Discussion :

[Kinethe]

Bonnjour,
j'ai besoin d'utiliser la fonction de C++ qui s'appelle random() et qui permet de générer des "résultats" au hazard. je ne sais pas comment s'utilise cette fonction en Perl.

En fait, ce que je souhaite faire, c'est à partir d'une chaine de 1000 caractères, couper cette chaine en sequences de longueur de 16, 17,18, 19, 20,21 et 22 caractères. puis aléatoirement sélectionner 5 chaines de 16 caractères, 4 chaines de 17 caractères, 8 chaines de 19 caractères, 10 chaines de 20 caractères, 5 chaines de 21 caractères et enfin 3 chaines de 22 caractères.

je n'ai pas vraiment d'idée....

merci d'avance

[fsapet]

salut

http://www.perl-gratuit.com/cgi-bin/demos/pg-perldoc.pl

ici tu peux rechercher par nom de fonction ou de modules la documentation qui correspond
en perl tu as une fonction rand

voici sa documentation

rand EXPR
rand
Retourne un nombre fractionnaire aléatoire plus grand ou égal à 0 et plus petit que la valeur de EXPR (la valeur de EXPR devrait être positive). À défaut de EXPR, c'est 1 qui est utilisé comme borne. Appelle automatiquement srand() sauf cela a déjà été fait. Voir aussi srand().

cela devrait t'aider

[Choupi]

Bonnjour,
j'ai besoin d'utiliser la fonction de C++ qui s'appelle random() et qui permet de générer des "résultats" au hazard. je ne sais pas comment s'utilise cette fonction en Perl.

Tout simplement la fonction rand( X ) qui retourne un nombre entre 0 et X...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print int(rand(10))+1;

utilise le comme ça...

Sinon je vais réfléchir un peu à ton problème. Mais j'ai peur de devoir faire des boucles en série...

[Edit] arf grillé sur la ligne [/EDIT]

[Jedai]

Sans vouloir insister, je signale que Perl est fourni avec une excellente documentation (en anglais, mais il y a une traduction en français, cf l'annonce en haut du forum), voici la documentation pour la fonction rand (perldoc -f rand) :

rand EXPR
rand

Returns a random fractional number greater than or equal to 0 and less than the value of EXPR. (EXPR should be positive.) If EXPR is omitted, the value 1 is used. Currently EXPR with the value 0 is also special-cased as 1 - this has not been documented before perl 5.8.0 and is subject to change in future versions of perl. Automatically calls srand unless srand has already been called. See also srand.

Apply int() to the value returned by rand() if you want random integers instead of random fractional numbers. For example,

int(rand(10))

returns a random integer between 0 and 9, inclusive.

(Note: If your rand function consistently returns numbers that are too large or too small, then your version of Perl was probably compiled with the wrong number of RANDBITS.)

Il me semble que ceci est très explicite, non ? Combiné avec substr (perldoc -f substr) ceci suffira pour atteindre votre objectif.

[EDIT] Décidemment trop lent .... Ce forum devient trop réactif pour moi !!
--
Jedaï

[fsapet]

[EDIT] Décidemment trop lent .... Ce forum devient trop réactif pour moi !!
--
Jedaï

Yessssss
enfin tu as un peu d'avance quant au nombre de reponses/questions postees !

[Arioch]

Voici un bout de code un peu + optimisé concernant l'aléatoire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
srand( time() ^ ($$ + ($$<<15)) );
 
print "nbre aléatoire compris entre 1 et 100 = ", Random(100);
print "nbre aléatoire compris entre 1 et 50 = ", Random(50);
 
sub Random
{
	my $max = shift();
	my $nbr = int(rand $max) + 1;
	return $nbr;
}

[Kinethe]

Encore qlq questons!

