Discussion :

[marcooker]

Salut à tous,

Je me permet de poster un nouveau sujet vu que je n'en ai pas vu de totalement similaire à ce que je demande.

Je suis étudiant en bio et il faut que je fasse un compte rendu sur la multiplication de la lentille d'eau notamment en analysant des photos (60 photos..).

Je dispose de photos vu de dessus et il faudrait qu'avec image J je sélectionne automatiquement les lentilles (l'idéal serait que je puisse sélectionner par couleur) et que je calcule la surface qu'elles occupent par rapport à la surface totale de mon récipient.

Je vous joint une de ces photos.

Pouvez vous m'aider?

Bonnes fêtes à tous.

[provirus]

Bonjour,

J'espère que tu es prêt à souffrir un peu lol.

Tu veux comparer la surface totale de ton bol avec la surface total des petits points verts qu'il contient. Premièrement, je te conseillerais de trouver un moyen d'avoir une couleur très contrastée pour ton contour de bol (peut-être mettre un tape rouge tout autour).

Ensuite, tu peux charger une

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

java.awt.image.BufferedImage

avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

javax.imageio.ImageIO.read()

.

Maintenant, tu peux lire chaque pixel avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

BufferedImage.getRGB(int x, int y)

.

Pour ce qui est de ton algorithme, tu vas avoir besoin de quelques variables:

• long surface_bol
• long surface_verte
• boolean dans_bol
• boolean dernier_rouge

Puis ton pseudo code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
pour tous les y
  pour tous les x
    // Regarder si on entre ou sort du bol (tenir compte de l'épaisseur grace à "dernier_rouge")
    si est_rouge et pas dernier_rouge: dans_bol != dans_bol
 
    dernier_rouge = est_rouge
 
    // Surfaces
    si dans_bol: surface_bol++
    si est_vert: surface_verte++
 
// À la fin
Pourcentage surface: surface_verte/dans_bol

Pour ton est_rouge et est_vert, il faudra bien entendu gérer les tolérances


EDIT: Je viens de voir que tu voulais utiliser la librairie "Image J"
Désolé, je ne la connais pas

[marcooker]

Provirus,

Merci pour ta réponse !

Je vais essayer ça, mais je vais souffrir comme tu dis. J'ai envie de pleurer

[marcooker]

Nan, désolé provirus mais je n'arrives à rien ! il n'y a pas plus simple ?

[provirus]

L'analyse des images n'est pas simple (tout comme l'analyse du son).
Malheureusement, je ne connais pas de librairies pour faciliter le tout.

[marcooker]

J'ai réussi ! j'ai suivi une méthode en convertissant la photo en 8-bit et en utilisant un outil "threshold".

Merci beaucoup quand même pour tes réponses,

Bonne continuation

[provirus]

L'important c'est d'avoir une solution

[ToTo13]

ImageJ a normalement des outils pour utiliser des seuils couleurs, ou du moins sélectionner une couleur et segmenter en fonction de cette dernière.

Mais étant donné que tu t'intéresses aux parties vertes, je te conseille de faire plutôt ceci :
- décomposition de l'image en trois canaux de couleurs (R, G, B). C'est mieux adapté qu'un conversion en niveaux de gris
- seuillage (sur le canal vert).
Pour améliorer cela (dans tes futures acquisitions), tu peux changer la couleur du fond pour qu'elle soit très éloignée du vert et ainsi cela améliorera tes résultats.

Par ailleurs, il me semble voir qu'un de tes points vert sur le bord est en fait masqué et non tourné dans le bon sens, du coup on le voit de profil. Cela va donc introduire un biais dans tes mesures.

[marcooker]

Bonjour,

Oui merci toto13, je sais il y a quelques biais comme celui que tu viens d'indiquer ou encore la qualité des photos. Ceci dit on a 30 réplicats donc les biais sont atténués.

Merci beaucoup à tous, bonne continuation