Discussion :

[mathieu_r]

Bonjour,

j'ai un script R qui fait appel à des fonctions que j'ai écrites dans un fichier séparé.

Ce script affiche l'état d'avancement des opérations grâce à des cat.

Dans le script principal appelé main.R, les accents s'affichent bien. Par exemple, quand on écrit la ligne suivante en Unicode pour "définition des variables" :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cat("d\U00E9sfinition des variables")

On obtient bien

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

définition des variables

Par contre, dans main.R, j'ai une ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

source("functions.R")

Si j'écris la même chose dans le fichier functions.R, j'ai un problème d'accents:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dÚfinition des variables

Il est possible que main.R et functions.R n'aient pas le même encodage.
Etant donné que main.R affiche bien les accents, j'aimerais connaître l'encodage du fichier, mais comment le trouver sachant que j'utilise RStudio ?

Bref, je ne sais d'où ça vient..

En vous remerciant par avance de vos réponses,

Mathieu

[juliatheric]

Bonjour,
il y a quelques mois, vous aviez posé la même question, désolé de vous refaire la même chose : qu'indique les sorties de l'instruction suivante ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sessionInfo()$locale

[mathieu_r]

Bonjour,

Tout d'abord, je vous prie de m'excuser. Je dois perdre un peu la mémoire, n'ayant pas eu le souvenir d'avoir posté ce sujet il y a quelques mois

Je viens d'avancer dans mon problème mais ne suis pas parvenu malgré tout à le résoudre.

Voici ce que donne sessionInfo()

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> sessionInfo()$locale
[1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"

En fait, j'ai remarqué que le chargement de certains paquets provoquait ce problème d'encodage. C'est le cas d'un paquet appelé RStoolbox et d'igraph

Si, dans mon main.R, j'écris les lignes ci-dessous et si je les exécute via Rscript :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cat("first \U00E9 \n")
cat("--before--\n")
cat(paste("encoding = ", getOption("encoding"), "\n"))
cat(paste("locale = ", Sys.getlocale(), "\n"))
require("RStoolbox")
cat("\n")
cat("--after--\n")
cat(paste("encoding = ", getOption("encoding"),"\n"))
cat(paste("locale = ", Sys.getlocale(), "\n"))
cat(" second \U00E9")

J'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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first é
--before--
encoding =  native.enc
locale =  LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=
French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
Le chargement a nécessité le package : RStoolbox
Message d'avis :
le package 'RStoolbox' a ÚtÚ compilÚ avec la version R 3.1.3
 
--after--
encoding =  native.enc
locale =  LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=
French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
 second Ú

A noter que si j'exécute tout ça sans Rscript, il n'y a pas d'erreur.

Ce qui est perturbant, c'est que rien ne change niveau encodage, comme les instructions cat() le démontrent. Par contre, le caractère n'est plus reconnu à la fin. Quelque chose change, mais je ne sais quoi..

[juliatheric]

Je n'ai pas assez d'éléments pour donner une réponse satisfaisante ; je vais donc vous redemander d'autres sorties, celles de ces instructions :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sessionInfo()
 
Sys.getlocale("LC_MESSAGES")
 
cat("--before--\n")
cat(paste0("encoding = ", getOption("encoding"), "\n"), sep = "")
cat(paste0("locale = ", Sys.getlocale(), "\n"), sep = "")
l10n_info()
cat("first \U00E9 \n")
require("RStoolbox")
cat("\n")
cat("--after--\n")
cat(paste0("encoding = ", getOption("encoding"),"\n"), sep = "")
cat(paste0("locale = ", Sys.getlocale(), "\n"), sep = "")
l10n_info()
cat(" second \U00E9")

P.S. Peut-être que je me méprends, il me semble toujours que ce message était le vôtre. Mais qu'à cela ne tienne, essayons de résoudre(message modifié ici) corriger l'erreur cette fois-ci.

[mathieu_r]

Bonjour,

je vous prie de m'excuse de répondre aussi tardivement

J'ai donc mis le code dans un fichier appelé test_accent.R

Puis j'ai lancé la commande

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Rscript test_accent.R

: en effet, le problème n'apparaît que lors de l'exécution du code en mode batch et non depuis RStudio

Voici ce que j'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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rscript test_accent.R
--before--
encoding = native.enc
locale = LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=F
rench_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
$MBCS
[1] FALSE
 
$`UTF-8`
[1] FALSE
 
$`Latin-1`
[1] TRUE
 
$codepage
[1] 1252
 
first é
Le chargement a nécessité le package : RStoolbox
Message d'avis :
le package 'RStoolbox' a ÚtÚ compilÚ avec la version R 3.1.3
 
--after--
encoding = native.enc
locale = LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=F
rench_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
$MBCS
[1] FALSE
 
$`UTF-8`
[1] FALSE

$`Latin-1`
[1] TRUE

$codepage
[1] 1252

[juliatheric]

Bonjour,
Il y a maintenant des indications assez précises que les paramètres régionaux du système d'exploitation (ou de l'interpréteur des commandes) diffèrent de ceux de R. C'est d'ailleurs la piste qui était donnée dans la première réponse à l'ancienne discussion.
Comme vous aviez lancé un script, toutes les sorties attendues n'ont pas été générées, il fallait ajouter explicitement des instructions d'affichage. Allons-y alors pour un autre tour : pouvez-vous relancer Rscript test_accent.R et donner les sorties, test_accent.R contenant le code ci-bas ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cat("\n--before--\n\n")
cat("LC_MESSAGES:\n", Sys.getlocale("LC_MESSAGES"), "\n\n", sep = "")
cat("encoding:\n", getOption("encoding"), "\n\n", sep = "")
cat("locale:\n", Sys.getlocale(), "\n\nl10n_info:\n", sep = "")
str(l10n_info())
cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
str(sessionInfo())
 
require("RStoolbox")
 
 
cat("\n\n\n--after--\n\n")
cat("LC_MESSAGES:\n", Sys.getlocale("LC_MESSAGES"), "\n\n", sep = "")
cat("encoding:\n", getOption("encoding"), "\n\n", sep = "")
cat("locale:\n", Sys.getlocale(), "\n\nl10n_info:\n", sep = "")
str(l10n_info())
cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
str(sessionInfo())

P.S. Les sorties seront un peu abondantes, les laisser en l'état, il n'y a pas de souci.
P.P.S. Pas de souci pour le temps que ça vous prend pour répondre, il n'y a pas d'urgence me concernant.