Jedai tu dis que ca retourne un nb entre 0 et 9, or moi il faut que ca me retourne un nb entre 4 et 10 ( et même 21 car il faut aussi que je selectionne 21 chaines de 28 caractères).

mais je vais essayer avec tous ce que vous m'avez dit.

mais je veux bien de l'aide eencore pour le "découpage" de la séquence

car en fait, mon but est de reproduire une population déjà obtenue par un petit prog que j'ai écrit et dc je veux une population en réalité de ( à partir d'une sequence de 1000 caractères):
3 chaines de 16 caractères,
3 chaines de 17 caractères,
2 chaines de 18 caractères,
6 chaines de 19 caractères,
5 chaines de 20 caractères,
11 chaines de 21 caractères,
14 chaines de 22 caractères,
23 chaines de 23 caractères
40 chaines de 24 caractères,
28 chaines de 25 caractères,
22 chaines de 26 caractères,
13 chaines de 27 caractères,
4 chaines de 28 caractères,
1 chaines de 29 caractères,

merci

[Choupi]

Du coup un truc comme ça devrait fonctionner:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w 
use strict;
 
sub Random # mici bcp :D Arioch.
{
   my $max = shift();
   my $nbr = int(rand $max) + 1;
   return $nbr;
} 
 
my $seq = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
my $lengthsubseq = 5;
my $begin;
my $i;
my $part;
 
for($i=1;$i<=10;$i++){
 
	$begin = (int(Random(length($seq)))+1+$lengthsubseq)%(length($seq)-$lengthsubseq);
	$part = substr($seq,$begin,$lengthsubseq);
	print $part."\n";
}

J'ai juste un petit problème avec les intervalles (un peu comme le nombre de barrière entre X poteaux... ). Moyen d'avoir un truc plus propre que :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

	$begin = (int(Random(length($seq)))+1+$lengthsubseq)%(length($seq)-$lengthsubseq);

parce que franchement je dois mal gérer mon modulo...

[Edit] c'est bon de voir le forum perl dynamique[/Edit]

[Jedai]

Il suffit de faire un peu d'arithmétique :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#entre 4 et 10 :
my $i = 4 + int(rand 7);

Plus généralement tu peux écrire une fonction qui te renvoit un entier entre deux bornes (incluses) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
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4
5
 
sub random ($$) {
  my ($min, $max) = @_;
  return ($min + int(rand( $max - $min + 1 )));
}

--
Jedaï

[Kinethe]

en fait j'ai déja une fonction qui coupe tous les 19 caractères ( ca fonctionne) maintenant je vais essayé d'ajouter la fonction aléatoire grace à ts vos conseils
merci!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
 
my $sequence ="gttccaaaaacagtggataattttgtggccttagctacaggagagaaaggatttggctacaaaaacagcaaattccatcgtgtaatcaaggacttcatgatccagggcggagacttcaccaggggagatggcacaggaggaaagagcatctacggtgagcgcttccccgatgagaacttcaaactgaagcactacggg"; 
$sequence = uc $sequence;
 
my $longueur;
my $boucle=0;
my $lim;
my $ligne=0;
my $compte;
 
my $length_si = 19; 
my @table;
 
$sequence=~tr/U/T/;
 
print $sequence;
 
$longueur=length($sequence);
 
print "$longueur\n";
$lim=$longueur-$length_si+1;
 
while ($boucle< $lim)
 
	{
 
$table[$boucle]=substr ($sequence, $boucle, $length_si);
$ligne ++;
$compte = $ligne + 2;
#print "$compte";
#print "Ligne $ligne \t $table[$boucle]\n";
print "$table[$boucle]\n";
$boucle = $boucle+2;	
 
	}

[Choupi]

Plus généralement tu peux écrire une fonction qui te renvoit un entier entre deux bornes (incluses)

mais pour le substring tu peux sortir du tableau...

[EDIT] PITIE coupe ta sequence ! je me retrouve avec une mega page pas marrante à lire [/EDIT]

[Jedai]

Je pense qu'un truc du genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seq = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
my $lengthsubseq = 5; 
 
foreach (1..10) {
  print substr( $seq, int( rand( length($seq) - $lengthsubseq ) ), $lengthsubseq);
}

devrait convenir. (Bien sûr on met plutôt les sous-séquences dans un tableau pour les garder)

[Edit] Choupi, je répondais à son autre question.
--
Jedaï

[Choupi]

Yes je prefere aussi ce code... Juste je prefere casser le random du substring... Mais apres on titille. Mici. (enfin c'est pas à moi de dire merci la )

[Arioch]

Choupi > ajoute la fonction srand() au début de ton code (après le use strict. srand() sert à initialiser l'aléatoire tandis qu'ensuite, chaque appel à rand() pioche un nbre aléatoire.

