Discussion :

[Maney0903]

Bonjour,

Je débute avec l'utilisation des macros en ImageJ.

J'utilise ImageJ pour mesurer des surfaces de feuilles, et j'ai une macro pour automatiser les mesures et l'enregistrement des données. Mon problème est que j'ai, selon les images, une ou plusieurs feuilles; et parfois des poussières, etc que je ne veux pas mesurer. L'idéal serait donc que l'utilisateur puisse sélectionner la zone à étudier à chaque fois.

J'aimerais donc pouvoir écrire une macro qui :

1. Permet de sélectionner un dossier;
2. Pour chaque image du dossier, ouvre l'image;
3. Attend que l'utilisateur ait sélectionné la zone voulue;
4. Applique la macro à cette zone uniquement;
5. Selon le choix de l'utilisateur, permet de réitérer sur une autre zone de l'image ou de la fermer;
6. Ouvre l'image suivante.

Je n'ai pas trouvé comment l'on pouvait appliquer le reste de la macro sur seulement sur une portion de l'image...

Voici ce que j'ai pour l'instant (qui est probablement assez maladroit , désolée....)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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macro "Leaf batch [k]" {
// À UTILISER POUR DES DONNÉES ORGANISÉES EN DATE/EXPÉRIMENTATEUR/IMAGES
  print("\\Clear")
  SourceDir = getDirectory("Choose Parent Directory ");
  datelist = getFileList(SourceDir);
  path = SourceDir + "/Results.txt" 
  f = File.open(path)    
  for (i=0; i<datelist.length; i++) {
 	namelist = getFileList(SourceDir + datelist[i]);
	    for (j=0; j<namelist.length; j++) {
	   	 	filelist = getFileList(SourceDir + datelist[i] + namelist[j]);
  			 for (k=0; k<filelist.length; k++) {
   		     	 showProgress(k+1, filelist.length);
 			     open(SourceDir + datelist[i] + namelist[j]+filelist[k]);
 	                     a=leafArea();
 		             print(datelist[i] + "\t" + namelist[j] + "\t" + a );
   				 close();
 				}
			}
		}
  selectWindow("Log")
  content = getInfo();
  print(f, content);
  File.close(f) 
}
 
 
macro "Leaf area [a]" 
{
	leafArea();
}
 
 
function leafArea()
 {
var dpi = 300;
var pixelsPerCentimeter = dpi / 2.54; // 300 dpi
run("Clear Results");
run("Set Scale...", "distance=" + pixelsPerCentimeter + " known=1 pixel=1 unit=cm");
run("Subtract Background...", "rolling=50 light");
run("Make Binary");
run("Fill Holes");
run("Remove Outliers...", "radius=10 threshold=50 which=Dark");
run("Create Selection");
run("Set Measurements...", "area redirect=None decimal=3");
run("Analyze Particles...", "size=0.02-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Nothing display clear"); // The treshodl permits to avoid smaller particules
getStatistics(area);
 
// For composed leaves, we need to sum all the small areas
Sum = 0;
selectWindow("Results");
lines1 = split(getInfo(), "\n");
headings = split(lines1[0], "\t");
for (j=1; j<lines1.length; j++) {
        values = split(lines1[j], "\t");
        a = values[1];
        sum = sum + a;
}

Merci par avance pour votre aide !

[ToTo13]

Je ne connais pas du tout les macros ImageJ, mais tu pourrais faire cela automatiquement.
Premièrement tu fais des fermeture/ouverture pour boucher les trous de tes feuilles, etc. Ca va permettre d'avoir des composantes connexes mieux définies.
Ensuite tu fais un étiquetage des composantes connexes et tu les sépares dans différentes images, sauf tu copies les images d'origines et non les images modifiées.

[Maney0903]

Merci ToTo13 pour la réponse rapide =)

Mon soucis est que selon les images, il peut y avoir soit une feuille et des poussières, soit une feuille déchirée donc en plusieurs morceaux, soit plusieurs feuilles. Or si la feuille est en morceaux, on veut l'aire totale; mais si il y a plusieurs feuilles, on veut séparément l'aire des différentes feuilles. La différence est distinguable à l'oeil, mais plus difficilement automatiquement (sachant que les feuilles sont de taille et de forme très variée).

Pour les poussières, j'ai pour l'instant mis un seuil de taille pour la détection des particules. Là encore, cela peut poser problème car selon la couleur de la feuille, l'étape de binarisation peut la fragmenter en plusieurs morceaux, et certains être en-dessous du seuil...

D'où mon idée de sélection manuelle de la zone à étudier, qui est certes plus longue qu'une automatisation mais aussi plus fiable, et de garder l'automatisation pour l'enregistrement des données, l'ouverture/fermeture d'images, la binarisation pour gagner du temps.

J'ai trouvé la fonction waitforuser(), qui permet de demander à l'utilisateur de sélectionner une portion d'image. Mais je ne sais pas comment appliquer la suite de la macro à cette sélection seulement...

Code :

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function leafArea()
{
var dpi = 300;
var pixelsPerCentimeter = dpi / 2.54; // 300 dpi
run("Clear Results");
 
setTool(0);                                               // On choisi une sélection rectangulaire
waitForUser("Select Zone")
selectImage();
 
if (selectionType() != 0)                            //Vérifier qu'on a une sélection rectangulaire
exit("Sorry, no rectangle");
 
 
run("Set Scale...", "distance=" + pixelsPerCentimeter + " known=1 pixel=1 unit=cm");
run("Subtract Background...", "rolling=50 light");
run("Make Binary");
run("Fill Holes");
run("Remove Outliers...", "radius=10 threshold=50 which=Dark");
run("Create Selection");
run("Set Measurements...", "area redirect=None decimal=3");
run("Analyze Particles...", "size=0.02-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Nothing display clear"); // The treshodl permits to avoid smaller particules
 // run("Summarize");
 // var area = getResult("Area"); // this will get the last line of the results, the max
getStatistics(area);
 // lA= getTitle() + "\t" + area;
 // return lA;
 
// For composed leaves, we need to sum all the small areas
Sum = 0;
selectWindow("Results");
lines1 = split(getInfo(), "\n");
headings = split(lines1[0], "\t");
for (j=1; j<lines1.length; j++) {
        values = split(lines1[j], "\t");
        a = values[1];
        sum = sum + a;
}
return sum
}

Quelqu'un aurait-il une idée ?

Merci par avance !