Discussion :

[Quentin15]

Bonjour,

Quentin, étudiant en informatique. je suis actuellement à la recherche de l'algorithme qu'utilise le créateur du vglm car je souhaite la programmer en C++. Le vglm est une fonction de R (package VGAM) permettant de faire de la régression logistique.
Est-ce que quelqu'un pourrait m'indiquer comment obtenir l'algorithme en question s'il vous plait?

Bonne journée,
Quentin

[A. D.]

Bonjour,

Je ne suis pas très familière avec la fonction "vglm" mais dans l'aide de R concernant cette fonction j'ai trouvé le lien suivant qui pourrait vous intéresser (mais peut-être l'avez-vous déjà exploré...) : http://www.stat.auckland.ac.nz/~yee/VGAM/.

Sinon, une fois le package "VGAM" chargé, en tapant directement dans R :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

vglm

vous obtenez le code correspondant à cette fonction.

Voilà, en espérant que ceci vous aide un peu, bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[Quentin15]

Je vous remercie beaucoup, c'est à peu près ça que je cherche.
Par contre en tapant sur la console R "vglm", j'ai un code de la fonction vglm. Je sais que la régression logistique est en générale, la maximisation de la vraisemblance et l'optimisation par la méthode de Newton-Raphson. En lisant rapidement ce code, je n'ai pas vu quelque chose qui ressemblait à cela.
Je souhaiterais juste avoir un algorithme détaillé, et non pas un programme.

Néanmoins, je tenais à te remercier d'avoir cherché.

Merci beaucoup.

[Quentin15]

J'ai cherché sur une autre piste.
En allant sur ce lien :http://cran.r-project.org/web/packages/VGAM/index.html
Je télécharge le "Package source", puis je dézippe le fichier. Dans ce fichier, on trouve des codes de toutes sortes, et dans un fichier qui s'appelle "src" où on y trouve des codes en C++. Pensez-vous que ces codes sont les codes en C++ de la fonction VGLM de R.

Bonne journée

[gbdivers]

J'ai cherché sur une autre piste.
En allant sur ce lien :http://cran.r-project.org/web/packages/VGAM/index.html
Je télécharge le "Package source", puis je dézippe le fichier. Dans ce fichier, on trouve des codes de toutes sortes, et dans un fichier qui s'appelle "src" où on y trouve des codes en C++. Pensez-vous que ces codes sont les codes en C++ de la fonction VGLM de R.

Bonne journée

Malheureusement, c'est pas aussi simple. Le fonction vglm est un script R, qui appelle plein de fonction (provenant d'autres libs R, de fortran et de C). La conversion d'un algorithme de R en C++ peut être relativement complexe et long (je l'avais fait pour une fonction de transformée en ondelette). Il est plus facile de repartir d'un algorithme publié par ailleurs que du code.

[dickoa]

Essaye ça

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
require(VGAM)
 
get("vglm.fit")

[A. D.]

Bonjour,

Essaye ça

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
require(VGAM)
 
get("vglm.fit")

Qu'est censé renvoyer ce code? Le code de la fonction? Personnellement, si je tape tel quel ce que vous indiquez ici, cela ne fonctionne pas...


Cordialement,

A.D.

[Quentin15]

Effectivement, c'est censé renvoyer quoi?
En faisant aussi ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
> library(VGAM)
> vglm

on obtient aussi un code propre à R. Est-il identique au tien ?

Merci.

[Quentin15]

@gbdivers:
Comment as tu fait pour obtenir l'algorithme de ta fonction de transformée de l'ondelette? Où l'as tu trouvé pour faire simple?
Et comment as tu fait pour la recoder? T'es tu servis des intégrateurs de codes R dans un programme de C++?

[gbdivers]

Mon objectif était d'implémenter la fonction peakDetectionCWT du paquet MassSpecWavelet, en particulier pour garder les mêmes paramètres (pour comparer le résultat de différentes implémentation du traitement par ondelettes) de façon à profiter des performances du C++. J'ai décortiqué le code de la fonction (simplement en tapant le nom de la fonction dans R, sans ? ou parenthèses) et des fonctions appelées par cette fonction (cwt, getRidge, identifyMajorPeak, getLocalMaximumCWT, etc.). J'ai étudié le principe de l'algorithme pour comprendre le code (wikipédia + recherche internet + Numerical Recipes). Ca m'a pris plusieurs mois (mais ce n'était pas mon activité principale, quelqu'un pourrait le faire en quelques semaines, à condition de connaitre le C++ et R)

J'ai également utilisé RInside pour appeler directement la fonction R pour comparer mon implémentation avec la version d'origine à chaque étape du calcul (donc pour chaque variable intermédiaire générée)

En fait, j'avais un besoin particulier (performance) qui m'ont obligé à convertir le code. Mais en général, c'est un travail trop compliquer et trop lourd si tu n'as pas un besoin particulier.
Il est largement préférable d'utiliser une implémentation en C++ existante ou rester sur du code R (dans R ou avec RInside)

Pourquoi ce besoin de convertir l'algorithme en C++ ?

