Discussion :

[pontarose]

J'ai une séquence au format fasta
>chr1
ATANTATACCGANNN

Je souhaite substituer la lettre N par rien et ensuite obtenir obtenir le nombre de lettre de la 2ième ligne,mais je bloque
Si quelqu'un peux m'aider!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
for i
do
	echo $i
        len=$(echo $i | sed 's/N//g' | awk "NR \"% 2\" == 1"   #calculer taille séquence après avoir enlevé le N (i.e 11)
        nomseq=                                                               #récupérer le nom de la séquence (i.e chr1)
        echo length:$len
        cnt=$(echo $i | grep -oh 'C\|G\|g\|c' |awk "NR \"% 2\" == 1 ) #calcul le nombre G et C (i.e 3)
        gc=$(awk "BEGIN {printf \"%.2f\",${cnt}/${len}}")
        echo -e $nomseq"\t$gc
done

Résultat attendu
chr1 0.27

[Flodelarab]

Bonjour

Je souhaite substituer la lettre N par rien et ensuite obtenir obtenir le nombre de lettre de la 2ième ligne,mais je bloque

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
$ echo -n 'ATANTATACCGANNN' |sed 's/N//g' |wc -c
11

[N_BaH]

Bonjour,

et encore, vu qu'on est en bash :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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4
$ var=ATANTATACCGANNN
$ var2=${var//N/}
$ echo ${#var2}
11

le script est très bizarre, limite pas logique/rationnel
de toute façon, il y a beaucoup trop de commandes externes !

[pontarose]

Bonjour,

MERCI Flodelarab et N_BaH de vos réponses.
Flodelarab le résultat me donne 17 et non 11! J'avais testé en effectuant len=$(echo $i | sed 's/N//g' | tr -d '\n' | wc -c) et j'obtiens toujours 17
N_BaH cela ne fonctionne pas j'obtiens commande introuvable, même en changeant la substitution que tu as faite. Je vais peut être essayer de faire le script en pyton, mais sur le fond je vois pas comment le penser autrement!

MERCI

[N_BaH]

la première ligne, qui commence par >, peut contenir des espaces, une boucle for n'est donc pas adaptée, et puis je doute de la pertinence de passer une séquence fasta en argument à un script. Ça fait partie de l'énoncé ?
la/es ligne(s) suivante(s) décrivent une seule séquence, et doivent être contenues dans une seule variable.

[Flodelarab]

+1 pour la première réponse de N_BaH. Ce script est bizarre, hétérogène et avec un but flou.

Flodelarab le résultat me donne 17 et non 11! J'avais testé en effectuant len=$(echo $i | sed 's/N//g' | tr -d '\n' | wc -c) et j'obtiens toujours 17

Probablement car tu comptes des caractères invisibles.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

echo -n "$i" | sed 's/N//g' | tr -d '\n\t \r' | wc -c