Bonjour,
Je crée un qsub et le lance depuis perl. Dans le qsub j'aimerais récupérer la variable ligne1 (rouge) que j'ai besoin de réutiliser a la fin du script perl. Mais je nais pas comment le faire. Quelqu'un pourrait il m'aider. Merci d'avance.
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#generate qsub file and launch it (blastall on data base)
	my @jobs_id2_1;	
	my $priority;
	my $qsuboutfile2_1 = "step2_1_$prefix\_blastall.qsub";
	open (QSUB,">$prefix/$qsuboutfile2_1")or die "\nError : $qsuboutfile2_1 file could not be created: $!\n";
	print QSUB qq(#!/bin/bash
#\$ -S /bin/bash
#\$ -o $qsuboutfile2_1.out
#\$ -e $qsuboutfile2_1.err
#\$ -cwd
#\$ -q workq

# command(s):
#hostname >&2

qarray blast.sh | awk '{ \$3}' > id.txt;
ligne1=`sed -n -e '1p' id.txt`
);

	close QSUB;
		
	#launch qsub job if asked
	if ($submit eq "yes") {
		my $dependencies = "-hold_jid ".join(",",@jobs_id1);
		my $instruction = "cd $prefix/;qsub $dependencies ./$qsuboutfile2_1 | awk '{print \$3}'; ";
		$jobid=qx{$instruction};
		chomp $jobid;
	
		my @cols = split(/\./,$priority);	
		my $id = $cols[0];
		push (@jobs_id2_1,ligne);
		#push (@jobs_id2_1,$jobid);