J'ai une séquence au format fasta
>chr1
ATANTATACCGANNN

Je souhaite substituer la lettre N par rien et ensuite obtenir obtenir le nombre de lettre de la 2ième ligne,mais je bloque
Si quelqu'un peux m'aider!



Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#!/bin/bash
for i
do
	echo $i
        len=$(echo $i | sed 's/N//g' | awk "NR \"% 2\" == 1"   #calculer taille séquence après avoir enlevé le N (i.e 11)
        nomseq=                                                               #récupérer le nom de la séquence (i.e chr1)
        echo length:$len
        cnt=$(echo $i | grep -oh 'C\|G\|g\|c' |awk "NR \"% 2\" == 1 ) #calcul le nombre G et C (i.e 3)
        gc=$(awk "BEGIN {printf \"%.2f\",${cnt}/${len}}")
        echo -e $nomseq"\t$gc
done
Résultat attendu
chr1 0.27