
 
 
        #################################################
        # Détermination des valeurs extremales du champ #
        #################################################
 
    RA_max = np.max(tbdata['RA'])
    RA_min = np.min(tbdata['RA'])
    print "RA_max vaut :     " + str(RA_max)
    print "RA_min vaut :     " + str(RA_min)
 
    DEC_max = np.max(tbdata['DEC'])
    DEC_min = np.min(tbdata['DEC'])
    print "DEC_max vaut :   " + str(DEC_max)
    print "DEC_min vaut :   " + str(DEC_min)
 
        #########################################
        # Calcul de la valeur centrale du champ #
        #########################################
 
    RA_central = (RA_max + RA_min)/2.
    DEC_central = (DEC_max + DEC_min)/2.
 
    print "RA_central vaut : " + str(RA_central)
    print "DEC_central vaut : " + str(DEC_central)
 
        #######################################
        # Traçage diagramme Couleur-Magnitude #
        #######################################
 
 
    plt.plot(tbdata_final['G'] - tbdata_final['R'], tbdata_final['G'], '.')
    plt.title('Diagramme Couleur-Magnitude')
    plt.xlabel('(g-r)')
    plt.ylabel('g')
    plt.xlim(-2,2)
    plt.ylim(15,26)
    plt.gca().invert_yaxis()
    plt.show()
 
    #reading.close()

Je n'arrive pas à faire la liaison entre la première partie concernant l'importation des fichiers, et le code en lui-même :/

[wiztricks]

Salut,

C'est-à-dire que le script importe le premier fichier, fasse tout ce qui est demandé, en ressort un fichier de sortie, puis passe au fichier suivant et ainsi de suite ..

Vous pouvez commencer par écrire une fonction "traitement_fichier" qui recevra fichier ou contenu en paramètre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def  traitement_fichier(tbdata):
       ... le traitement...

Puis faire une boucle qui récupérera le fichier suivant à traiter pour le passer à la fonction:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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indir = '/home/valentin/Desktop/Fields'
for root, dirs, filenames in os.walk(indir) :
    for f in filenames :
        reading = fits.open(filenames)          # Ouverture du fichier à l'aide d'astropy
        tbdata = filenames[1].data               # Lecture des données fits
        traitement_fichier(tbdata)

- W

[Andromedae]

Je te remercie pour ta réponse wiztricks.
Je viens seulement de la voir, et entre temps, j'ai codé ceci qui fonctionne plutôt bien pour le moment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/python
# coding: utf-8
 
from astropy.io import fits
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
 
 
            #########################################
            # Fichier contenant la liste des champs #
            #########################################
 
 
with open("liste_champs.txt", "r") as f :
 
    fichier_entier = f.read()
    files = fichier_entier.split("\n")
 
for fichier in files :
 
    with open(fichier, 'r') :
 
        reading = fits.open(fichier)          # Ouverture du fichier à l'aide d'astropy
 
        tbdata = reading[1].data               # Lecture des données fits
 
 
        #######################################################
            # Application du tri en fonction de divers paramètres #
            #######################################################
 
        mask1 = tbdata['CHI'] < 1.0      # Création d'un masque pour la condition CHI
        tbdata_temp1 = tbdata[mask1]
 
        print "Tri effectué sur CHI"
 
        mask2 = tbdata_temp1['PROB'] > 0.01  # Création d'un second masque sur la condition PROB
        tbdata_temp2 = tbdata_temp1[mask2]
 
        print "Tri effectué sur PROB"
 
        mask3 = tbdata_temp2['SHARP'] > -0.4     # Création d'un 3e masque sur la condition SHARP (1/2)
        tbdata_temp3 = tbdata_temp2[mask3]
 
        mask4 = tbdata_temp3['SHARP'] < 0.1  # Création d'un 4e masque sur la condition SHARP (2/2)
        tbdata_final = tbdata_temp3[mask4]
 
