Discussion :

[karaudrey88]

Bonjour,
Je crée un qsub et le lance depuis perl. Dans le qsub j'aimerais récupérer la variable ligne1 (rouge) que j'ai besoin de réutiliser a la fin du script perl. Mais je nais pas comment le faire. Quelqu'un pourrait il m'aider. Merci d'avance.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
	
#generate qsub file and launch it (blastall on data base)
	my @jobs_id2_1;	
	my $priority;
	my $qsuboutfile2_1 = "step2_1_$prefix\_blastall.qsub";
	open (QSUB,">$prefix/$qsuboutfile2_1")or die "\nError : $qsuboutfile2_1 file could not be created: $!\n";
	print QSUB qq(#!/bin/bash
#\$ -S /bin/bash
#\$ -o $qsuboutfile2_1.out
#\$ -e $qsuboutfile2_1.err
#\$ -cwd
#\$ -q workq

# command(s):
#hostname >&2

qarray blast.sh | awk '{ \$3}' > id.txt;
ligne1=`sed -n -e '1p' id.txt`
);

	close QSUB;
		
	#launch qsub job if asked
	if ($submit eq "yes") {
		my $dependencies = "-hold_jid ".join(",",@jobs_id1);
		my $instruction = "cd $prefix/;qsub $dependencies ./$qsuboutfile2_1 | awk '{print \$3}'; ";
		$jobid=qx{$instruction};
		chomp $jobid;
	
		my @cols = split(/\./,$priority);	
		my $id = $cols[0];
		push (@jobs_id2_1,ligne);
		#push (@jobs_id2_1,$jobid);

[cmcmc]

Bonjour,
Je crée un qsub et le lance depuis perl. Dans le qsub j'aimerais récupérer la variable ligne1 (rouge) que j'ai besoin de réutiliser a la fin du script perl. Mais je nais pas comment le faire. Quelqu'un pourrait il m'aider. Merci d'avance.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
	
#generate qsub file and launch it (blastall on data base)
	my @jobs_id2_1;	
	my $priority;
	my $qsuboutfile2_1 = "step2_1_$prefix\_blastall.qsub";
	open (QSUB,">$prefix/$qsuboutfile2_1")or die "\nError : $qsuboutfile2_1 file could not be created: $!\n";
	print QSUB qq(#!/bin/bash
#\$ -S /bin/bash
#\$ -o $qsuboutfile2_1.out
#\$ -e $qsuboutfile2_1.err
#\$ -cwd
#\$ -q workq

# command(s):
#hostname >&2

qarray blast.sh | awk '{ \$3}' > id.txt;
ligne1=`sed -n -e '1p' id.txt`
);

	close QSUB;
		
	#launch qsub job if asked
	if ($submit eq "yes") {
		my $dependencies = "-hold_jid ".join(",",@jobs_id1);
		my $instruction = "cd $prefix/;qsub $dependencies ./$qsuboutfile2_1 | awk '{print \$3}'; ";
		$jobid=qx{$instruction};
		chomp $jobid;
	
		my @cols = split(/\./,$priority);	
		my $id = $cols[0];
		push (@jobs_id2_1,ligne);
		#push (@jobs_id2_1,$jobid);

si c'est toi qui génère le QSUB ( qui si je comprends bien est un script), est-ce que ça ne serait pas plus simple, au lieu de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ligne1=`sed -n -e '1p' id.txt`

d'écrire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -n -e '1p' id.txt > blablabla.dat

puis de lire blablabla.dat dans le script perl une fois que le script a rendu la main ?

[disedorgue]

Bonjour,

J'irai même plus loin que cmcmc, en demandant pourquoi ne pas lire carrément la première ligne du fichier id.txt depuis le perl puisque c'est ce que fait ici, la commande sed ?

Personnellement, je trouve qu'il y a ici une surutilisation de commande tel que sed et awk (il me semblait que perl les englobait)

[cmcmc]

Bonjour,

J'irai même plus loin que cmcmc, en demandant pourquoi ne pas lire carrément la première ligne du fichier id.txt depuis le perl puisque c'est ce que fait ici, la commande sed ?

Personnellement, je trouve qu'il y a ici une surutilisation de commande tel que sed et awk (il me semblait que perl les englobait)

Tu as bien entendu raison. Ceci dit, je peux me tromper mais j'avais l'impression ici que Perl était plutôt utilisé comme un langage de colle entre composants indépendants, potentiellement développés et utilisés ailleurs par des non-perliens, donc j'ai répondu d'un point de vue système et non Perl...

[Lolo78]

Mouais, bien sûr que l'on peut encore utiliser Perl comme un langage de colle, comme dans les années 1980 ou 1990, mais c'est tout de même dommage de nos jours, maintenant que Perl est devenu (depuis bientôt 20 ans) un vrai langage de programmation complet et incroyablement riche. Il n'y a rien dans sed ou awk que Perl ne puisse pas faire (et la plupart du temps bien mieux).

Cela dit, le shell Unix conserve au moins un gros attrait que je ne me prive pas d'utiliser: la capacité bien pratique d'utiliser des pipes pour enchaîner des commandes ou des redirections vers des fichiers. Par exemple, j'utilise encore très fréquemment des scripts shell Unix comme programme de lancement principal de mes traitements, ne serait-ce que parce qu'ils me permettent de rediriger de très gros sorts Unix de mes fichiers en entrée vers un programme Perl (même si mes programmes Perl assurent 95 ou 99% de la logique fonctionnelle du programme, commencer par un sort Unix pour trier un fichier de 50 ou 100 millions de lignes est souvent la meilleure solution pour moi). Du coup, puisque que j'ai presque toujours un peu de shell (du moins quand je travaille sous Unix), il m'arrive encore, bien qu'assez rarement, d'utiliser du sed ou du awk depuis sh, ksh ou bash. Mais du sed ou du awk (ou cut ou autre) depuis un programme Perl, je ne pense pas (sauf oubli) avoir fait cela depuis dix ans, rien ne me semble le justifier même pour un débutant ayant une connaissance limitée de Perl.