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ImageJ Java Discussion :

ImageCalculator dans macro Fiji


Sujet :

ImageJ Java

  1. #1
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    Par défaut ImageCalculator dans macro Fiji
    Bonjour à tous,

    Je souhaiterais faire une macro qui soustrait un arrière plan (ici GOPR002602244.tif) à une séquence d'images.

    Voici une partie de mon code :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    open("C:\\....\\GOPR002602244.tif");
    run("Enhance Contrast", "saturated=0.50 equalize histogram");
    run("Undistort Image", "list=C:\\...\\Params.txt alpha=814.403000000 beta=813.798000000 u0=654.246000000 v0=483.676000000 skew=0.000000000 k0=-0.190675000 k1=0.124536000 stdev=0.000000000");
    run("Gaussian Blur...", "sigma=3");
     
    function processFile(path) {
        if (endsWith(path, ".tif")) {
            open(path);
            run("Enhance Contrast", "saturated=0.50 equalize histogram");
            run("Undistort Image", "list=C:\\...\\Params.txt alpha=814.403000000 beta=813.798000000 u0=654.246000000 v0=483.676000000 skew=0.000000000 k0=-0.190675000 k1=0.124536000 stdev=0.000000000");
            imageID=getImageID();
            run("Gaussian Blur...", "sigma=3");
            title=getTitle();
            imageCalculator("Subtract create", "GOPR002602244.tif" ,"title");
    C'est dans cette dernière ligne où la commande ne fonctionne pas. Je n'arrive pas à attribuer les images à traiter.

    Pour moi il faudrait peut-être réenregistrer l'image 1 après traitement, mais pour la séquence d'image je n'ai pas d'idée...

    Quelqu'un aurait une solution ?

    Merci d'avance pour votre aide.

  2. #2
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    Par défaut
    Bonjour,

    Si est une variable, pourquoi mettre des guillemets autour dans la commande imageCalculator? En cas de doute, l'enregistreur de macro permet d'afficher la syntaxe des commandes exécutées et de corriger le code qui pose problème.

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