parser un fichier xml en python

**titi2013** · 05/03/2014, 12h13

Bonjour à la communauté developpez.com
Je n'arrive pas a parser une balise qui se situe dans une base de données xml. je vous montre une partie de mon fichier xml :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    <groups>
      <group>approved</group>
    </groups>
    <taxonomy>
      <kingdom></kingdom>
      <substructures/>
    </taxonomy>
    <synonyms/>
    <salts>
      <salt>Goserelin acetate</salt>
    </salts>
    <brands>
      <brand>Zoladex</brand>
    </brands>
    <mixtures/>
    <packagers>
      <packager>
        <name>AstraZeneca Inc.</name>
        <url>http://www.astrazeneca.ca</url>
      </packager>
    </packagers>
    <manufacturers>
      <manufacturer generic="false">Astrazeneca uk ltd</manufacturer>
    </manufacturers>
    <prices>
      <price>
        <description>Zoladex 3.6 mg implant syringe</description>
        <cost currency="USD">451.19</cost>
        <unit>syringe</unit>
      </price>
      <price>
        <description>Zoladex 10.8 mg implant syringe</description>
        <cost currency="USD">1380.65</cost>
        <unit>syringe</unit>
      </price>
    </prices>
    <categories>
      <category>Antineoplastic Agents</category>
      <category>Antineoplastic Agents, Hormonal</category>
    </categories>
    <affected-organisms>
      <affected-organism>Humans and other mammals</affected-organism>
    </affected-organisms>
    <dosages>
      <dosage>
        <form>Implant</form>
        <route>Subcutaneous</route>
        <strength></strength>
      </dosage>
    </dosages>
    <atc-codes>
      <atc-code>L02AE03</atc-code>
    </atc-codes>
    <ahfs-codes>
      <ahfs-code>92:00.00</ahfs-code>
      <ahfs-code>68:18.00</ahfs-code>
    </ahfs-codes>
    <patents>
      <patent>
        <number>7118552</number>
        <country>United States</country>
        <approved>2002-04-13</approved>
        <expires>2022-04-13</expires>
      </patent>
      <patent>
        <number>7500964</number>
        <country>United States</country>
        <approved>2001-02-26</approved>
        <expires>2021-02-26</expires>
      </patent>
    </patents>
    <food-interactions/>
    <drug-interactions/>
    <calculated-properties>
      <property>
        <kind>logP</kind>
        <value>0.3</value>
        <source>ALOGPS</source>
      </property>
      <property>
        <kind>logS</kind>
        <value>-4.7</value>
        <source>ALOGPS</source>
      </property>
      <property>
        <kind>Water Solubility</kind>
        <value>2.83e-02 g/l</value>
        <source>ALOGPS</source>
      </property>
      <property>
        <kind>logP</kind>
        <value>-5.2</value>
        <source>ChemAxon</source>
      </property>
      <property>
        <kind>IUPAC Name</kind>
        <value>(2S)-1-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2R)-3-(tert-butoxy)-2-[(2S)-2-[(2S)-3-hydroxy-2-[(2S)-2-[(2S)-3-(1H-imidazol-5-yl)-2-{[(2S)-5-oxopyrrolidin-2-yl]formamido}propanamido]-3-(1H-indol-3-yl)propanamido]propanamido]-3-(4-hydroxyphenyl)propanamido]propanamido]-4-methylpentanamido]-5-[(diaminomethylidene)amino]pentanoyl]-N-(carbamoylamino)pyrrolidine-2-carboxamide</value>
        <source>ChemAxon</source>
      </property>
      <property>
        <kind>Molecular Weight</kind>
        <value>1269.4105</value>
        <source>ChemAxon</source>
      </property>
      <property>
        <kind>Monoisotopic Weight</kind>
        <value>1268.641439486</value>
        <source>ChemAxon</source>
      </property>
      <property>
        <kind>SMILES</kind>
        <value>CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@@H](COC(C)(C)C)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(O)C=C1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C12)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@@H]1CCC(=O)N1)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NNC(N)=O</value>

j'utilise DOM pour parser mon fichier , les autres balises j'arrive à la récupérer sans problemes , mais en ce qui concerne ma blise SMILES c'est a dire plus excatement je veux la valeur de la balise value qui suit SMILES , je vous remercie de votre aide

**VinsS** · 05/03/2014, 13h08

Salut,

Tu n'as pas de soucis avec celles là:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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      <property>
        <kind>Molecular Weight</kind>
        <value>1269.4105</value>
        <source>ChemAxon</source>
      </property>
      <property>
        <kind>Monoisotopic Weight</kind>
        <value>1268.641439486</value>
        <source>ChemAxon</source>
      </property>

mais uniquement avec celle-ci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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      <property>
        <kind>SMILES</kind>
        <value>CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@@H](COC(C)(C)C)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(O)C=C1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C12)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@@H]1CCC(=O)N1)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NNC(N)=O</value>

?

À moins que ton xml ne se termine de la même façon, sans balise </property>, il n'y a pas de raison, c'est la même chose.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import xml.dom.minidom
 
def getText(nodelist):
    rc = []
    for node in nodelist:
        if node.nodeType == node.TEXT_NODE:
            rc.append(node.data)
    return ''.join(rc)
 
dom = xml.dom.minidom.parse("chem.xml")
properties = dom.getElementsByTagName("property")
for p in properties:
    knode = p.getElementsByTagName("kind")[0]
    vnode = p.getElementsByTagName("value")[0]
    print "%s: %s" %(getText(knode.childNodes), getText(vnode.childNodes))

...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Molecular Weight: 1269.4105
Monoisotopic Weight: 1268.641439486
SMILES: CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@@H](COC(C)(C)C)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(O)C=C1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C12)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@@H]1CCC(=O)N1)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NNC(N)=O

parser un fichier xml en python

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