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Bioinformatique Perl Discussion :

Info gène depuis coordonées


Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #1
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    Par défaut Info gène depuis coordonées
    Bonjour,

    je cherche un moyen d'obtenir des informations sur mes snp en ne connaissant QUE la position et le changement de nucléotide
    Pas le NOM/ID/AssessionNB ou quoi que soit d'autre. Juste chr1:123456 A T/C
    Avec cela, j'aimerai connaître le nom du gène (SYMBOL HUGO), ainsi que la localisation (intronique, exonique, UTR, ...) et les coordonées de type coding (c.12A>T) et protein (p.178Lys>Met).
    Jusqu'à présent, j'utilisais R. Je voudrai savoir s'il y a un moyen de faire cela en perl, avec BioPerl peut-être? Obtenir la position depuis un id de gène est la seule chose que j'ai trouvé.
    Quelqu'un aurai une piste?

    Merci!

  2. #2
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    pour cela je me tournerais vers Ensembl et leur base Variation (mais requiert l'installation de 2 librairies, bioperl et ensembl API), ou les E utilities de NCBI (module) pour des requêtes sur SNP avec en requête quelque chose comme
    (1[Chromosome]) AND 123456[Base Position]
    Nous les geeks, c'est pas qu'on a une case en moins, c'est juste qu'on compte à partir de zéro.
    Plus les choses changent, plus elles restent les mêmes

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