Discussion :

[mel.cam12]

Bonjour tout le monde,

je cherche a exécuter un script R via la fonction exec() de PHP, le script en lui-même fonctionne mais pas quand je lance la page web. Je n'ai pas le temps de me lancer dans des packages R du genre Rapach ou Shiny car je dois trouver une solution simple rapidement. Si quelqu'un aurai juste l'ombre d'une idée de ce que je devrais creuser pour que mon script marche je lui serait éternellement reconnaissant.

En tout cas je remercie les personnes qui auraient au moins le temps de lire ma requête !


Voici le script R :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Script qui contient l'accès à la base de données ath_exp pour différentes gènes et différentes options (tissue...) mais aussi different choix de datasets :
# Création du heatmap et de la matrice de corrélation pour un gène contre tout les autres gènes :
#R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args gene_list=c("At3g21770","At5g12250") dataset=\"Seed_Serie\" tissue=c("seed","embryo")' test_rcmd.r test_rcmd.out &
 
library(RMySQL)
 
args=(commandArgs(TRUE))
# pour récuperer les arguments : options[1], options[2] etc
if(length(args)==0){
  print("No arguments supplied.")
  ##supply default values
  dataset = c(1,2)
#~   tissue = c(1,1,1)
  gene_list=c(1,1)
}else{
  for(i in 1:length(args)){
    eval(parse(text=args[[i]]))
  }
}
print(gene_list)
print(dataset)
#~ print(tissue)
 
con <- dbConnect(MySQL(), user="root", password="n337042m", dbname="mydb", host="localhost")
 
i=0;
for (gene in gene_list) {
  query= dbSendQuery(con, paste ("SELECT distinctrow P.SAMPLE_SUFFIX, P.MEAN_REP as ",gene," FROM ",dataset," D, Processed_Data_Table P, Summary_Tables S WHERE S.NAME_TABLE = '",dataset,"' AND S.ID_TABLE = P.ID_TABLE AND D.IDGENE_AT LIKE '%",gene,"%' AND P.ID_MEAN_REP = D.ID_MEAN_REP ORDER BY P.SAMPLE_SUFFIX",sep=""))
  dbGetStatement(query) # pour afficher la requête
  exp_data <- fetch(query, n = -1) # -1 pour avoir toutes les lignes sinon limité à 500
  dbClearResult(query);
  #write.table(exp_data, file=gene, sep= "\t")
 
 
  if (i==0) {
    list_data = assign(paste("exp_data_", gene, sep=""),exp_data)
  }
  else {
    # génération de variables pour chaque sortie de requête
    gene_data = assign(paste("exp_data_", gene, sep=""),exp_data)
    list_data = merge(list_data, gene_data)
  }
  i=i+1;
}
 
class(list_data)
list_data=data.frame(list_data, row.names=1)
 
# Calcul de la matrice de distance de corrélation :
corrdist =function(x) as.dist(1-cor(t(x)))
 
#~ source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
#~ biocLite("NMF")
 
library("NMF")
#~ setwd("~/Documents/Stage_M2/R/Heatmap/Annotations")
annot = as.data.frame(t(read.table("./Annotations/Seed_Serie_annotation.txt", header=TRUE, sep="\t",row.names=1, comment.char="")))
ann_color=list(category=c(1:20), age=c(1:10), tissue=c(1:10), control=c(1:2), mutant=c(1:20), timecourse=c(1:20));
 
png("test_heatmap.png", width=1000, height=1000)
aheatmap(t(data.matrix(list_data)), annCol=annot, distfun =corrdist , hclustfun='ward', verbose = TRUE, Colv=NA, annColors=ann_color)
dev.off();

et le bout de code php qui devrait exécuter le script R :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cmd= "/usr/bin/R CMD BATCH --no-restore '--args gene_list=\"".$_POST['gene_ID']."\" dataset=\"".$_POST['dataset']."\" ' test_rcmd.r test_rcmd.out ";
echo $cmd;		
exec($cmd);
echo("<img src='test_heatmap.png' >");

Ces deux fichiers se trouvent dans le même répertoire !


Mél

[mathieu]

essaye ce code pour voir le résultat de la commande

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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exec($cmd, $resultat);
var_dump($resultat);
exit();

[mel.cam12]

Le résultat est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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array(0) { }

C'est mauvais non ?