Discussion :

[F.benjamin]

Bonjour à tous,

J'aimerai lancer mon script R en ligne de commande ou je lui passe en paramètre des paths de fichiers.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

system("R CMD BATCH '--args ../algo1.csv ../algo2.csv' script.R");

Mais mon script R n'arrive pas à ouvrir mes fichiers (aucun fichier existant).

Pour info quand je met les fichiers algo1.csv et algo2.csv dans le même fichier que le script et que je change ma ligne de commande

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

system("R CMD BATCH '--args algo1.csv algo2.csv' script.R");

Mon script fonctionne correctement.

Si quelqu'un à une petite idée de mon problème se serai franchement sympa

Merci,
Cordialement,
B.

[Flodelarab]

Bonjour,

dans le même fichier

Tu voulais dire dans le même répertoire?

Apparemment, il ne veut pas aller chercher dans le dossier parent. Alors, pourquoi? Parent inexistant? ton utilisateur n'a-t-il pas les droits de lecture sur ce parent?

Que fais-tu? Dans R, tu fais un appel system pour lancer R ?

[F.benjamin]

Bonjour,

Merci de ta réponse.

Tu voulais dire dans le même répertoire?

Effectivement ^^ !

Apparemment, il ne veut pas aller chercher dans le dossier parent. Alors, pourquoi? Parent inexistant? ton utilisateur n'a-t-il pas les droits de lecture sur ce parent?

Je ne sais pas trop quoi te répondre à part t'afficher l'erreur.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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6
Erreur dans file(file, "rt") : impossible d'ouvrir la connexion
Calls: testStat -> read.csv -> read.table -> file
De plus : Message d'avis :
In file(file, "rt") :
  impossible d'ouvrir le fichier 'algo1.csv' : Aucun fichier ou dossier de ce type
Exécution arrêtée

Que fais-tu? Dans R, tu fais un appel system pour lancer R ?

J'ai un projet C++ qui fait un appel system pour appeler un script R, ce script me permet de faire un test statistique (friedman) sur l'ensemble de fichiers.csv passé en paramètre.

[Flodelarab]

Je ne sais pas trop quoi te répondre

Et bien si. Tu peux répondre le résultat de ces 3 commandes quand tu es dans le répertoire de travail:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ls -l -d .

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ls -l -d ..

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ls -l ../algo*.csv

[F.benjamin]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ls -l -d .

drwxrwxr-x 2 benjamin benjamin 4096 sept. 3 10:51 .

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ls -l -d ..

drwxrwxr-x 5 benjamin benjamin 4096 sept. 1 10:19 ..

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ls -l -d ../algo*.csv

-rw-rw-r-- 1 benjamin benjamin 2729 août 13 11:39 ../algo1.csv
-rw-rw-r-- 1 benjamin benjamin 72 mai 28 14:47 ../algo2.csv

[Flodelarab]

Et bien, je sèche.

[F.benjamin]

Ok merci quand même !

Mais après persévérence, j'ai résolu mon problème. ça venait du fait que la commande système ne gère pas bien les commandes avec des chemins relatifs. Pour pallier ce problème il faut donner le chemin absolu.

Merci de tes efforts

[Flodelarab]

Ahhh mais dans ces conditions, il y a un solution bash pour éviter ".." et avoir le chemin absolu:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

pwd |sed 's@[/][^/]*$@@'

Attention, la racine n'a pas de parent.