Discussion :

[perlgirl]

Coucou,

J'ai un pb d'expression reguliere et je n'arrive pas a trouver la cause ...

En fait je lis un fichier de sequences au format fasta et je veux recupere qu'une partie des sequences.
Il y a deux types de sequences :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
 
 
>TC205357 GP|8698673|gb|AAF78470.1|AF180887_1|AF180887 skeletal alpha1 actin {Danio rerio}
AACATTGGTAGGAGAGAGATCGATCGACCAACTCTGCTGTAACAATGTTCCAAAACCCAC
AGTTTATATACAGGTTTTTCCTATAGTCATCATGAAACAGTGGAAGCATCAGTCTTGTGA
OU
 
>TC205358
CACTCAGACTGGTTCTTCTGCTCCCTTCACTCTGCAAAGACTACTCCAGGGTAAAGGTTT
AACAAGCCCACTTGTATCAGTACCTTCAACCCCATACATATCTGTATCATTGCCCCAAGG

Moi je veux recuperer seulement les sequences qui possedent une defline comme le 2 eme exemple...


while (<SEQ>) {

if ($_ =~ /^>.*/x) {
$id = $_;

if ($id =~ /^>TC \d*\s*/x) {
print "$id\n";
}
}
}


Ceci m'affiche tous les identifiants alors que moi je veux uniquement les TC..... et rien d'autre apres

Perlgirl

[Jedai]

Il faut indiquer que tu veux que la ligne se finisse après les chiffres :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
while (<SEQ>) {
    print if $_ =~ /^>TC \d* \s* $/x;
}

--
Jedaï

[perlgirl]

Merci beaucoup, en effet ca marche bcp mieux comme ca .

Perlgirl