        print "Création de la nouvelle table finale"
    #print tbdata_final         # Affichage de la table après toutes les conditions
 
        fig = plt.figure()
        plt.plot(tbdata_final['G'] - tbdata_final['R'], tbdata_final['G'], '.')
        plt.title('Diagramme Couleur-Magnitude')
        plt.xlabel('(g-r)')
        plt.ylabel('g')
        plt.xlim(-2,2)
        plt.ylim(15,26)
        plt.gca().invert_yaxis()
        fig.savefig("graph du fichier en cours")
 
        print "Création du Diagramme"
 
        hdu = fits.BinTableHDU(data=tbdata_final)
        hdu.writeto('{}_{}'.format(fichier, 'traité'))      # Ecriture du résultat obtenu dans un nouveau fichier fits
 
        print "Ecriture du nouveau fichier traité"
 
            #################################################
            # Détermination des valeurs extremales du champ #
            #################################################
 
    RA_max = np.max(tbdata['RA'])
    RA_min = np.min(tbdata['RA'])
    print "RA_max vaut :     " + str(RA_max)
    print "RA_min vaut :     " + str(RA_min)
 
    DEC_max = np.max(tbdata['DEC'])
    DEC_min = np.min(tbdata['DEC'])
    print "DEC_max vaut :   " + str(DEC_max)
    print "DEC_min vaut :   " + str(DEC_min)
 
            #########################################
            # Calcul de la valeur centrale du champ #
            #########################################
 
    RA_central = (RA_max + RA_min)/2.
    DEC_central = (DEC_max + DEC_min)/2.
 
    print "RA_central vaut : " + str(RA_central)
    print "DEC_central vaut : " + str(DEC_central)

Peut-être y verrais tu quelques améliorations ?

EDIT : j'aurais quand même une question, comment puis-je faire pour que le nom du graphique sauvegardé corresponde au nom du fichier qui est en cours de traitement ?

[wiztricks]

Salut,

EDIT : j'aurais quand même une question, comment puis-je faire pour que le nom du graphique sauvegardé corresponde au nom du fichier qui est en cours de traitement ?

Si vous avez compris le code que vous avez posté, tout est dans les lignes 61 et 66.

- W

[Andromedae]

Bien sûr que je l'ai compris (écrire un code que l'on ne comprend pas c'est pas mon but), je pensais reprendre la commande ligne 66, j'avais fait quelques essais mais sans réussite

[Andromedae]

Bon, j'ai tenté plusieurs choses mais toujours en me basant sur une syntaxe assez proche de ce que j'ai écrit avec ma commande hdu.writeto qui me permettait de créer un nouveau .fits à partir du "format" et "filename" du fits qui était en cours de lecture.

Néanmoins, j'ai l'impression que la syntaxe que je dois écrire dans plt.savefig() diffère.
Si j'écris :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

plt.savefig('graph.png')

je vais voir mon graph résultant enregistré sous la dénomination que j'ai donné.

J'imagine que le résultat escompté reprend '{}_{}' permettant d'avoir le nom du fichier en cours de lecture. Mais je ne parviens pas à ce qu'il corresponde indépendemment à chaque fichier.

[wiztricks]

Salut,

Bon, j'ai tenté plusieurs choses mais toujours en me basant sur une syntaxe assez proche de ce que j'ai écrit avec ma commande hdu.writeto qui me permettait de créer un nouveau .fits à partir du "format" et "filename" du fits qui était en cours de lecture.

Avant de tenter quoi que ce soit, il faut arriver à comprendre ce que vous faites.
Construire un nom de fichier, c'est fabriquer une nouvelle chaîne de caractères à partir d'autres variables.

Revoir les chaines de caractères et "format" dans votre tutoriel Python préféré...
Écrire un petit bout de code où vous construisez des chaines de caractères utilisables comme nom de fichier pour plt.savefig à partir de votre liste de noms de fichiers (et après avoir lu la documentation de plt.savefig pour voir ce que çà attend).

- W