Discussion :

[schmurf]

Bonjour,
Je reviens vers vous concernant mon second code, qui, comme le premier, ne fonctionne pas.
Voici la bête :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!C:\strawberry\perl\bin -W
use warnings;
use stricts;
open HIN, "<C:\\Users\\Maxime\\Desktop\\sequence.txt";
my @temp = <HIN>;
my $a =0
for (my $j=0 ; $j<=($#temp) ; $j+=1){ 
my @t = split //, $temp[$j];
for (my $c=0; $c<=($#t);$c+=1){
		if (($t[$c] =~ 'a')&&($t[$c+1] =~ 't')&&($t[$c+2] =~ 'g')){
				for (my $i=$c+1; $i<=($#t);$i+=1){
					if ($t[$i] =~ 'g') && ($t[$i+1] =~ 't'){
						for (my $v=$i+1; $v<=($#t);$v+=1){
							if ($t[$v] =~ 'a')&&($t[$v+1]=~ 'g'){
																$a+=1
								print("exon", "$a",":","$t[$c..$i-1]\n","intron", "$a", ":","$t[$i..v+1]\n")
 
								}
							elsif (($t[$v] =~ 't')&&($t[$v+1] =~ 'g')&&($t[$v+2] =~ 'a')){								
								print ("exon unique :","$t[$c..$v+2]")
								last}
							elsif (($t[$v] =~ 't')&&($t[$v+1] =~ 'a')&&($t[$v+2] =~ 'a')){								
								print ("exon unique :","$t[$c..$v+2]")
								last}
								};}
					elsif (($t[$i] =~ 't')&&($t[$i+1] =~ 'g')&&($t[$i+2] =~ 'a')){
					print ("exon unique :","$t[$c..$i+2]")
					}};}};}

Et voici mes problèmes :
==> pour afficher une suite de ligne d'un tableau par exemple de la ligne 1 à 10, comment doit-on si prendre? print ($t[1..10]) ne semble pas fonctionner.
==>Ensuite je veux que le programme me trouve trois nucléotides (ATG) à la suite puis qu'il commence à faire d'autre action (chercher des introns ou une fin TAA ou TGA). Pour cela j'ai utilisé if précédé d'une boucle for.. if (($t[$c] =~ 'a')&&($t[$c+1] =~ 't')&&($t[$c+2] =~ 'g')). Est-ce que cette façon d'écrire pour la condition "SI la ligne x correspond à un 'a' ET la ligne x+1 correspond à un 't' ET la ligne x+2 correspond à un 'g' ALORS ...." est correcte?.

Bon le programme est un premier jet je suis pas sur que l'algorithme que j'ai mis en place fonctionne vraiment pour l'instant, mais avant de le vérifier j'aimerai bien résoudre ces petites questions de syntaxe ^^.

[6ril23]

je regarderai plus précisément ton problème ce soir ou demain matin mais n'essaies-tu pas de réinventer des choses qui existent?

Typiquement, des logiciels dont l'algo est très bien fait permettant de prédire des gènes (par exemple) existent déjà

[schmurf]

Ok,merci.

J'essais juste de faire l'exercice qu'on m'a confié ^^. Même si des logiciels existent pour ce genre de choses, mon but final est d'apprendre le perl donc ça m'entraîne un peut ^^

[Lolo78]

Déjà, ton programme ne compile sans doute pas. Il manque un ; en ligne 6. Donc, tu ne peux pas tester ce programme

[schmurf]

Oui en effet x), mais les erreurs sont semblables à ce qu'elles étaient avant le rajout du ; :s j'ai notamment l'erreur de print(...) interpreted as a function line 20 23 27, ce qui me laisse penser qu'il y a un problème avec le print($t[x..y]).

[Lolo78]

Pour imprimer les éléments d'un tableau, voici un exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @c = 5..15;
print "@c[2..7]"; # imprime: 7 8 9 10 11 12

Quand tu fais une "tranche de tableau" (array slice), donc avec plusieurs éléments, tu utilises en quelque sorte un sous-tableau, il faut donc utiliser le "sigil" @ et non $.

[schmurf]

Merci !
Ca fonctionne en effet sur un petit bout de code qui reprends le même tableau @t issu de "sequence.txt".
Mais dans le code totale ça me fais encore le "print(...) interpreted as a function line 20 23 27" et aussi il me trouve une "syntaxe error line , near ") &&", line 13, near "1)", line 24, near ") last", line 26 near "elsif" " .....

[Lolo78]

Poste ton code actuel. Il manque un ";" en ligne 15 du code ci-dessus, juste avant le print, c'est peut-être la cause de l'erreur.