Bonjour à tous,

Je dois actuellement reprendre un script qui permet, dans un premier temps, de rasteriser des polygones et d’extraire des pixels. Pour cela des fonctions ont été créees pour contourner la lenteur des temps de traitements des fonctions incluent dans les packages.

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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library(sp)
library(rgdal)
library(raster) ; rasterOptions(tmpdir = 'D://TEMP')
library(data.table)
library(colorspace)  # HLS
library(rgl)
library(png)
library(sm)  # Density
library(FactoMineR)  # ACP
library(MASS)
library(cluster)
 
library(tree)
library(randomForest)
library(e1071)  # SVM
 
library(caret)
library(leaps)
 
 
rasterize.gdal <- function(x, rast, attr) {
  grid.extent <- extent(rast)
  resolution  <- res(rast)
 
  command.base       <- "gdal_rasterize -ot Byte -a_nodata 255"
  command.attr       <- paste("-a", attr)
  command.extent     <- paste("-te", grid.extent@xmin, grid.extent@ymin, grid.extent@xmax, grid.extent@ymax)
  command.resolution <- paste("-tr", res(rast)[1], res(rast)[2])
  command.src        <- x
  command.dst        <- paste(x, ".tif", sep = "")
 
  command <- paste(command.base, command.attr, command.extent, command.resolution, command.src, command.dst)
  system(command)
 
  raster(command.dst)
}
 
 
extract.pixels <- function(x, repository) {
  file.name     <- basename(x)
 
  # Build search pattern from shapefile name
  layername     <- sub("\\.[^.]+$", "", file.name)
  file.basename <- sub(".CLASS.+$", "-TOA", file.name)
  file.pattern  <- paste(file.basename, ".*\\.TIF$", sep = "")
 
  # Look for matching rasters
  file.images   <- list.files(repository, full.names = T, recursive = T, pattern = file.pattern) ; print(file.images)
 
  # Shapefile class attribute name
  classes.attr  <- "class_code"
 
 
  # Load rasters
 # beginCluster()
  layers         <- stack(file.images)
 
  classes.vector <- readOGR(f, layername)
  classes.raster <- rasterize(f, layers, classes.attr) # Affecte la classe à chaque pixel
 
  # Shorten variable names
  names(layers) <- sub(gsub("-", ".", file.basename), "", names(layers))
  names(layers) <- sub("^.",  "",   names(layers))
  names(layers) <- sub("\\.", "_",  names(layers))
 
  names(layers) <- sub("^S_", "s", names(layers))
  names(layers) <- sub("^W_", "w", names(layers))
  names(layers) <- sub("^V_", "v", names(layers))
  names(layers) <- sub("^T_", "t", names(layers))
 
  names(layers) <- sub("HLS_1", "H", names(layers))
  names(layers) <- sub("HLS_2", "L", names(layers))
  names(layers) <- sub("HLS_3", "S", names(layers))
 
  names(layers) <-  sub("^X[^0-9]", "X", names(layers)) #; print(names(layers))
 
  # Scale reflectance to [0, 1]
  layers[["X1"]] <- layers[["X1"]]/1000.0
  layers[["X2"]] <- layers[["X2"]]/1000.0
  layers[["X3"]] <- layers[["X3"]]/1000.0
  layers[["X4"]] <- layers[["X4"]]/1000.0 #; print("Scaled reflectance.")
 
 
  # Pixel centers
  point <- rasterToPoints(classes.raster, spatial = TRUE, progress = "text") #; print("Computed pixel centers.")
  names(point@data)[[1]] <- classes.attr
 
  # Load class pixel variable values as point attributes
  print("Extracting variable values...")
  point <- extract(layers, point, sp = TRUE, progress = "text")
 # endCluster()
  print("Done.")
  rm(layers)
 
  # Retrieve attribute table as a dataframe
  point.data <- point@data ; print(paste("Exported dataframe. Length:", nrow(point.data)))
  return(point.data)
}
 
repo    <- "/SEAS/02-Images"  # Répertoire
pattern <- "-CLASS-RD\\.shp$"  # R&D
files <- list.files(repo, full.names = T, recursive = T, pattern = pattern) ; print(files) #, ignore.case = T) # files <- rev(files)
rm(pattern)
 
rm(dataset)
for (f in files) {
  print(f)
 
  if (exists("dataset")){  #print("Extracting new data...")
    dataset.new <- extract.pixels(f, repo)  #; print("Extracted new data.")
    dataset.new <- cbind(dataset.new, basename(f)) ; print(colnames(dataset)) ; print(colnames(dataset.new))
    dataset     <- rbind(dataset, dataset.new)  #; print("Appending new data.")
    rm(dataset.new)  #; print("Removing temp new data.")
  } else {  #print("Creating data...")
    dataset     <- extract.pixels(f, repo)  #; print("Created data.")
    dataset     <- cbind(dataset, basename(f))
  }
}
Tous les fichiers sont bien retrouvés dans le dossier. Toutefois, j'ai ceci comme erreur :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘rasterize’ for signature ‘"character", "RasterStack"’
Pourriez-vous m'aider à comprendre ce qui engendre ce genre d'erreur ? Je suis novice et je ne comprends pas ce qui cloche. De plus, si je souhaite continuer le script, "dataset" n'est pas reconnue après cette partie de script, pourquoi?

Je vous remercie d'avance pour votre aide,

Sarah