Discussion :

[perlaud]

salut!
j'ai un pbl sur la recherche de motif ( quelconque et de longueur variable) mais j'ai fait des rechershe sur le net et je n'ai rien trouvé qui corresponde à mon pbl, car en général, on connait le motif recherché et sa taille, ce qui n'est pas mon cas.
En fait, j'aimerais savoir comment je peux rechercher un motif dans une chaine et son inverse complémentaire dans la même chaine: sachant que :
le A est l'inverse complémentaire du U,
le U est l'inverse complémentaire du A,
le C est l'inverse complémentaire du G,
le G est l'inverse complémentaire du C

par exemple:

AGCAGUCGGACUGCC

la longueur de ma séquence varie entre 20 et 30 caractères au total

merci bcp de votre aide!

[Fanch.g]

Je croit pas que c'est possible de reconnaitre quelquechose que l'on ne connait pas (En perl et dans la vie)

D'ailleurs a mon avis tu demande plus un algo que un soutiens perl.

essaye le brut force
cad a dire tu tente avec toute les tailles possibles sur tous segement de chaine possible
"possible" peut etre transformer en pertinente si tu y reflechies dans l'optique du resultat a Obtenir

[Choupi]

D'ailleurs a mon avis tu demande plus un algo que un soutiens perl.

Ben je pense un peu comme toi. Là tu veux un algo qui te permette de detecter des epingles a cheveux dans ta sequence... Des logiciels pro (clustal W le font tres bien ... donc c'est possible ). Maintenant je ne vois pas commet le faire dans la pratique. Ceci dit ta sequence est courte ca doit etre assez rapide... donc je vais y reflechir un peu et te tient au courant. Demande en algo ...

[perlaud]

en fait, je l'ai +/- déjà fait en c++ en passant par un codage numérique, c'est-à-dire uqe toutes les combinaisons de 3 lettres possible correspondaient à un code puis on entre tous ces codes dans un tableau qu'on parcours et lorsqu'on rencontre le même nb, c'est qu'il y arépétition puis on regarde le code qui est à coté de ce code et on voit si oui ou non c'est le même, exemple:

ACG CGU CGA GCT GCU CGU CGA GAA correspond à : 1 3 2 4 5 3 2 7
et dc on voit qu'il ya répétition de 3 2 dc répétition de CGU CGA

Mais je pensais qu'en perl il y aurait une facon bcp + simple étant donné les expressions régulières...

dc si vous avez une solution + simple.....

merci

perlaud

[Fanch.g]

Cool on a perdu le critere "longueur variable" puisque tu dit que c'est 3

[Choupi]

Ma qué ! Ca existe déjà dans les packages bioperl

http://doc.bioperl.org/bioperl-live/...alindrome.html

Héhé fallait juste chercher. Un tit résolu ?

[perlaud]

merci Choupi!
mais je ne connais vraienr rien à Bioperl, il faut que je me "plonge" dedans...le travail m'attends!