Discussion :

[Obitruc]

Bonjour à tous.

Je suis utilisateur de Fiji depuis quelques temps, mais malheureusement une quiche en informatique.

Depuis quelques mises à jour, j'ai une exception d'erreur à chaque ouverture d'image. J'essaye de traiter des films de 2000 images environ, donc je ne vous explique pas le bazar. De plus, cela utilise toute la mémoire disponible.

Je ne sais pas trop comment mieux formuler mon problème, veuillez trouver ci-dessous le copier/coller d'un des messages d'erreur.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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(Fiji Is Just) ImageJ 2.0.0-rc-24/1.49o; Java 1.6.0_26 [64-bit]; Mac OS X 10.5.8; 601MB of 1231MB (48%)
 
"java.io.IOException: io.scif.img.ImgIOException: java.io.IOException: io.scif.FormatException: Invalid TIFF file
	at io.scif.services.DefaultDatasetIOService.open(DefaultDatasetIOService.java:122)
	at io.scif.services.DefaultDatasetIOService.open(DefaultDatasetIOService.java:106)
	at io.scif.io.DatasetIOPlugin.open(DatasetIOPlugin.java:75)
	at io.scif.io.DatasetIOPlugin.open(DatasetIOPlugin.java:50)
	at net.imagej.legacy.plugin.DefaultLegacyOpener.open(DefaultLegacyOpener.java:135)
	at net.imagej.legacy.DefaultLegacyHooks.interceptOpenImage(DefaultLegacyHooks.java:336)
	at ij.plugin.FolderOpener.run(FolderOpener.java:168)
	at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:169)
	at ij.Executer.runCommand(Executer.java:131)
	at ij.Executer.run(Executer.java:64)
	at ij.IJ.run(IJ.java:275)
	at ij.macro.Functions.doRun(Functions.java:591)
	at ij.macro.Functions.doFunction(Functions.java:89)
	at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:226)
	at ij.macro.Interpreter.doBlock(Interpreter.java:598)
	at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:268)
	at ij.macro.Interpreter.doIf(Interpreter.java:956)
	at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:244)
	at ij.macro.Interpreter.doBlock(Interpreter.java:598)
	at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:268)
	at ij.macro.Interpreter.doFor(Interpreter.java:525)
	at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:250)
	at ij.macro.Interpreter.doStatements(Interpreter.java:214)
	at ij.macro.Interpreter.run(Interpreter.java:111)
	at ij.macro.Interpreter.run(Interpreter.java:81)
	at ij.macro.Interpreter.run(Interpreter.java:92)
	at ij.plugin.Macro_Runner.runMacro(Macro_Runner.java:153)
	at ij.IJ.runMacro(IJ.java:116)
	at ij.IJ.runMacro(IJ.java:105)
	at net.imagej.legacy.IJ1Helper.runMacro(IJ1Helper.java:794)
	at net.imagej.legacy.plugin.IJ1MacroEngine.eval(IJ1MacroEngine.java:116)
	at net.imagej.legacy.plugin.IJ1MacroEngine.eval(IJ1MacroEngine.java:160)
	at org.scijava.script.ScriptModule.run(ScriptModule.java:175)
	at org.scijava.module.ModuleRunner.run(ModuleRunner.java:167)
	at org.scijava.module.ModuleRunner.call(ModuleRunner.java:126)
	at org.scijava.module.ModuleRunner.call(ModuleRunner.java:65)
	at org.scijava.thread.DefaultThreadService$2.call(DefaultThreadService.java:164)
	at java.util.concurrent.FutureTask$Sync.innerRun(FutureTask.java:303)
	at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:138)
	at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.runTask(ThreadPoolExecutor.java:886)
	at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:908)
	at java.lang.Thread.run(Thread.java:680)
Caused by: io.scif.img.ImgIOException: java.io.IOException: io.scif.FormatException: Invalid TIFF file
	at io.scif.img.ImgOpener.createReader(ImgOpener.java:549)
	at io.scif.img.ImgOpener.openImgs(ImgOpener.java:145)
	at io.scif.services.DefaultDatasetIOService.open(DefaultDatasetIOService.java:115)
	... 41 more
Caused by: java.io.IOException: io.scif.FormatException: Invalid TIFF file
	at io.scif.AbstractReader.setSource(AbstractReader.java:274)
	at io.scif.services.DefaultInitializeService.initializeReader(DefaultInitializeService.java:90)
	at io.scif.img.ImgOpener.createReader(ImgOpener.java:540)
	... 43 more
Caused by: io.scif.FormatException: Invalid TIFF file
	at io.scif.formats.MinimalTIFFFormat$Parser.typedParse(MinimalTIFFFormat.java:415)
	at io.scif.formats.TIFFFormat$BaseTIFFParser.typedParse(TIFFFormat.java:891)
	at io.scif.formats.TIFFFormat$BaseTIFFParser.typedParse(TIFFFormat.java:873)
	at io.scif.AbstractParser.parse(AbstractParser.java:253)
	at io.scif.AbstractParser.parse(AbstractParser.java:336)
	at io.scif.AbstractParser.parse(AbstractParser.java:52)
	at io.scif.AbstractReader.setSource(AbstractReader.java:270)
	... 45 more"

Si vous aviez une idée, ce serait super....

[EDIT] : J'ai ce problème sur le Mac et sur mon PC perso (Windows 7)

Cordialement

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Peut-être que ton image est trop lourde. As-tu essayé de modifier la quantité de mémoire vive que ImageJ peut utiliser? Par défaut, ImageJ reçoit 2000MB de mémoire mais tu peut changer cette valeur dans edit --> options --> Memory & threads, essaye de la monter à 4000 pour voir.

[Obitruc]

Salut,

Oui j'ai essayé, mes images sont toutes converties en 8-bits pour justement alléger le tout.

Quant à la mémoire allouée, je ne peux la modifier que sous Fiji (sous ImageJ je n'ai pas les droits).

J'ai bien entendu essayé de l'augmenter, et en fait, avant la mise à jour et l'apparition du bug, il n'y avait pas de problème, mais avec l'ouverture d'une fenêtre exception à chaque ouverture d'image ou de commande, la mémoire est grignotée à une vitesse incroyable...

[ToTo13]

Le format n'est pas supporté : Invalid TIFF file
Il faut que tu convertisses les images ou que tu trouves un lecteur qui supporte tes images.

[Obitruc]

C'est justement là que le bas blesse.

Le format Tiff est reconnu et même le plus utilisé avec ImageJ dans mon domaine.

De plus, les erreurs s'affichent alors que les images s'ouvrent. De ce fait, cela ne semble pas être la source des erreurs.

[ToTo13]

Le TIFF est un simple "container", tu mets un peu ce que tu veux dedans. Ce n'est pas parce qu'un fichier tiff s'ouvre sur ton ordi qu'ils vont tous s'ouvrir, car il existe plusieurs encodages.
L'erreur dit bien "io.scif.FormatException" et "invalid tiff file", donc ImageJ n'arrive pas à lire correctement.
Même si l'image s'ouvre, une partie des données contenues ne peut pas être lue.
Fais donc le test suivant : essaie de l'ouvrir avec BioFormat, Mipav ou Icy.