[Quentin15]

En fait, je souhaite créer un outil de prédiction sur des variables qualitatives. Mais je ne souhaite pas que mon outil dépende de R, il faudrait que l'utilisateur en ramenant sa Base de données, puisse en un clic avoir un résultat.

[gbdivers]

gestion de base de données, calcul statistique, interface utilisateur je suppose, apprentissage du C++... cela fait beaucoup de chose à apprendre

Si ton but est d'apprendre le C++, commence par des projets plus simple (Hello world). Je te conseille dans ce cas d'apprendre aussi un framework graphique pour l'interface (Qt par exemple, qui peut gérer aussi les bases de données). Tu as la possibilité d'utiliser un bibliothèque C ou C++ pour la partie calcul ou d'implémenter par toi même la régression (l'algorithme n'est pas très compliqué à implémenter, surtout si tu utilises des libs d'algèble linéaire telque BLAS ou la GSL)

Si ton but est de réaliser ces analyses, le C++ n'est pas un bon choix de langage : le temps de développement sera très (trop ?) important. De plus R peut accéder directement aux bases de données et faire une interface graphique (avec tcl/tk je crois). De plus, c'est toujours intéressant de connaitre un langage de script tel que R pour tester rapidement un algorithme.

La solution de RInside est intéressant du fait que tu apprends le C++ et que tu pourras utiliser les outils de R directement.

Bref, continue d'utiliser R sauf si tu veux apprendre le C++ (mais c'est bien 2

[Quentin15]

J'ai un niveau débutant en C++.
De formation statisticienne, je comprends bien ce que fait la fonction vglm. Mais par contre le coder en C++ est un peu difficile.
Pour le moment je recherche activement des tutoriels en français sur l'utilisation du RInside, qui m'a l'air pas mal. En gros, à partir de mon interface C++, je vais appeler les codes R qui permettent la réalisation de la régression.

[aparis]

Bonjour,
J'ai été très intéressé de voir que vous vous étiez préoccupé de transcrire il y a quelques années le code R des fonctions cwt, getRidge, identifyMajorPeak, getLocalMaximumCWT, etc. présentes dans la bibliothèque MassSpecWavelet pour des problèmes de rapidité d'exécution du code. Je rencontre le même problème pour des fichiers contenant plusieurs centaines de millions de lignes dans les fichiers de données. Avez-vous réussi à faire exécuter ce code dans Rinside ou avec Rcpp ? Si oui, ce code est-il disponible en particulier pour une utilisation en recherche ?
Merci par avance pour votre réponse.
Alain

Mon objectif était d'implémenter la fonction peakDetectionCWT du paquet MassSpecWavelet, en particulier pour garder les mêmes paramètres (pour comparer le résultat de différentes implémentation du traitement par ondelettes) de façon à profiter des performances du C++. J'ai décortiqué le code de la fonction (simplement en tapant le nom de la fonction dans R, sans ? ou parenthèses) et des fonctions appelées par cette fonction (cwt, getRidge, identifyMajorPeak, getLocalMaximumCWT, etc.). J'ai étudié le principe de l'algorithme pour comprendre le code (wikipédia + recherche internet + Numerical Recipes). Ca m'a pris plusieurs mois (mais ce n'était pas mon activité principale, quelqu'un pourrait le faire en quelques semaines, à condition de connaitre le C++ et R)

J'ai également utilisé RInside pour appeler directement la fonction R pour comparer mon implémentation avec la version d'origine à chaque étape du calcul (donc pour chaque variable intermédiaire générée)

En fait, j'avais un besoin particulier (performance) qui m'ont obligé à convertir le code. Mais en général, c'est un travail trop compliquer et trop lourd si tu n'as pas un besoin particulier.
Il est largement préférable d'utiliser une implémentation en C++ existante ou rester sur du code R (dans R ou avec RInside)

Pourquoi ce besoin de convertir l'algorithme en C++ ?