Discussion :

[dgxn88]

Bonjour à tous,

J'ai des scans de plaques de 12 puits dans lesquels sont des larves de poissons. Il y a a chaque fois 3 plaques par scan, qui sont toujours positionées exactement au même endroit. J'aimerais pouvoir sélectionner 36 Rois par scans, les enregistrer dans un dossier en .jpeg, afin que je puisse ensuite lancer un Batch processing qui analyze les particules et me donne leur taille (la taille des larves donc).

Pour l'instant, j'ai réussi à écrire la macro qui me séléctionne et renomme tous les ROIs. En fouillant sur le net, j'ai aussi trouvé comment enregistré les ROIs en .jpeg. Malheureusement, ce dernier bout de code m'oblige à cliquer 2 fois pour chaque enregistrement (pour valider le nom de fichier et valider le chemin). Moi j'aimerais que le nom de fichier utilisé pour le .jpg du roi soit justement le nom du ROI (ex. 1-C4), et que le chemin soit toujours le même. Je pourrais ainsi m'épargner de nombreux clics, sachant que le nombre de ces chers poissons est de 90'000 environs.

Voici le code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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roiManager("reset")
 
// this select ROI of the top plate
 
makeOval(1520, 80, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 80, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 80, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 80, 560, 560)
roiManager("Add")
 
makeOval(1520, 690, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 690, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 690, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 690, 560, 560)
roiManager("Add")
 
makeOval(1520, 1300, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 1300, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 1300, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 1300, 560, 560)
roiManager("Add")
 
//this select ROI in the middle plate
 
makeOval(1520, 2100, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 2100, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 2100, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 2100, 560, 560)
roiManager("Add")
 
makeOval(1520, 2710, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 2710, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 2710, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 2710, 560, 560)
roiManager("Add")
 
makeOval(1520, 3320, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 3320, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 3320, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 3320, 560, 560)
roiManager("Add")
 
//this select ROI of the bottom plate
 
makeOval(1520, 4120, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 4120, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 4120, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 4120, 560, 560)
roiManager("Add")
 
makeOval(1520, 4730, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 4730, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 4730, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 4730, 560, 560)
roiManager("Add")
 
makeOval(1520, 5340, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2130, 5340, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(2740, 5340, 560, 560)
roiManager("Add")
makeOval(3350, 5340, 560, 560)
roiManager("Add")
 
//this will rename the ROIs with the well IDs
 
roiManager("Select", 0)
roiManager("Rename", "1-A4")
roiManager("Select", 1)
roiManager("Rename", "1-A3")
roiManager("Select", 2)
roiManager("Rename", "1-A2")
roiManager("Select", 3)
roiManager("Rename", "1-A1")
roiManager("Select", 4)
roiManager("Rename", "1-B4")
roiManager("Select", 5)
roiManager("Rename", "1-B3")
roiManager("Select", 6)
roiManager("Rename", "1-B2")
roiManager("Select", 7)
roiManager("Rename", "1-B1")
roiManager("Select", 8)
roiManager("Rename", "1-C4")
roiManager("Select", 9)
roiManager("Rename", "1-C3")
roiManager("Select", 10)
roiManager("Rename", "1-C2")
roiManager("Select", 11)
roiManager("Rename", "1-C1")
 
roiManager("Select", 12)
roiManager("Rename", "2-A4")
roiManager("Select", 13)
roiManager("Rename", "2-A3")
roiManager("Select", 14)
roiManager("Rename", "2-A2")
roiManager("Select", 15)
roiManager("Rename", "2-A1")
roiManager("Select", 16)
roiManager("Rename", "2-B4")
roiManager("Select", 17)
roiManager("Rename", "2-B3")
roiManager("Select", 18)
roiManager("Rename", "2-B2")
roiManager("Select", 19)
roiManager("Rename", "2-B1")
roiManager("Select", 20)
roiManager("Rename", "2-C4")
roiManager("Select", 21)
roiManager("Rename", "2-C3")
roiManager("Select", 22)
roiManager("Rename", "2-C2")
roiManager("Select", 23)
roiManager("Rename", "2-C1")
 
