Discussion :

[bichique974]

Bonjour à tous,

nous sommes en train de développer une macro sous Fiji qui nous permettrait d'identifier et de compter/mesurer des particules sur une séquence d'images.

Dans une partie, je voudrais faire une analyse de particules sur une image après détection des maximum locaux.
Puis enregistrer le masque créé pour pouvoir squelettiser les particules restantes après le seuillage.

J'ai essayer un peu tout, enregistrer le masque, renommer l'ID, ect mais je ne trouve pas la formule qui marche.

Voici la partie du script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open(path);
run("Enhance Contrast", "saturated=0.5 equalize histogram");//Enhance contrast with an analysis of the each slice’s histogram to make the adjustment
run("Undistort Image", "list=C:\\Params.txt ); // Directory containing the 'Params.txt' file, created with Optic_Calib
imageID=getImageID();
title=getTitle();
run("Gaussian Blur...", "sigma=1"); //Gaussian blur in order to eliminate some noise otherwise detected when finding local maxima, sigma=1 because of turbidity
run("Find Maxima...", "noise=50 output=[Maxima Within Tolerance] exclude light"); // Noise tolerance fixed to 50, not to be changed or size estimation will be different

run("Analyze Particles...", "size=250-1000 circularity=0.00-0.50 show=Masks display exclude include clear summarize"); 
        
run("Duplicate...", "title=a["+title+"]");
run("Skeletonize (2D/3D)");

N'hésitez pas à me poser des questions pour mieux comprendre ce qu'on essaie de faire.

Merci de votre aide !

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Si c'est juste enregistrer ton stack "mask" sur ton disque dur, il te suffit de rajouter une ligne pour récupérer le nom de l'image "mask" puis une seconde ligne pour l'enregistrer. Dans ce cas, le "mask" sera enregistré au format TIF dans le même dossier que l'image que tu traites.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open(path);
run("Enhance Contrast", "saturated=0.5 equalize histogram");//Enhance contrast with an analysis of the each slice’s histogram to make the adjustment
run("Undistort Image", "list=C:\\Params.txt ); // Directory containing the 'Params.txt' file, created with Optic_Calib
imageID=getImageID();
title=getTitle();
run("Gaussian Blur...", "sigma=1"); //Gaussian blur in order to eliminate some noise otherwise detected when finding local maxima, sigma=1 because of turbidity
run("Find Maxima...", "noise=50 output=[Maxima Within Tolerance] exclude light"); // Noise tolerance fixed to 50, not to be changed or size estimation will be different

run("Analyze Particles...", "size=250-1000 circularity=0.00-0.50 show=Masks display exclude include clear summarize");

run("Duplicate...", "title=a["+title+"]");

maskTitle= getTitle();
save((substring(path,0,lastIndexOf(path, File.separator)+1)) + maskTitle + ".tif") 

run("Skeletonize (2D/3D)");

Je ne sais pas si ça répond à ton problème.

[bichique974]

Bonjour,
merci Tchoukatroc pour ta réponse.

C'est presque ça ! En fait quand je lance la macro, l'analyse de particules trouve par exemple 6 particules qui correspondent aux critères alors que si j'applique ligne par ligne, j'en observe que 2 sur le masque.
Du coup j'ai l'impression que les fonctions ne prennent pas en compte les résultats des étapes précédentes.
Faut-il aussi que j'enregistre sur le disque les résultats de l'analyse de maximum locaux ?
Comment faire pour que la squelettisation se fasse sur le masque ?

merci !!

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Est-ce que "Find maxima" te trouve le même résultat que tu lance la macro ou que tu fasses ligne par ligne? Si c'est le cas, le problème viens de la fonction "Analyze particles" et là, à part vérifier que tu ais bien les mêmes paramètres, je ne vois pas trop. Vérifie que ton image soit bien dans la même unité (pixel ou micron).
Pour que ta macro marche, tu n'es pas obligé d'enregistrer les images sur le disque dur, c'est utile seulement si tu veux les réutiliser plus tard.
Si tu veux que imageJ travaille sur une image précise, tu peux récupérer le nom de l'image dans une variable (dans ton cas, tu peux rajouter après la fonction "find maxima",

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

maximaMask=getTitle();

puis avant la fonction "Skeletonize", tu rappelles l'image grâce à

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

selectWindow(maximaMask);

[bichique974]

Ok merci !!
J'ai rajouté deux lignes entre chaque opération, pour enregistrer puis sélectionner l'image.
Ça alourdi un peu le code, mais au moins ça marche !