Discussion :

[shadow19c]

Bonjour, j'ai un fichier qui a cette allure :

Chr1:3431..3531 AT1G01010       NA
Chr1:3531..3631 AT1G01010       0.0714286
Chr1:3631..3731 AT1G01010       NA
Chr1:3731..3831 AT1G01010       0.0453217
Chr1:3831..3931 AT1G01010       0.0662394
Chr1:3931..4031 AT1G01010       0.0631579
Chr1:4031..4131 AT1G01010       0.0454545
Chr1:5399..5499 AT1G01010       0.423177
Chr1:5499..5599 AT1G01010       0.0489694
Chr1:5599..5699 AT1G01010       0.0277778
Chr1:5699..5799 AT1G01010       0.0434783
Chr1:5799..5899 AT1G01010       0.05
Chr1:5899..5999 AT1G01010       NA
Chr1:5999..6099 AT1G01010       0.0769231
Chr1:5728..5828 AT1G01020       NA
Chr1:5828..5928 AT1G01020       0.05
Chr1:5928..6028 AT1G01020       0.0769231
Chr1:6028..6128 AT1G01020       0.0769231
Chr1:6128..6228 AT1G01020       0.0621867
Chr1:6228..6328 AT1G01020       NA

Je voudrais joindre par la colonne "$2"
donc au final je voudrais obtenir
AT1G01010 0.0714286 NA ... jusqu’à la dernière 0.0769231
AT1G01020 NA ainsi de suite voici ma commande awk mais j’arrive pas a faire la liste des attributs $3:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 awk ' {n[$2]++;cmp[$3]++}END{for (x in n) {print x}}' fichier.txt

Merci

[N_BaH]

Bonjour,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
awk '{n[$2]=($2 in n)?n[$2]FS$3:$3}END{for(i in n)print i,n[i]}' tonFichier
AT1G01010 NA 0.0714286 NA 0.0453217 0.0662394 0.0631579 0.0454545 0.423177 0.0489694 0.0277778 0.0434783 0.05 NA 0.0769231
AT1G01020 NA 0.05 0.0769231 0.0769231 0.0621867 NA