Tout d'abord merci pour votre aide.
Il s'agissait en fait d'un bug d'Apache, puisqu'un simple redémarrage a suffit.
Néanmoins je n'ai eu ouïe-dire de ce bug nulle part sur la Toile.
mathieu : Je n'utilise pas WordPress mais merci 
Bovino, suite à ce que tu as posté :
facilite le développement, la configuration, la navigation, rend plus claire l'organisation du site, rend moins évidentes les attaques par URL smashing ou directory listing
Le bypass .htaccess (si je peux le nommer comme ça) facilite surtout le développement de sites statiques (on peut se contenter d'un seul répertoire pour toutes les vues) et comme l'URL est "transparente" la visibilité sur les fichiers stockés sur le serveur est extrêmement réduite (on pourrait même aller jusqu'à crypter chaque nom de fichier inaccessible par le navigateur !).
Cependant j'accorde que cette technique rend bien plus ardu le développement d'un site dynamique (notamment car les données POST ou GET ne transitent pas d'une page à l'autre si l'on ne redirige pas explicitement sur le script censé traiter les données).
Pour s'y faire, un .htaccess redirige l'utilisateur (lorsqu'il entre une URI) sur la racine du site
Donc manifestement, c'est là que tu dois pouvoir différencier les différentes parties du site et ne pas faire la même chose selon qu'il s'agisse de contenu, de styles, de scripts voire d'images ou autres médias.
En fait je ne redirige pas directement sur l'index mais sur un script PHP redirigeant sur la racine après s'être occupé de tout ce qui est requête dans la base de données (authentification sur le site, insertion ...) en fonction de $_SESSION et $_POST.
HTML, a décidé, je crois, de me faire une farce
Car effectivement, tout semblait vraiment comme si mon serveur était d'humeur blagueuse car mon code ne s'occupait en rien de cette balise (elle était directement écrite en HTML).
Farce ici était utilisé comme une image, car je n'arrivais pas à comprendre la source de mon problème donc j'ai pensé de façon imagée que HTML - ou quoi que ce soit d'autre que j'imaginais en lien avec mon problème - m'ait fait une farce. J'étais donc en totale connaissance de cause lorsque je me suis permis d'utiliser farce plutôt que "problemedontjenemefigurepascommentjauraispuenetrelasource". Farce est une expression plus jolie et condensé et selon mon jugement rajoute une petite note d'humour. Mais l'humour ressemble à la beauté car il n'existe que dans l'oeil de celui qui regarde.
Je reconnais avoir été mathématiquement inexact, je m'en excuse.
Enfin voilà la solution (en ligne de commande) :
$ service apache2 restart
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