Discussion :

[dagniel]

Salut à tous,

Je suis nouveau sur le forum et en profite pour me présenter : je m'appelle Dagniel, je travaille aux Etats-Unis dans un laboratoire de neurosciences et je suis utilisateur occasionnel de Matlab.

Mon problème du jour concerne la détection de neurones sur une image de microscopie optique. Les neurones se présentent comme des cellules très allongées et ramifiées. Ce que je cherche à faire, c'est faire un plot des niveaux de gris le long d'un chemin suivant exactement le maximum d'intensité du neurone, entre deux points définis par l'utilisateur (par exemple en cliquant sur l'image, mais le problème n'est pas là).
Pour le moment je trace ce plot avec imageJ en créant une ligne segmentée en cliquant le long du neurone, mais ce n'est pas optimisé parce que cette ligne ne passe pas exactement par le centre du neurone, alors que c'est justement ça qui m'intéresse. Je suis sûr que c'est faisable avec matlab mais je ne sais pas comment m'y prendre. J'ai essayé les 3 possibilités de improfile(), c'est-à-dire nearest, bilinear et bicubic mais ça ne me trace le profil que selon une ligne droite.

Heeeelp !

J'ai inséré à ce message une image type sur laquelle je travaille.

Thank you!

Dagniel

[Jean Dumoncel]

Bonjour,

pour récupérer la ligne passant au centre du neurone, tu peux utiliser une étape de squelettisation avec la fonction bwmorph (option 'squel'). Il faudra auparavant seuiller l'image pour travailler sur une image binaire.

[dagniel]

Bonjour Magelan et merci pour ta réponse.

Je vais essayer de faire comme tu dis mais je ne suis pas sûr que ce soit optimisé. Je me suis mal exprimé : je ne veux pas que la ligne passe forcément par le centre du neurone mais plutôt par l'endroit qui présente le maximum d'intensité de niveaux de gris.

N'y a t-il pas une fonction qui permette de calculer un chemin optimisé entre deux points, en fonction des niveaux de gris des pixels traversés ?

[ToTo13]

Je ne pense pas qu'il y ait de solution magique à ce problème, mais essayons.

Si tu veux un chemin optimal, tu peux essayer de faire le chemin de valeurs maximales entre deux points. Pour cela tu peux regarder les travaux de thèse de Vincent Morard.
En gros, tu définis deux points et une orientation, puis tu avances en allant toujours sur le pixel d'intensité maximale.

Une autre solution est de binariser l'image, puis de calculer le plus court chemin entre les deux points. Tu peux ensuite déformer ton chemin pour coller aux valeur d'intensité maximales.

[charlinou]

Bonjour,

estce que ceci approche le but visé?

[dagniel]

Bonjour et merci pour vos réponses.

Au vu de vos réponses et de mes recherches, je suis en train de m'orienter vers une squelettisation pour passer par le centre du neurone (en considérant que ça ne sera pas très loin du maximum d'intensité..).

Oui Charlinou, j'en suis presque au même point, à ceci près que :
- après squelettisation j'ai quelques pixels issus de la branche de gauche dont j'essaie de me débarrasser
- il y a des petites branches qui partent au niveau des boursouflures du neurone dont j'essaie aussi de me débarrasser

Merci de votre aide en tout cas :-)

Bonne soirée