Discussion :

[rom32]

Bonjour à tous,

je dispose d'une base de données de 294 individus et de 290 variables dont 289 sont des variables quantitatives ainsi qu'1 variable qualitative binaire (positif-négatif).

Je souhaite donc effectuer une prédiction mais lorsque je lance ma régression logistique avec le code suivant :

Code :

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spectre<-read.table("C:/Documents and Settings/utilisateur/Bureau/Romain Fizelier/BD douve/Spectre289_corr.csv",sep=';',header=T)
regl=glm(Statut~Var1+Var2+Var3+Var4+Var5+Var6+Var7+Var8+Var9+Var10+Var11+Var12+Var13+Var14+Var15+Var16+Var17+Var18+Var19+Var20+Var21+Var22+Var23+Var24+Var25+Var26+Var27+Var28+Var29+Var30+Var31+Var32+Var33+Var34+Var35+Var36+Var37+Var38+Var39+Var40+Var41+Var42+Var43+Var44+Var45+Var46+Var47+Var48+Var49+Var50+Var51+Var52+Var53+Var54+Var55+Var56+Var57+Var58+Var59+Var60+Var61+Var62+Var63+Var64+Var65+Var66+Var67+Var68+Var69+Var70+Var71+Var72+Var73+Var74+Var75+Var76+Var77+Var78+Var79+Var80+Var81+Var82+Var83+Var84+Var85+Var86+Var87+Var88+Var89+Var90+Var91+Var92+Var93+Var94+Var95+Var96+Var97+Var98+Var99+Var100+Var101+Var102+Var103+Var104+Var105+Var106+Var107+Var108+Var109+Var110+Var111+Var112+Var113+Var114+Var115+Var116+Var117+Var118+Var119+Var120+Var121+Var122+Var123+Var124+Var125+Var126+Var127+Var128+Var129+Var130+Var131+Var132+Var133+Var134+Var135+Var136+Var137+Var138+Var139+Var140+Var141+Var142+Var143+Var144+Var145+Var146+Var147+Var148+Var149+Var150+Var151+Var152+Var153+Var154+Var155+Var156+Var157+Var158+Var159+Var160+Var161+Var162+Var163+Var164+Var165+Var166+Var167+Var168+Var169+Var170+Var171+Var172+Var173+Var174+Var175+Var176+Var177+Var178+Var179+Var180+Var181+Var182+Var183+Var184+Var185+Var186+Var187+Var188+Var189+Var190+Var191+Var192+Var193+Var194+Var195+Var196+Var197+Var198+Var199+Var200+Var201+Var202+Var203+Var204+Var205+Var206+Var207+Var208+Var209+Var210+Var211+Var212+Var213+Var214+Var215+Var216+Var217+Var218+Var219+Var220+Var221+Var222+Var223+Var224+Var225+Var226+Var227+Var228+Var229+Var230+Var231+Var232+Var233+Var234+Var235+Var236+Var237+Var238+Var239+Var240+Var241+Var242+Var243+Var244+Var245+Var246+Var247+Var248+Var249+Var250+Var251+Var252+Var253+Var254+Var255+Var256+Var257+Var258+Var259+Var260+Var261+Var262+Var263+Var264+Var265+Var266+Var267+Var268+Var269+Var270+Var271+Var272+Var273+Var274+Var275+Var276+Var277+Var278+Var279+Var280+Var281+Var282+Var283+Var284+Var285+Var286+Var287+Var288+Var289,data=spectre,family=binomial(logit), control = list(maxit = 295))

Lorsque je l'exécute, un warning intervient :

Warning message:
glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred

Je cherche tout simplement à enlever ce warning afin de trouver le meilleur modèle par critère de l'AIC en usant de la fonction stepwise.
J'ai beau essayer de mettre en facteur ou en matrice les variables quantitatives, rien n'y fait.

En vous remerciant d'avance,
Amicalement
rom23

[mamounMob]

Code :

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options(warn=-1) # n'affiche plus les messages de warning
regl=glm(Statut~ . , family=binomial) # le "." permet d'inclure toute les variables présentes dans ton tableau

[rom32]

Tout d'abord, merci pour ta réponse mamounMob.

mais Je pense que cela masque le warning mais n'y remédie pas.
Car R continue de figer lorsque j'utilise la fonction step.

[mamounMob]

la fonction "step" ne va pas renvoyer le résultat rapidement d'autant que ton modèle contient 269 variables (ce qui n'est pas rien), c'est probablement pour cela que le programme se fige.
Sinon, essaye en intégrant moins de variables ou bien en modifiant différents paramètres de la fonction step

[rom32]

Bonjour,

j'ai laissé le programme et la fonction step tourner pendant 3 heures, je n'ai toujours aucun résultat.