Bonjour tout le monde!

J'ai un problème avec le RS-DBI sur R: j'utilise un package de BioConductor qui s'appelle GEOmetadb. C'est donc principalement un outil pour traiter avec une base de donnée ^^. J'ai écrit un petit script pour extraire et convertir des informations qui m'intéressent:
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#Transformation de l'argument organisme (hs|mm|rn) en valeur valable pour GEOMetadb
organism<-switch(organisme, hs="Homo sapiens", mm="Mus musculus", rn="Rattus norvegicus")
 
#Connexion à la base de donnée
con<-dbConnect(SQLite(),paste(ori,"/GEOmetadb.sqlite",sep=""))
 
#Requête: sélection des identifiants (gpl) de la table gpl quand l'organisme est celui spécifié
sqlStatement<-paste("SELECT gpl FROM gpl WHERE organism LIKE","'%",organism,"%'",sep="")
 
#Envoie de la requpete
gpl_list<-dbGetQuery(con,sqlStatement)
 
#conversion du résultat en objet utilisable facilement
conversion<-geoConvert(gpl_list[,1])
 
if (length(args[3])!=0 && length(args[4])==0) {
 
#Extraire un seul GSE, selon l'index GPL
	nb1<-args[3]
 
	#extraction des numéros de GSE sous forme de tableau
	gse<-as.data.frame(conversion$gse[nb1,2],stringsAsFactor=FALSE)
 
	#enregistrement des numéros de GSE dans un fichier
	write.table(unique(gse),paste(getwd(),"/",organisme,".gse",sep=""),sep="\t",row.name=FALSE,col.name=FALSE,quote=FALSE)
	dbDisconnect(con)
}
je ne vous ai mis que la première partie du if le reste étant similaire. Lorsque je lance ce code via R je n'ai aucun problème tout se passe bien. Par contre lorsque je le lance via un script bash c'est la fonction geoConvert qui pose problème:
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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Erreur dans sqliteExecStatement(con, statement, bind.data) :
  RS-DBI driver: (error in statement: no such table: geoConvert)
Calls: geoConvert ... dbGetQuery -> sqliteQuickSQL -> sqliteExecStatement -> .Call
Exécution arrêtée
Ce qui m'intrigue d'autant plus c'est que lorsque je fait une erreur sur l'argument principal de geoConvert en écrivant ceci:
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#conversion du résultat en objet utilisable facilement
conversion<-geoConvert(gpl_list)
J'ai le message d'erreur suivant:
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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Erreur dans geoConvert(gpl_list) :
  invalid input GEO accession(s), right ones are like 'GSE1' or 'GPL1', or 'GSM1', or 'GDS1'
Exécution arrêtée
C'est donc bien que la fonction est connue, non? je suppose donc que j'ai un problème qui concernait bash et le RS-DBI driver. malheureusement je ne connais pas vraiment ce genre de choses. Si quelqu'un a une piste pour m'aider à résoudre ce problème ça serait super cool!

Merci d'avance!

EDIT: si je lance le .R directement dans la console je n'ai pas de problèmes, comme lorsque je lance le script via l'interface R