Discussion :

[GLDavid]

Bonjour à vous

Voilà un sacré bout de temps que je me bagarre avec ma base MySQL. Pour vous retracer l'histoire, j'ai créer un petit script Perl qui parse un fichier XML. Le parsing est bon. Des infos récupérées de ce parsing, je veux les stocker dans ma base MySQL. Tout se passe correctement excepté pour une donnée (Arghhh !!!).
Voici comment je récupère ma données dans mon script et comment je la stocke :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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elsif ($key eq "percent_coverage" and $protein eq 'protein') {
                $val = $attrs{$key};
                my($dbh) = DBI->connect("DBI:mysql:database=proteinprophet;host=localhost", 
                        "login", 
                        "password",
                        {'RaiseError' => 1}
                );
                my($query) = "update proteine set Coverage='$val' where NomDossier='$NOM' AND NumGroupe='$gn';";
   				 my($sth) = $dbh->do($query);
            }

Voici la structure de la table en question :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CREATE TABLE proteine (
  NomDossier varchar(255) NOT NULL default '',
  NumGroupe int(11) NOT NULL default '0',
  AccessNumber varchar(255) NOT NULL default '',
  Probability double NOT NULL default '0',
  Coverage double NOT NULL default '0',
  Unique_stripped_peptide varchar(255) NOT NULL default ''
) TYPE=MyISAM;

Je ne pense pas que mon code soit faux car tout est impec' pour les autres données. Toutefois, quand je rentre à la mimine (dans une console) cette fameuse données avec la même requête, ça marche !
Alors, à quoi est dû cette bizarrerie ? Mon code est faux ?

@ ++

[Choupi]

Hum rapidement je detecte rien... Maintenant faudrait voir un exemple concret... C'est long ton code (le avant elseif) ? Tu peux nous donner les differentes valeurs de $key $protein, peut etre attrs .... Car comme ca ca me semble difficile de voir.

En tout cas je pense que ca vient d'avant la requete... et peut etre plus particulierement du $val = $attrs{$key}; On peut avoir plus d'infos ? mettre un test pour savoir si tu as une valeur ...

@+

[Choupi]

Une question:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$key eq "percent_coverage" and $protein eq 'protein'

Une raison à l'emploi de guillemets ou non ?

[GLDavid]

A y est !!!!
J'ai trouvé ! .
Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sub handle_start2 {
   my(@stack);
   my($name, $desc, $val, $sequence, $an);
   my( $expat, $protein, %attrs ) = @_;
   push( @stack, { protein_group=>$protein});
   if( %attrs ) {
        foreach my $key( keys %attrs ) {
	    if ($key eq "group_number") {
                $gn = $attrs{$key};
            }
            elsif ($key eq "percent_coverage" and $protein eq 'protein') {
                $val = $attrs{$key};
                my($dbh) = DBI->connect("DBI:mysql:database=proteinprophet;host=localhost", 
                        "login", 
                        "password",
                        {'RaiseError' => 1}
                );
                my($query) = "update proteine set Coverage=$val where NomDossier='$NOM' AND NumGroupe=$gn;";
   				 my($sth) = $dbh->do($query);
   				 $sth = $dbh->do($query);
            }
        }     
    }   
} 
 
#Dans le "main"
 
my($parser) = XML::Parser->new( Handlers => 
		{
			Start=>\&handle_start
		});
		$parser->parsefile("interact-prot.xml");
	my($parser2) = XML::Parser->new( Handlers => 
		{
			Start=>\&handle_start2
		});
		$parser2->parsefile("interact-prot.xml");
	}

Il n'empêche que je trouve cette méthode, certes, fonctionnelle, mais peu élégante Mais je chipotte sans doute .

@ ++