roiManager("Select", 24)
roiManager("Rename", "3-A4")
roiManager("Select", 25)
roiManager("Rename", "3-A3")
roiManager("Select", 26)
roiManager("Rename", "3-A2")
roiManager("Select", 27)
roiManager("Rename", "3-A1")
roiManager("Select", 28)
roiManager("Rename", "3-B4")
roiManager("Select", 29)
roiManager("Rename", "3-B3")
roiManager("Select", 30)
roiManager("Rename", "3-B2")
roiManager("Select", 31)
roiManager("Rename", "3-B1")
roiManager("Select", 32)
roiManager("Rename", "3-C4")
roiManager("Select", 33)
roiManager("Rename", "3-C3")
roiManager("Select", 34)
roiManager("Rename", "3-C2")
roiManager("Select", 35)
roiManager("Rename", "3-C1")
 
//this will save the ROIs as .jpeg
 
n = roiManager("count"); 
 for (i=0; i<n; i++) { 
        roiManager("select", i); 
        run("Duplicate..."); 
        saveAs("Jpeg"); 
        close(); 
  }

C'est surtout la dernière partie qui est importante.

Je pense que l'astuce est assez simple, mais je m'y connais pas encore trop en prog.

Merci

[Tchoukatroc]

Bonjour,

J'ai un peu retravaillé ton code, tu peux essayer

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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roiManager("reset")
 
dir = getDirectory("Choose a Directory");
 
// this select ROI of the top plate
arrayX = newArray(1520, 2130, 2740, 3350);
arrayY = newArray(80, 690, 1300, 2100, 2710, 3320, 4120, 4730, 5340);
arrayName = newArray("1-A4","1-A3", "1-A2", "1-A1", "1-B4", "1-B3", "1-B2", "1-B1",
"1-C4", "1-C3", "1-C2", "1-C1", "2-A4", "2-A3", "2-A2", "2-A1",
"2-B4", "2-B3", "2-B2", "2-B1", "2-C4", "2-C3", "2-C2", "2-C1",
"3-A4", "3-A3", "3-A2", "3-A1", "3-B4", "3-B3", "3-B2", "3-B1",
"3-C4", "3-C3", "3-C2", "3-C1");
 
setBatchMode(true);
index =0;
for(y=0; y<lengthOf(arrayY); y++){
	for(x=0; x<lengthOf(arrayX); x++){
		makeOval(arrayX[x], arrayY[y], 560, 560);
		roiManager("Add");
		roiManager("Select", index);
		roiManager("Rename", arrayName[index]);
		run("Duplicate...", "title=none duplicate");
                save(dir + arrayName[index]+".jpg"); 
                close();
		index++;
	}
}
setBatchMode("exit and display");

Lance la macro, choisis le dossier dans lequel seront sauvées tes images et ça devrait marcher.
Je ne sais pas si ton code fonctionnait, mais il y a plein de lignes qui ne finissent pas par un point-virgule, ça peut poser des problèmes
Je te conseil aussi d'apprendre à te servir des tableaux (array), c'est très utile et ça réduit énormément la taille de ton code, n'hésite pas à demander si tu as besoin d'aide

[dgxn88]

Merci mille fois! C'est juste parfait! Exactement ce que je voulais

J'imagine donc que ça serait même possible de faire la même chose mais automatisé pour tous les scans (j'ai souvent entre 2-15 scans par jour, sur 3 mois). C.à.d. que la macro créerait automatiquement un dossier dans lequel elle sauve les ROIs et nommerait ce dossier au nom du scan (donc de l'image originale); ça m'éviterais de le faire manuellement pour chaque scans (bon je viens déjà d'économiser 20ans de boulot!) C'est possible ça?

Sinon est-ce que tu connais un bon bouquin sur ImageJ? Par pour l'instant je fais surtout de l'apprentissage par problème et ignore des trucs ultra pratique (genre la fonction array )

Merci encore!!!

[dgxn88]

Re!

Voilà tout marche bien pour ton code, mais j'ai un problème avec la suite.