Si tu n'utilises pas srand(), tes appels à rand() risquent très souvent de produire les mêmes résultats.



PS : et le must si tu veux de l'aléatoire plus poussé (disons, plus proche du vrai hasard), remplace srand() au debut de ton code par mon srand de toute à l'heure (celui avec plein de signes bizarres )

[Choupi]

Normalement si srand() n'est pas présent, ca l'appelle automatiquement. Si il est présent, alors on conservera tjs cette graine...

Confirmation ?

[edit troll] je comprend pas ta derniere phrase. La graine change en rien la qualite du tirage aleatoire.... c'est lie directement à la fonction pas à la graine ... [/edit fin du troll]

Tag résolu au fait

[Jedai]

Dans les versions récentes de Perl, il est plutôt recommandé de ne pas appeler srand() et de laisser rand() faire le boulot, on obtient un meilleur résultat. (attention, ceci n'est valable que pour les versions récentes)


--
Jedaï

[Choupi]

J'comprend pas ! Le srand c'est pour avoir la graine du generateur pseudo aleatoire... Ca n'a rien à voir avec la qualité de ce générateur... D'ailleurs je trouve meme pas l'algo derriere cette fonction

[Jedai]

Si bien sûr ! srand() permet de modifier la graine, donc de modifier les résultat de rand() !

--
Jedaï

[Kinethe]

bon là, je suis un peu perdu
ca devient trop "pro" pr moi
dc j'ai essayé ce code ms je n'obtient pas vraiment ce que je voulais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w 
use strict;
 
sub Random
{
my $max =shift();
my $nbr = int ( rand ($max)+1);
return $nbr; 
}
 
my $seq = "GTTCCAAAAACAGTGGATAATTTTGTGGCCTTAGCTACAGGAGAGAAAGGATTTGGCTACAAAAACAGCAAATTCCATCGTGTAATCAAGGACTTCATGATCCAGGGCGGAGACTTCACCAGGGGAGATGGCACAGGAGGAAAGAGCATCTACGGTGAGCGCTTCCCCGATGAGAACTTCAAACTGAAGCACTACGGG"; 
my $lengthsubseq = 5; 
my $begin; 
my $i; 
my $part; 
 
for($i=1;$i<=10;$i++)
{
 
$begin = ( int( Random(length ($seq)))+1+$lengthsubseq)%( length ($seq)-$lengthsubseq);
 
$part = substr($seq,$begin,$lengthsubseq); 
print $part."\n";
}

et j'obtient seulement:

AGATG
CGGAG
GGAGG
ACAGG
TTCAT
CTACG
CTGAA
AGGAT
GGACT
CAAAC

alors que en fait je voudrais :

3 chaines de 16 caractères,
3 chaines de 17 caractères,
2 chaines de 18 caractères,
6 chaines de 19 caractères,
5 chaines de 20 caractères,
11 chaines de 21 caractères,
14 chaines de 22 caractères,
23 chaines de 23 caractères
40 chaines de 24 caractères,
28 chaines de 25 caractères,
22 chaines de 26 caractères,
13 chaines de 27 caractères,
4 chaines de 28 caractères,
1 chaines de 29 caractères,

si vous avez la solution......

merci

[Choupi]

Si bien sûr ! srand() permet de modifier la graine, donc de modifier les résultat de rand() !

Arf mais tu confonds deux choses : la sequence aleatoire générée par le rand qui dépend de la graine ... Donc quand tu choisis la date (temps unix) dans ce cas tu genereras tjs des sequences differentes.

Ceci dit, la qualité de la séquence produite n'a rien a voir avec cette graine ! Ca depend de la fonction elle meme, c'est pas pour rien qu'en C par exemple on remplace le rand "officiel" par le rand des numerical recipes...

Concernant Kinethe :

si vous avez la solution......

on est sur un forum d'entraide. Tu as plusieurs versions (en plus plus ca va mieux c'est ) qui te permettent de faire le travail une fois. Complexifie un peu ton script et tu auras le résultat souhaité... Faut pas attendre une solution toute faite ici... C'est pas le but.

[kenethe stp, supprime ta longue sequence... ca genere des pages larges et ca complique la lecture thx )