Discussion :

[maxff9]

Bonjour à tous. Je suis étudiant en chimie et je réalise quelques simulations de dynamique moléculaire. Pour cela, je dois utiliser un script que voici :

Nom du script : Production
Compatible avec : Bash (enfin je crois, je lance les script.sh via la commande sbatch script.sh)
Descriptif : permet de lancer une production et de la continuer jusqu'à 10x maximum
Message d'erreur : Unexpected end of line (il m'indique la ligne 15 juste après le "end" où il n'y a rien...)

Code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
set cnt    = 1
set cntmax = 10
 
while ( ${cnt} <= ${cntmax} )
	if ( ${cnt} == 1 ) then
		gmx grompp -f input
	else
		@ pcnt = ${cnt} - 1
		gmx convert-tpr -s input
	endif
	@ cnt += 1
end

Pourriez-vous m'indiquer quelle est l'erreur ? J'ai d'abord cru qu'une des balises n'était pas fermée mais je ne vois pas laquelle pourrait être dans ce cas...

Merci d'avance pour votre aide !
Max

[frp31]

Bonjour à tous. Je suis étudiant en chimie et je réalise quelques simulations de dynamique moléculaire. Pour cela, je dois utiliser un script que voici :

Nom du script : Production
Compatible avec : Bash (enfin je crois, je lance les script.sh via la commande sbatch script.sh)
Descriptif : permet de lancer une production et de la continuer jusqu'à 10x maximum
Message d'erreur : Unexpected end of line (il m'indique la ligne 15 juste après le "end" où il n'y a rien...)

Code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

#!/bin/bash

donc c'est bash

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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set cnt    = 1
set cntmax = 10
 
while ( ${cnt} <= ${cntmax} )
	if ( ${cnt} == 1 ) then
		gmx grompp -f input
	else
		@ pcnt = ${cnt} - 1
		gmx convert-tpr -s input
	endif
	@ cnt += 1
end

Pourriez-vous m'indiquer quelle est l'erreur ? J'ai d'abord cru qu'une des balises n'était pas fermée mais je ne vois pas laquelle pourrait être dans ce cas...

Merci d'avance pour votre aide !
Max

mais le contenu du code n'en n'est pas donc ca marchera jamais sans faire quelques modifications






en bash ça ressemblerai à ça (en retirant les "echo" bien sur...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
cnt=1
cntmax=10
 
while [ ${cnt} -ne ${cntmax} ]
do
        if [ ${cnt} -gt  1 ] ; then
                echo gmx grompp -f input
        else
                echo pcnt=$((  ${cnt} - 1 ))
                echo gmx convert-tpr -s input
        fi
        cnt=$(( ${cnt} + 1 ))
        echo cnt=$cnt
done

demonstration :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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francois@baal:~$ ./toto
pcnt=0
gmx convert-tpr -s input
cnt=2
gmx grompp -f input
cnt=3
gmx grompp -f input
cnt=4
gmx grompp -f input
cnt=5
gmx grompp -f input
cnt=6
gmx grompp -f input
cnt=7
gmx grompp -f input
cnt=8
gmx grompp -f input
cnt=9
gmx grompp -f input
cnt=10
francois@baal:~

=======================================

donc soit c'est un code qui marche en sbatch mais alors tu lance bash pour l'interpreter donc ca merde... (donc supprimer la ligne #...bash )
soit tu dois le lancer seul sans sbatch mais il faut que le shell corresponde au code a traiter....

[maxff9]

D'accord, je comprends mieux. En fait j'étais borné à penser que ça marcherait directement en bash alors que c'en était même pas...
Si j'utilise le code suivant que tu m'as donné, ça marchera correctement alors ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
cnt=1
cntmax=10
 
while [ ${cnt} -ne ${cntmax} ]
do
        if [ ${cnt} -gt  1 ] ; then
                echo gmx grompp -f input
        else
                echo pcnt=$((  ${cnt} - 1 ))
                echo gmx convert-tpr -s input
        fi
        cnt=$(( ${cnt} + 1 ))
        echo cnt=$cnt
done

Merci beaucoup pour ta réponse.

[frp31]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
cnt=1
cntmax=10
 
while [ ${cnt} -ne ${cntmax} ]
do
        if [ ${cnt} -gt  1 ] ; then
                gmx grompp -f input
        else
                pcnt=$((  ${cnt} - 1 ))
                gmx convert-tpr -s input
        fi
        cnt=$(( ${cnt} + 1 ))
 
done

en virant les echo et si necessaire en donnant le chemin absolu de la commande gmx

[jack-ft]

donc c'est bash

qui est demandé

mais le contenu du code n'en n'est pas donc ca marchera jamais sans faire quelques modifications

Àmha, la modification la plus petite serait de remplacer "ba" par "c" dans la première ligne!

C'est-à-dire remplacer #!/bin/bash par #!/bin/csh car ça ressemble beaucoup à du csh (mais mes souvenirs peuvent me trahir!).