J'ai trouvé les étapes à suivre pour isoler et mesure le sac vitellin. ça correspond à ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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run("Window/Level...");
setMinAndMax(29, 103);
run("Apply LUT");
run("Smooth");
run("Color Threshold...");
// Color Thresholder 2.0.0-rc-30/1.49v
// Autogenerated macro, single images only!
min=newArray(3);
max=newArray(3);
filter=newArray(3);
a=getTitle();
run("HSB Stack");
run("Convert Stack to Images");
selectWindow("Hue");
rename("0");
selectWindow("Saturation");
rename("1");
selectWindow("Brightness");
rename("2");
min[0]=0;
max[0]=50;
filter[0]="pass";
min[1]=157;
max[1]=255;
filter[1]="pass";
min[2]=74;
max[2]=255;
filter[2]="pass";
for (i=0;i<3;i++){
  selectWindow(""+i);
  setThreshold(min[i], max[i]);
  run("Convert to Mask");
  if (filter[i]=="stop")  run("Invert");
}
imageCalculator("AND create", "0","1");
imageCalculator("AND create", "Result of 0","2");
for (i=0;i<3;i++){
  selectWindow(""+i);
  close();
}
selectWindow("Result of 0");
close();
selectWindow("Result of Result of 0");
rename(a);
// Colour Thresholding-------------
setAutoThreshold("Default dark");
setThreshold(255, 255);
//setThreshold(255, 255);
run("Convert to Mask");
run("Fill Holes");
run("Watershed");
run("Set Scale...", "distance=1185 known=50 unit=mm");
run("Analyze Particles...", "size=8-40 circularity=0.10-1.00 show=Masks summarize");
selectWindow("W&L")
run("Close")
selectWindow("Threshold Color")
run("Close")

Malheureusement, quand je tente de répéter ceci, ça ne fais jamais 2x la même chose. On dirait que ça bug et que y a une étape qui est mal faite (cf. image)
On dirait que ImageJ ne fait le boulot (LUT ou color threshold je sais pas) seulement sur le 1er tiers de l'image.... c'est étrange. Déjà vu ça?

Merci

[Tchoukatroc]

En ce qui concerne l'automatisation pour plusieurs san, c'est tout à fait possible. L'idée serait de récupérer la liste des scan présent dans ton dossier sous forme de tableau grâce à la fonction getFileList(directory). Ensuite, tu crées une boucle qui va ouvrir puis traiter chacun de tes scans. Dans ta boucle, tu peux récupérer le nom de ton scan grâce à la fonction getTitle(), puis tu crées un dossier pour tes régions avec File.makeDirectory(path) en lui donnant le nom de ton scan. N'hésites pas à demander si tu n'y arrive pas

Non, je ne connait pas de livre pour les macros sur imagej, pour ma part, j'ai fait une formation via un centre d'imagerie.

Pour ton second problème, je ne voit pas trop d'où peut venir le problème, je ne m'y connait pas vraiment en segmentation d'image et tu utilises des fonctions que je ne connais pas. Fait attention de ne pas avoir de région placée sur ton image quand tu lances ta macro, je n'ai pas d'autre idée qui pourrait expliquer que tu obtient des résultats différents. Est-ce que ta macro se finit correctement ou elle plante ? N'oublie pas les points virgules sur les 4 dernières lignes de ton code

[dgxn88]

Merci quand même. J'ai essayé de lancer ce code sur un PC (je travaille sur Mac habituellement) et il n'y a pas se problème d'une étape visuellement exécutée sur 1/3 de l'image seulement. Par contre ça ne marche toujours pas. Quand je fais les étapes manuellement j'arrive au résultat voulu, mais quand je lance le code généré par ces même étapes ça me donne complètement autre chose...


C'est ou que tu as fais ces cours? Ça m'intéresserait beaucoup!

[Tchoukatroc]

Salut,

J'ai fait ma formation au Bordeaux Imaging Center et elle est ouverte au niveau national il me semble. Elle dure 3 jours, voilà le lien, http://www.bic.u-bordeaux.fr/thewebs...202%202015.pdf. La date d'inscription pour la session de septembre est dépassée mais essayes de les contacter directement, ça passera peut-être encore.
Pour ta macro, tu peux essayer de mettre la fonction waitForUser; après chaque ligne, ce qui permet de mettre la macro en pause. Tu pourras peut-être détecter d'où vient le problème en regardant étapes par étapes le déroulement de la macro.